Encapsidation by nucleocapsid (N) protein is crucial for viral RNA to serve as a functional template for virus replication. However, the potential region that is vital for RNA encapsidation of Nipah virus (NiV) is still unknown. Thus, this study was aimed to identify these regions using a NiV minireplicon system. A series of broad range internal deletion mutations was generated in the 5′ non-translated region (NTR) of the N gene mRNA region of NiV leader promoter via site-directed overlapping PCR-mediated mutagenesis. The mutation effects on synthesis and encapsidation of antigenome RNA, transcription, and RNA binding affinity of N protein were evaluated. The deletions of nucleotides 73–108, 79–108, and 85–108 from NiV leader promoter inhibited the encapsidation of antigenome RNA, while the deletion of nucleotides 103–108 suppressed the synthesis and encapsidation of antigenome RNA, implying that these regions are required for genome replication. Surprisingly, none of the mutations had detrimental effect on viral transcription. Using isothermal titration calorimetry, the binding of NiV N protein to genome or antigenome RNA transcript lacking of nucleotides 73–108 was found to be suppressed. Additionally, in silico analysis on secondary structure of genome RNA further supported the plausible cause of inefficient encapsidation of antigenome RNA by the loss of encapsidation signal in genome template. In conclusion, this study suggests that the nucleotides 73–90 within 5′ NTR of the N gene mRNA region in NiV leader promoter contain cis-acting RNA element that is important for efficient encapsidation of antigenome RNA.

核衣壳（N）蛋白的衣壳化对于病毒RNA充当病毒复制的功能模板至关重要。但是，对于尼帕病毒（NiV）的RNA衣壳化至关重要的潜在区域仍然未知。因此，本研究旨在使用NiV微型复制子系统鉴定这些区域。通过定点重叠PCR介导的诱变，在NiV前导启动子的N基因mRNA区域的5'非翻译区（NTR）中产生了一系列广泛的内部缺失突变。评估了突变对反基因组RNA合成和衣壳化，转录和N蛋白RNA结合亲和力的影响。NiV前导启动子核苷酸73-108、79-108和85-108的缺失抑制了反基因组RNA的衣壳化，而第103-108位核苷酸的缺失抑制了反基因组RNA的合成和衣壳化，这暗示着这些区域是基因组复制所必需的。出乎意料的是，没有一个突变对病毒转录有有害作用。使用等温滴定热法，发现NiV N蛋白与基因组或缺少核苷酸73-108的反基因组RNA转录物的结合被抑制。另外，对基因组RNA二级结构的计算机分析进一步证实了通过丢失基因组模板中的衣壳化信号，使反基因组RNA衣壳化效率低下的可能原因。总之，这项研究表明，NiV前导启动子中N基因mRNA区域5'NTR内的第73-90位核苷酸含有 暗示这些区域是基因组复制所必需的。出乎意料的是，没有一个突变对病毒转录有有害作用。使用等温滴定热法，发现NiV N蛋白与基因组或缺少核苷酸73-108的反基因组RNA转录物的结合被抑制。另外，对基因组RNA二级结构的计算机分析进一步证实了通过丢失基因组模板中的衣壳化信号，使反基因组RNA衣壳化效率低下的可能原因。总之，这项研究表明，NiV前导启动子中N基因mRNA区域5'NTR内的第73-90位核苷酸含有 暗示这些区域是基因组复制所必需的。出乎意料的是，没有一个突变对病毒转录有有害作用。使用等温滴定热法，发现NiV N蛋白与基因组或缺少核苷酸73-108的反基因组RNA转录物的结合被抑制。另外，对基因组RNA二级结构的计算机分析进一步证实了通过丢失基因组模板中的衣壳化信号，使反基因组RNA衣壳化效率低下的可能原因。总之，这项研究表明，NiV前导启动子中N基因mRNA区域5'NTR内的第73-90位核苷酸含有 NiV N蛋白与基因组或反基因组RNA转录本缺乏核苷酸73-108的结合被发现受到抑制。另外，对基因组RNA二级结构的计算机分析进一步证实了通过丢失基因组模板中的衣壳化信号，使反基因组RNA衣壳化效率低下的可能原因。总之，这项研究表明，NiV前导启动子中N基因mRNA区域5'NTR内的第73-90位核苷酸含有 NiV N蛋白与基因组或反基因组RNA转录本缺乏核苷酸73-108的结合被发现受到抑制。另外，对基因组RNA二级结构的计算机分析进一步证实了通过丢失基因组模板中的衣壳化信号，使反基因组RNA衣壳化效率低下的可能原因。总之，这项研究表明，NiV前导启动子中N基因mRNA区域5'NTR内的第73-90位核苷酸含有顺式作用RNA元件，对反基因组RNA的有效衣壳化很重要。