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Stability of the Retinoid X Receptor-alpha Homodimer in the Presence and Absence of Rexinoid and Coactivator Peptide
bioRxiv - Biochemistry Pub Date : 2020-10-21 , DOI: 10.1101/2020.10.21.333849
Zhengrong Yang , Donald D. Muccio , Nathalia Melo , Venkatram R. Atigadda , Matthew B. Renfrow

Differential scanning calorimetry and differential scanning fluorimetry were used to measure the thermal stability of human retinoid X receptor-alpha ligand binding domain (RXRα LBD) homodimer in the absence or presence of rexinoid and coactivator peptide, GRIP-1. The apo-RXRα LBD homodimer displayed a single thermal unfolding transition with a Tm of 58.7 °C and an unfolding enthalpy (ΔH) of 673 kJ/mol (12.5 J/g), much lower than average value (35 J/g) of small globular proteins. Using a heat capacity change (ΔCp) of 15 kJ/(mol K) determined by measurements at different pH values, the free energy of unfolding (ΔG) of the native state was 33 kJ/mol at 37 °C. Rexinoid binding to the apo-homodimer increased Tm by 5 to 9 °C, and increased the ΔG of the native homodimer by 12 to 20 kJ/mol at 37 °C, consistent with the nanomolar dissociation constant (Kd) of the rexinoids. The increase in ΔG was the result of a more favorable entropic change due to interactions between the rexinoid and hydrophobic residues in the binding pocket, with the larger increases caused by rexinoids containing larger hydrophobic end groups. GRIP-1 binding to holo-homodimers containing rexinoid resulted in additional increases in ΔG of 14 kJ/mol, a value same for all three rexinoids. Binding of rexinoid and GRIP-1 resulted in a combined 50% increase in unfolding enthalpy, consistent with reduced structural fluidity and more compact folding observed in other published structural studies. Thermodynamic analysis thus provided a quantitative evaluation of the interactions between RXR and its agonist and coactivator.

中文翻译:

类视黄醇X受体-αHomodimer的存在和不存在类视色素和辅助激活肽的稳定性

差示扫描量热法和差示扫描荧光法用于测量在不存在或不存在类维生素A和共激活肽GRIP-1的情况下人类维生素A X受体-α配体结合域(RXRαLBD)同型二聚体的热稳定性。apo-RXRαLBD同二聚体表现出一个单一的热解折叠转变,Tm为58.7°C,折叠焓(ΔH)为673 kJ / mol(12.5 J / g),远低于其平均值(35 J / g)小球状蛋白。使用通过在不同pH值下的测量确定的15 kJ /(mol K)的热容变化(ΔCp),在37°C时,原始状态的展开自由能(ΔG)为33 kJ / mol。类毒素与脱辅基同二聚体的结合使Tm增加5至9°C,在37°C时将天然同二聚体的ΔG增加12至20 kJ / mol,与类胡萝卜素的纳摩尔离解常数(Kd)一致。ΔG的增加是由于类固醇与结合口袋中疏水残基之间相互作用而产生的更有利的熵变的结果,其中较大的增加是由类固醇中含有较大的疏水端基引起的。GRIP-1与含有类维生素A的全同型二聚体的结合导致ΔG额外增加14 kJ / mol,这对于所有三个类毒素均相同。类毒素和GRIP-1的结合导致解折叠焓增加了50%,这与在其他已发表的结构研究中观察到的结构流动性降低和更紧密的折叠一致。因此,热力学分析提供了RXR及其激动剂和共激活剂之间相互作用的定量评估。ΔG的增加是由于类固醇与结合口袋中疏水残基之间相互作用而产生的更有利的熵变的结果,其中较大的增加是由类固醇中含有较大的疏水端基引起的。GRIP-1与含有类维生素A的全同型二聚体的结合导致ΔG额外增加14 kJ / mol,这对于所有三个类毒素均相同。类毒素和GRIP-1的结合导致解折叠焓增加了50%,这与在其他已发表的结构研究中观察到的结构流动性降低和更紧密的折叠一致。因此,热力学分析提供了RXR及其激动剂和共激活剂之间相互作用的定量评估。ΔG的增加是由于类固醇与结合口袋中疏水残基之间相互作用而产生的更有利的熵变的结果,其中较大的增加是由类固醇中含有较大的疏水端基引起的。GRIP-1与含有类维生素A的全同型二聚体的结合导致ΔG额外增加14 kJ / mol,这对于所有三个类毒素均相同。类毒素和GRIP-1的结合导致解折叠焓增加了50%,这与在其他已发表的结构研究中观察到的结构流动性降低和更紧密的折叠一致。因此,热力学分析提供了RXR及其激动剂和共激活剂之间相互作用的定量评估。含有较大疏水端基的类视色素引起的增加较大。GRIP-1与含有类维生素A的全同型二聚体的结合导致ΔG额外增加14 kJ / mol,这对于所有三个类毒素均相同。类毒素和GRIP-1的结合导致解折叠焓增加了50%,这与在其他已发表的结构研究中观察到的结构流动性降低和更紧密的折叠一致。因此,热力学分析提供了RXR及其激动剂和共激活剂之间相互作用的定量评估。含有较大疏水端基的类视色素引起的增加较大。GRIP-1与含有类维生素A的全同型二聚体的结合导致ΔG额外增加14 kJ / mol,这对于所有三个类毒素均相同。类毒素和GRIP-1的结合导致解折叠焓增加了50%,这与在其他已发表的结构研究中观察到的结构流动性降低和更紧密的折叠一致。因此,热力学分析提供了RXR及其激动剂和共激活剂之间相互作用的定量评估。类毒素和GRIP-1的结合导致解折叠焓增加了50%,这与在其他已发表的结构研究中观察到的结构流动性降低和更紧密的折叠一致。因此,热力学分析提供了RXR及其激动剂和共激活剂之间相互作用的定量评估。类毒素和GRIP-1的结合导致解折叠焓增加了50%,这与在其他已发表的结构研究中观察到的结构流动性降低和更紧密的折叠一致。因此,热力学分析提供了RXR及其激动剂和共激活剂之间相互作用的定量评估。
更新日期:2020-10-26
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