BACKGROUND Since the implementation of the Xpert MTB/RIF in Sao Paulo, Brazil, numerous Mycobacterium tuberculosis isolates presenting "rifampicin-resistant genotype with rifampicin-susceptible phenotype" were observed. OBJECTIVE To evaluate the prevalence, rpoB mutations and transmission of M. tuberculosis resistant to rifampicin on Xpert MTB/RIF but susceptible on BACTEC MGIT system, in Sao Paulo state. METHODS Patients' isolates with this pattern of rifampicin discordance, collected from 2014 to 2017, had their rpoB predominant rifampicin-resistance-determining region sequenced and were genotyped by IS6110 restriction fragment-length polymorphism. FINDINGS The prevalence of rifampicin-discordant M. tuberculosis with genotypic resistance was 55.1% (156/283). Among the sequenced and genotyped isolates, 75.5% (111/147) were in clusters, largely associated with the type of rpoB mutation. Most isolates (98.6%; 72/73) harbouring the predominant mutation, His445Asn, were pooled into the two largest clusters, SP2ga (42/72; 58.3%) and SP5o (12/72; 16.7%). Ranking second, isolates carrying the silent mutation Phe433Phe were mostly (92.3%; 24/26) gathered into four groups of the family SP25. CONCLUSION These findings suggest that this unusual high rifampicin discrepancy proportion was greatly influenced by few actively circulating clusters. Further studies on many of the rpoB mutations identified in our setting are needed to elucidate their association with phenotypic rifampicin resistance.

中文翻译：

---

结核分枝杆菌的传播在地方性结核病环境中对利福平的基因型和表型耐药性表现出异常高的不一致

背景技术自从在巴西圣保罗实施 Xpert MTB/RIF 以来，观察到大量结核分枝杆菌分离株呈现“利福平易感表型的利福平耐药基因型”。目的 评估在 Xpert MTB/RIF 上对利福平耐药但在 BACTEC MGIT 系统上敏感的结核分枝杆菌在圣保罗州的患病率、rpoB 突变和传播。方法 对 2014 年至 2017 年收集的具有这种利福平不一致模式的患者分离株进行了 rpoB 主要利福平耐药决定区测序，并通过 IS6110 限制性片段长度多态性进行基因分型。结果 具有基因型耐药性的利福平不一致结核分枝杆菌的患病率为 55.1% (156/283)。在测序和基因分型的分离株中，75。5% (111/147) 呈簇状，主要与 rpoB 突变的类型有关。大多数具有主要突变 His445Asn 的分离株 (98.6%；72/73) 被合并到两个最大的簇中，SP2ga (42/72；58.3%) 和 SP5o (12/72；16.7%)。排名第二，携带沉默突变 Phe433Phe 的分离株大多 (92.3%; 24/26) 聚集到 SP25 家族的四组中。结论 这些发现表明，这种不寻常的高利福平差异比例很大程度上受到少数活跃循环簇的影响。需要对我们环境中鉴定的许多 rpoB 突变进行进一步研究，以阐明它们与表型利福平耐药性的关联。被合并到两个最大的集群中，SP2ga（42/72；58.3%）和 SP5o（12/72；16.7%）。排名第二，携带沉默突变 Phe433Phe 的分离株大多 (92.3%; 24/26) 聚集到 SP25 家族的四组中。结论 这些发现表明，这种不寻常的高利福平差异比例很大程度上受到少数活跃循环簇的影响。需要对我们环境中鉴定的许多 rpoB 突变进行进一步研究，以阐明它们与表型利福平耐药性的关联。被合并到两个最大的集群中，SP2ga（42/72；58.3%）和 SP5o（12/72；16.7%）。排名第二，携带沉默突变 Phe433Phe 的分离株大多 (92.3%; 24/26) 聚集到 SP25 家族的四组中。结论 这些发现表明，这种不寻常的高利福平差异比例很大程度上受到少数活跃循环簇的影响。需要对我们环境中鉴定的许多 rpoB 突变进行进一步研究，以阐明它们与表型利福平耐药性的关联。结论 这些发现表明，这种不寻常的高利福平差异比例很大程度上受到少数活跃循环簇的影响。需要对我们环境中鉴定的许多 rpoB 突变进行进一步研究，以阐明它们与表型利福平耐药性的关联。结论 这些发现表明，这种不寻常的高利福平差异比例很大程度上受到少数活跃循环簇的影响。需要对我们环境中鉴定的许多 rpoB 突变进行进一步研究，以阐明它们与表型利福平耐药性的关联。