The purpose of this study was to identify genomic regions explaining a major proportion of the genetic variance in milk production and milk fat and protein content on a commercial herd of Holstein and Holstein x Jersey crossbred cattle bred in an extensive grazing system. We analyzed 305-day cumulative milk production records from 18876 cows at first lactation, of which 16907 and 16735 had milk fat and protein content records during the same period. After data quality control, genotypes from 998 animals on 40417 SNPs included in the Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip were available. Weighted single-step genome-wide association studies were conducted for milk yield (MY), fat content (FC) and protein content (PC). Windows of 10 adjacent single nucleotide polymorphisms explaining more than 0.31% of the genetic variance were considered relevant. Protein-coding genes located within those windows were retrieved, their functional relevance was assessed, the main functional categories and biological processes represented by them were identified, and an overrepresentation test was performed. Relevant windows for MY, FC and PC were 52, 57 and 56, and harbored 304, 293 and 269 protein-coding genes, respectively. The proteins encoded by those genes were mainly involved in cellular, metabolic and biological regulation processes. Cellular response to cytokine stimulus, GTPase activity and GTP binding, and heterotrimeric G-protein were the main overrepresented biological process, molecular functions, and protein class, respectively. Among the candidate genes found, some previously reported genes associated with milk traits, such as CDH2, DGAT1, GRINA, LIPA, PGR, RPGRIP1L, VPS28, MAF1, and FTO were identified. However, novel candidate genes related to transcriptional regulation and transporter activity were also found. These results contribute to a better understanding of the loci influencing milk traits in the main dairy cattle breeds in Argentina.

这项研究的目的是鉴定在广泛放牧系统中繁育的荷斯坦和荷斯坦x杂交杂交牛群的产奶，乳脂和蛋白质含量的遗传变异的主要部分的基因组区域。我们分析了初次泌乳时18876头母牛的305天累积奶产量记录，其中16907和16735同期有奶脂和蛋白质含量记录。经过数据质量控制后，可获得Illumina Bovine SNP50 v2 BeadChip中包含的40417个SNP上的998只动物的基因型。进行了加权单步全基因组关联研究，研究了牛奶产量（MY），脂肪含量（FC）和蛋白质含量（PC）。10个相邻的单核苷酸多态性的窗口解释了0.31％以上的遗传变异，被认为是相关的。检索位于这些窗口内的蛋白质编码基因，评估它们的功能相关性，确定它们代表的主要功能类别和生物学过程，并进行过表达测试。MY，FC和PC的相关窗口分别为52、57和56，分别包含304、293和269个蛋白编码基因。这些基因编码的蛋白质主要参与细胞，代谢和生物调节过程。细胞对细胞因子刺激，GTPase活性和GTP结合以及异源三聚体G蛋白的反应分别是主要过分代表的生物学过程，分子功能和蛋白类别。在发现的候选基因中，一些先前报道的与牛奶性状有关的基因，例如 对它们的功能相关性进行了评估，确定了它们代表的主要功能类别和生物学过程，并进行了代表性测试。MY，FC和PC的相关窗口分别为52、57和56，分别包含304、293和269个蛋白编码基因。这些基因编码的蛋白质主要参与细胞，代谢和生物调节过程。细胞对细胞因子刺激，GTPase活性和GTP结合以及异源三聚体G蛋白的反应分别是主要过分代表的生物学过程，分子功能和蛋白类别。在发现的候选基因中，一些先前报道的与牛奶性状有关的基因，例如 对它们的功能相关性进行了评估，确定了它们代表的主要功能类别和生物学过程，并进行了代表性测试。MY，FC和PC的相关窗口分别为52、57和56，分别包含304、293和269个蛋白编码基因。这些基因编码的蛋白质主要参与细胞，代谢和生物调节过程。细胞对细胞因子刺激，GTPase活性和GTP结合以及异源三聚体G蛋白的反应分别是主要过分代表的生物学过程，分子功能和蛋白类别。在发现的候选基因中，一些先前报道的与牛奶性状有关的基因，例如 并进行了过度陈述测试。MY，FC和PC的相关窗口分别为52、57和56，分别包含304、293和269个蛋白编码基因。这些基因编码的蛋白质主要参与细胞，代谢和生物调节过程。细胞对细胞因子刺激，GTPase活性和GTP结合以及异源三聚体G蛋白的反应分别是主要过分代表的生物学过程，分子功能和蛋白类别。在发现的候选基因中，一些先前报道的与牛奶性状有关的基因，例如 并进行了过度陈述测试。MY，FC和PC的相关窗口分别为52、57和56，分别包含304、293和269个蛋白编码基因。这些基因编码的蛋白质主要参与细胞，代谢和生物调节过程。细胞对细胞因子刺激，GTPase活性和GTP结合以及异源三聚体G蛋白的反应分别是主要过分代表的生物学过程，分子功能和蛋白类别。在发现的候选基因中，一些先前报道的与牛奶性状有关的基因，例如 代谢和生物调节过程。细胞对细胞因子刺激，GTPase活性和GTP结合以及异源三聚体G蛋白的反应分别是主要过分代表的生物学过程，分子功能和蛋白类别。在发现的候选基因中，一些先前报道的与牛奶性状有关的基因，例如 代谢和生物调节过程。细胞对细胞因子刺激，GTPase活性和GTP结合以及异源三聚体G蛋白的反应分别是主要过分代表的生物学过程，分子功能和蛋白类别。在发现的候选基因中，一些先前报道的与牛奶性状有关的基因，例如确定了CDH2，DGAT1，GRINA，LIPA，PGR，RPGRIP1L，VPS28，MAF1和FTO。但是，还发现了与转录调控和转运蛋白活性有关的新候选基因。这些结果有助于更好地了解影响阿根廷主要奶牛品种的乳汁性状的基因座。