Rapeseed/canola (Brassica napus L.) root system varied widely among the winter and spring growth habits in late growth stages. In this study, we have phenotyped seven different root architectural traits with a diversity panel consisting of 224 B. napus accessions grown in greenhouse during 2015 and 2016. A genome-wide association study with 37,500 single nucleotide polymorphism markers was conducted to detect marker trait association. A total of 52 significant marker loci were identified at 0.01 percentile tail P value cutoff for different root traits, ten loci for root length (RL), eleven loci for root angle (RA), nine loci each for number of primary root branches (PRB) and root dry weight, seven loci for root vigor score (RVS), and six loci for root diameters at two points (R1Dia and R2Dia). Majority of those significant marker loci were distributed on five chromosomes, A01, A02, A04, C03 and C06. Twenty-two candidate genes related to root traits and root development were detected within 50 kbp upstream and downstream of different significant markers. Three of these candidate genes, P-glycoprotein 6 (PGP6), Tetraspanin 7 (TET7) and ARABIDILLO-2 were detected within the marker loci chrC03_12098594 (RL), chrA01_8813067 (PRB), and chrA04_rand_54410 (R1Dia). Multiple marker loci associated with different root traits were detected within a close physical distances on chromosome A01, A02, A04 and C03 referring possible co-localization of the loci for different root traits. Twelve significant markers were validated the marker-trait association for PRB, RVS, RL and RA in 20 germplasm accessions.

中文翻译：

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油菜/油菜 (Brassica napus L.) 生长后期根系结构特征的全基因组关联作图和候选基因挖掘

油菜/油菜 (Brassica napus L.) 根系在生长后期的冬春季生长习性中差异很大。在这项研究中，我们对 7 个不同的根系结构特征进行了表型分析，该多样性面板由 224 种在 2015 年和 2016 年期间在温室中种植的欧洲油菜种质组成。进行了具有 37,500 个单核苷酸多态性标记的全基因组关联研究以检测标记性状关联. 在0.01%尾P值截断处共鉴定出52个不同根性状的显着标记位点，10个根长（RL）位点，11个根角（RA）位点，9个主根分枝数（PRB）位点) 和根干重、根活力评分 (RVS) 的七个位点和两个点 (R1Dia 和 R2Dia) 处根直径的六个位点。大多数这些显着标记基因座分布在五个染色体上，A01、A02、A04、C03 和 C06。在不同显着标记的上游和下游 50 kbp 范围内检测到 22 个与根性状和根发育相关的候选基因。在标记基因座 chrC03_12098594 (RL)、chrA01_8813067 (PRB) 和 chrA04_rand_51410 中检测到三个候选基因，P-糖蛋白 6 (PGP6)、Tetraspanin 7 (TET7) 和 ARABIDILLO-2。在染色体 A01、A02、A04 和 C03 上的近距离物理距离内检测到与不同根性状相关的多个标记基因座，这涉及不同根性状的基因座可能的共定位。在 20 个种质材料中验证了 12 个显着标记与 PRB、RVS、RL 和 RA 的标记-性状关联。C03和C06。在不同显着标记的上游和下游 50 kbp 范围内检测到 22 个与根性状和根发育相关的候选基因。在标记基因座 chrC03_12098594 (RL)、chrA01_8813067 (PRB) 和 chrA04_rand_51410 中检测到三个候选基因，P-糖蛋白 6 (PGP6)、Tetraspanin 7 (TET7) 和 ARABIDILLO-2。在染色体 A01、A02、A04 和 C03 上的近距离物理距离内检测到与不同根性状相关的多个标记基因座，这涉及不同根性状的基因座可能的共定位。在 20 个种质中验证了 12 个显着标记与 PRB、RVS、RL 和 RA 的标记性状关联。C03和C06。在不同显着标记的上游和下游 50 kbp 范围内检测到 22 个与根性状和根发育相关的候选基因。在标记基因座 chrC03_12098594 (RL)、chrA01_8813067 (PRB) 和 chrA04_rand_51410 中检测到三个候选基因，P-糖蛋白 6 (PGP6)、Tetraspanin 7 (TET7) 和 ARABIDILLO-2。在染色体 A01、A02、A04 和 C03 上的近距离物理距离内检测到与不同根性状相关的多个标记基因座，这涉及不同根性状的基因座可能的共定位。在 20 个种质材料中验证了 12 个显着标记与 PRB、RVS、RL 和 RA 的标记-性状关联。在不同显着标记的上游和下游 50 kbp 范围内检测到 22 个与根性状和根发育相关的候选基因。在标记基因座 chrC03_12098594 (RL)、chrA01_8813067 (PRB) 和 chrA04_rand_51410 中检测到三个候选基因，P-糖蛋白 6 (PGP6)、Tetraspanin 7 (TET7) 和 ARABIDILLO-2。在染色体 A01、A02、A04 和 C03 上的近距离物理距离内检测到与不同根性状相关的多个标记基因座，这涉及不同根性状的基因座可能的共定位。在 20 个种质材料中验证了 12 个显着标记与 PRB、RVS、RL 和 RA 的标记-性状关联。在不同显着标记的上游和下游 50 kbp 范围内检测到 22 个与根性状和根发育相关的候选基因。在标记基因座 chrC03_12098594 (RL)、chrA01_8813067 (PRB) 和 chrA04_rand_51410 中检测到三个候选基因，P-糖蛋白 6 (PGP6)、Tetraspanin 7 (TET7) 和 ARABIDILLO-2。在染色体 A01、A02、A04 和 C03 上的近距离物理距离内检测到与不同根性状相关的多个标记基因座，这涉及不同根性状的基因座可能的共定位。在 20 个种质材料中验证了 12 个显着标记与 PRB、RVS、RL 和 RA 的标记-性状关联。在标记基因座 chrC03_12098594 (RL)、chrA01_8813067 (PRB) 和 chrA04_rand_54410 (R1Dia) 内检测到四跨膜蛋白 7 (TET7) 和 ARABIDILLO-2。在染色体 A01、A02、A04 和 C03 上的近距离物理距离内检测到与不同根性状相关的多个标记基因座，这涉及不同根性状的基因座可能的共定位。在 20 个种质材料中验证了 12 个显着标记与 PRB、RVS、RL 和 RA 的标记-性状关联。在标记基因座 chrC03_12098594 (RL)、chrA01_8813067 (PRB) 和 chrA04_rand_54410 (R1Dia) 内检测到四跨膜蛋白 7 (TET7) 和 ARABIDILLO-2。在染色体 A01、A02、A04 和 C03 上的近距离物理距离内检测到与不同根性状相关的多个标记基因座，这涉及不同根性状的基因座可能的共定位。在 20 个种质材料中验证了 12 个显着标记与 PRB、RVS、RL 和 RA 的标记-性状关联。