Repertoire analysis of patient-derived recombinant monoclonal antibodies is an important tool to study the role of B cells in autoimmune diseases of the human brain and beyond. Current protocols for generation of patient-derived recombinant monoclonal antibody libraries are time-consuming and contain repetitive steps, some of which can be assisted with the help of software automation. We developed BASE, an easy-to-use software for complete data analysis in single cell immunoglobulin cloning. BASE consists of two modules: aBASE for immunological annotations and cloning primer lookup, and cBASE for plasmid sequence identity confirmation before expression. Comparing automated BASE analysis with manual analysis we confirmed the validity of BASE output: identity between manual and automated aBASE analysis was 100% for all outputs, except for immunoglobulin isotype determination. In this case, aBASE yielded correct results in 96% of cases, whereas 4% of cases required manual confirmation. cBASE automatically concluded expression recommendations in 89.8% of cases, 91.8% of which were identical to manually derived results and none of them were false-positive. BASE offers an easy-to-use software solution suitable for complete Ig sequence data analysis and tracking during recombinant mAb cloning from single cells. Plasmid sequence identity confirmation by cBASE offers functionality not provided by existing software solutions in the field and will help to reduce time-consuming steps of the monoclonal antibody generation workflow. BASE can be installed locally or accessed online at Code Ocean.

中文翻译：

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脑抗体序列评估（BASE）：易于使用的软件，可在单细胞免疫球蛋白克隆中进行完整的数据分析

患者来源的重组单克隆抗体库分析是研究B细胞在人脑及其他自身免疫性疾病中的作用的重要工具。用于产生患者来源的重组单克隆抗体文库的当前方案是耗时的，并且包含重复步骤，其中一些步骤可以借助软件自动化来辅助。我们开发了BASE，这是一种易于使用的软件，用于在单细胞免疫球蛋白克隆中进行完整的数据分析。BASE由两个模块组成：aBASE用于免疫注释和克隆引物查找，cBASE用于在表达前确认质粒序列同一性。将自动BASE分析与手动分析进行比较，我们确认了BASE输出的有效性：对于所有输出，手动和自动aBASE分析之间的一致性为100％，除了免疫球蛋白同种型测定。在这种情况下，aBASE在96％的情况下产生了正确的结果，而4％的情况需要手动确认。cBASE在89.8％的案例中自动得出了表达建议，其中91.8％与手动得出的结果相同，而且都不是假阳性。BASE提供了易于使用的软件解决方案，适用于完整的Ig序列数据分析和从单个细胞的重组mAb克隆过程中的跟踪。通过cBASE进行质粒序列同一性确认，可提供本领域现有软件解决方案无法提供的功能，并且将有助于减少单克隆抗体生成工作流程中耗时的步骤。BASE可以在本地安装，也可以在Code Ocean在线访问。而4％的案件需要人工确认。cBASE在89.8％的案例中自动得出了表达建议，其中91.8％与手动得出的结果相同，而且都不是假阳性。BASE提供了易于使用的软件解决方案，适用于完整的Ig序列数据分析和从单个细胞的重组mAb克隆过程中的跟踪。通过cBASE进行质粒序列同一性确认，可提供本领域现有软件解决方案无法提供的功能，并且将有助于减少单克隆抗体生成工作流程中耗时的步骤。BASE可以在本地安装，也可以在Code Ocean在线访问。而4％的案件需要人工确认。cBASE在89.8％的案例中自动得出了表达建议，其中91.8％与手动得出的结果相同，而且都不是假阳性。BASE提供了易于使用的软件解决方案，适用于完整的Ig序列数据分析和从单个细胞的重组mAb克隆过程中的跟踪。通过cBASE进行质粒序列同一性确认，可提供本领域现有软件解决方案无法提供的功能，并且将有助于减少单克隆抗体生成工作流程中耗时的步骤。BASE可以在本地安装，也可以在Code Ocean在线访问。其中有8％与手动得出的结果相同，而且都不是假阳性。BASE提供了易于使用的软件解决方案，适用于完整的Ig序列数据分析和从单个细胞的重组mAb克隆过程中的跟踪。通过cBASE进行质粒序列同一性确认，可提供本领域现有软件解决方案无法提供的功能，并且将有助于减少单克隆抗体生成工作流程中耗时的步骤。BASE可以在本地安装，也可以在Code Ocean在线访问。其中有8％与手动得出的结果相同，而且都不是假阳性。BASE提供了易于使用的软件解决方案，适用于完整的Ig序列数据分析和从单个细胞的重组mAb克隆过程中的跟踪。通过cBASE进行质粒序列同一性确认，可提供本领域现有软件解决方案无法提供的功能，并且将有助于减少单克隆抗体生成工作流程中耗时的步骤。BASE可以在本地安装，也可以在Code Ocean在线访问。通过cBASE进行质粒序列同一性确认，可提供本领域现有软件解决方案无法提供的功能，并且将有助于减少单克隆抗体生成工作流程中耗时的步骤。BASE可以在本地安装，也可以在Code Ocean在线访问。通过cBASE进行质粒序列同一性确认，可提供本领域现有软件解决方案无法提供的功能，并且将有助于减少单克隆抗体生成工作流程中耗时的步骤。BASE可以在本地安装，也可以在Code Ocean在线访问。