The nematode worm, Caenorhabditis elegans, is a saprophytic species that has been emerging as a standard model organism since the early 1960s. This species is useful in numerous fields, including developmental biology, neurobiology, and ageing. A high-quality comprehensive molecular interaction network is needed to facilitate molecular mechanism studies in C. elegans. We present the predicted functional interactome of Caenorhabditis elegans (FIC), which integrates functional association data from 10 public databases to infer functional gene interactions on diverse functional perspectives. In this work, FIC includes 108,550 putative functional associations with balanced sensitivity and specificity, which are expected to cover 21.42% of all C. elegans protein interactions, and 29.25% of these associations may represent protein interactions. Based on FIC, we developed a gene set linkage analysis (GSLA) web tool to interpret potential functional impacts from a set of differentially expressed genes observed in transcriptome analyses. We present the predicted C. elegans interactome database FIC, which is a high-quality database of predicted functional interactions among genes. The functional interactions in FIC serve as a good reference interactome for GSLA to annotate differentially expressed genes for their potential functional impacts. In a case study, the FIC/GSLA system shows more comprehensive and concise annotations compared to other widely used gene set annotation tools, including PANTHER and DAVID. FIC and its associated GSLA are available at the website http://worm.biomedtzc.cn .

中文翻译：

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预测的秀丽隐杆线虫功能相互作用组和用于差异表达基因功能解释的网络工具

线虫线虫 Caenorhabditis elegans 是一种腐生物种，自 1960 年代初以来一直作为标准模式生物出现。该物种可用于许多领域，包括发育生物学、神经生物学和衰老。需要一个高质量的综合分子相互作用网络来促进线虫的分子机制研究。我们提出了秀丽隐杆线虫 (FIC) 的预测功能相互作用组，它整合了来自 10 个公共数据库的功能关联数据，以从不同的功能角度推断功能基因的相互作用。在这项工作中，FIC 包括 108,550 个具有平衡敏感性和特异性的假定功能关联，预计它们将覆盖所有线虫蛋白质相互作用的 21.42%，而这些关联的 29.25% 可能代表蛋白质相互作用。基于 FIC，我们开发了一个基因集连锁分析 (GSLA) 网络工具来解释转录组分析中观察到的一组差异表达基因的潜在功能影响。我们提出了预测的秀丽隐杆线虫相互作用组数据库 FIC，这是一个预测基因间功能相互作用的高质量数据库。FIC 中的功能相互作用作为 GSLA 的一个很好的参考相互作用组来注释差异表达的基因的潜在功能影响。在一个案例研究中，与其他广泛使用的基因集注释工具（包括 PANTHER 和 DAVID）相比，FIC/GSLA 系统显示了更全面、更简洁的注释。FIC 及其相关的 GSLA 可在网站 http://worm.biomedtzc.cn 上找到。我们开发了一个基因集连锁分析 (GSLA) 网络工具来解释转录组分析中观察到的一组差异表达基因的潜在功能影响。我们提出了预测的秀丽隐杆线虫相互作用组数据库 FIC，这是一个预测基因间功能相互作用的高质量数据库。FIC 中的功能相互作用作为 GSLA 的一个很好的参考相互作用组来注释差异表达的基因的潜在功能影响。在一个案例研究中，与其他广泛使用的基因集注释工具（包括 PANTHER 和 DAVID）相比，FIC/GSLA 系统显示了更全面、更简洁的注释。FIC 及其相关的 GSLA 可在网站 http://worm.biomedtzc.cn 上找到。我们开发了一个基因集连锁分析 (GSLA) 网络工具来解释转录组分析中观察到的一组差异表达基因的潜在功能影响。我们提出了预测的秀丽隐杆线虫相互作用组数据库 FIC，这是一个预测基因间功能相互作用的高质量数据库。FIC 中的功能相互作用作为 GSLA 的一个很好的参考相互作用组来注释差异表达的基因的潜在功能影响。在一个案例研究中，与其他广泛使用的基因集注释工具（包括 PANTHER 和 DAVID）相比，FIC/GSLA 系统显示了更全面、更简洁的注释。FIC 及其相关的 GSLA 可在网站 http://worm.biomedtzc.cn 上找到。elegansinteractome database FIC，这是一个预测基因间功能相互作用的高质量数据库。FIC 中的功能相互作用作为 GSLA 的一个很好的参考相互作用组来注释差异表达的基因的潜在功能影响。在一个案例研究中，与其他广泛使用的基因集注释工具（包括 PANTHER 和 DAVID）相比，FIC/GSLA 系统显示了更全面、更简洁的注释。FIC 及其相关的 GSLA 可在网站 http://worm.biomedtzc.cn 上找到。elegans interactome database FIC，这是一个高质量的预测基因间功能相互作用的数据库。FIC 中的功能相互作用作为 GSLA 的一个很好的参考相互作用组来注释差异表达的基因的潜在功能影响。在一个案例研究中，与其他广泛使用的基因集注释工具（包括 PANTHER 和 DAVID）相比，FIC/GSLA 系统显示了更全面、更简洁的注释。FIC 及其相关的 GSLA 可在网站 http://worm.biomedtzc.cn 上找到。与其他广泛使用的基因集注释工具（包括 PANTHER 和 DAVID）相比，FIC/GSLA 系统显示出更全面、更简洁的注释。FIC 及其相关的 GSLA 可在网站 http://worm.biomedtzc.cn 上找到。与其他广泛使用的基因集注释工具（包括 PANTHER 和 DAVID）相比，FIC/GSLA 系统显示出更全面、更简洁的注释。FIC 及其相关的 GSLA 可在网站 http://worm.biomedtzc.cn 上找到。