Potato cyst nematodes (PCN) from the genus Globodera spp. cause major losses in potato ( Solanum tuberosum) industry worldwide. Despite their importance, at present little is known about the status of this plant pathogen in cultivated potatoes in Colombia. In this study, a total of 589 samples collected from 75 geographic localities from nine potato producing departments of Colombia were assayed for the presence of potato cyst nematodes. Fifty-seven percent of samples tested positive for PCN. All populations but one were identified as Globodera pallida, with conspicuous morphometric variation found among populations. Based on phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer region (ITS1-5.8S-ITS2) of the rRNA gene and D2-D3 expansion segments of the 28S rRNA gene, G. pallida from Colombia formed a monophyletic group closely related to Peruvian populations, with the lowest average number of nucleotide substitutions per site ( Dxy = 0.002) and net nucleotide substitutions per site ( Da= 0.001), when compared to G. pallida populations from South, North America and Europe. A single sample formed a well-supported subclade along with G. rostochiensis and G. tabacum from Japan, USA and Argentina. To our knowledge this is the first comprehensive survey of Globodera populations from Colombia that includes morphological and genetic data. Our findings on species diversity and phylogenetic relationships of Globodera populations from Colombia may help elucidate the status and distribution of Globodera species, and lead to the development of accurate management strategies for the potato cyst nematodes.

中文翻译：

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哥伦比亚马铃薯作物相关囊肿线虫种（Globodera spp。）的发生和特征

Globodera spp属的马铃薯囊肿线虫（PCN）。在全球范围内给马铃薯（Solaum tuberosum）行业造成重大损失。尽管它们很重要，但目前对于哥伦比亚种植的马铃薯中这种植物病原体的状况知之甚少。在这项研究中，共分析了从9个哥伦比亚马铃薯生产部门的75个地理区域收集的589个样品中是否存在马铃薯囊肿线虫。57％的样本PCN呈阳性。除一个种群外，所有种群均被鉴定为浅色Globodera pallida，在种群之间发现明显的形态变化。基于对rRNA基因的内部转录间隔区（ITS1-5.8S-ITS2）和28S rRNA基因的D2-D3扩展片段G的系统发育分析。来自哥伦比亚的Pallida组成了与秘鲁种群密切相关的单系群，与来自南部的G. pallida种群相比，每个位点的平均核苷酸取代数最低（Dxy = 0.002），每个位点的净核苷酸取代数最低（Da = 0.001），北美和欧洲。一个样品与来自日本，美国和阿根廷的罗氏沼虾和烟草一起形成了一个支撑良好的小窝。据我们所知，这是首次对哥伦比亚的Globodera种群进行的全面调查，其中包括形态和遗传数据。我们对哥伦比亚Globodera种群的物种多样性和系统发育关系的发现可能有助于阐明Globodera物种的状况和分布，并导致制定马铃薯囊肿线虫的精确管理策略。与南美，北美和欧洲的G. pallida种群相比，每个位点的平均核苷酸取代数最低（Dxy = 0.002），每个位点的净核苷酸取代度（Da = 0.001）最低。一个样品与来自日本，美国和阿根廷的罗氏沼虾和烟草一起形成了一个支撑良好的小窝。据我们所知，这是首次对哥伦比亚的Globodera种群进行的全面调查，其中包括形态和遗传数据。我们对哥伦比亚Globodera种群的物种多样性和系统发育关系的发现可能有助于阐明Globodera物种的状况和分布，并导致制定马铃薯囊肿线虫的精确管理策略。与南美，北美和欧洲的G. pallida种群相比，每个位点的平均核苷酸取代数最低（Dxy = 0.002），每个位点的净核苷酸取代度（Da = 0.001）最低。一个样品与来自日本，美国和阿根廷的罗氏沼虾和烟草一起形成了一个支撑良好的小窝。据我们所知，这是首次对哥伦比亚的Globodera种群进行的全面调查，其中包括形态和遗传数据。我们对哥伦比亚Globodera种群的物种多样性和系统发育关系的发现可能有助于阐明Globodera物种的状况和分布，并导致制定马铃薯囊肿线虫的精确管理策略。002）和每个位点的核苷酸净取代量（Da = 0.001），与南美，北美和欧洲的P. pallida种群相比。一个样品与来自日本，美国和阿根廷的罗氏沼虾和烟草一起形成了一个支撑良好的小窝。据我们所知，这是首次对哥伦比亚的Globodera种群进行的全面调查，其中包括形态和遗传数据。我们对哥伦比亚Globodera种群的物种多样性和系统发育关系的发现可能有助于阐明Globodera物种的状况和分布，并导致制定马铃薯囊肿线虫的精确管理策略。002）和每个位点的核苷酸净取代量（Da = 0.001），与南美，北美和欧洲的P. pallida种群相比。一个样品与来自日本，美国和阿根廷的罗氏沼虾和烟草一起形成了一个支撑良好的小窝。据我们所知，这是首次对哥伦比亚的Globodera种群进行的全面调查，其中包括形态和遗传数据。我们对哥伦比亚Globodera种群的物种多样性和系统发育关系的发现可能有助于阐明Globodera物种的状况和分布，并导致制定马铃薯囊肿线虫的精确管理策略。来自日本，美国和阿根廷的烟草。据我们所知，这是首次对哥伦比亚的Globodera种群进行的全面调查，其中包括形态和遗传数据。我们对哥伦比亚Globodera种群的物种多样性和系统发育关系的发现可能有助于阐明Globodera物种的状况和分布，并导致制定马铃薯囊肿线虫的精确管理策略。来自日本，美国和阿根廷的烟草。据我们所知，这是首次对哥伦比亚的Globodera种群进行的全面调查，其中包括形态和遗传数据。我们对哥伦比亚Globodera种群的物种多样性和系统发育关系的发现可能有助于阐明Globodera物种的状况和分布，并导致制定马铃薯囊肿线虫的精确管理策略。