Seed weight (SW) is a component of soybean [Glycine max (L.) Merr.] yield and it is also an important determinant of quality for food products such as edamame, soy nuts, and tofu. A better understanding of the genetic basis of SW is important for cultivar development and for use in various food industries. The objective of this study was to identify and confirm the genomic regions, favorable alleles, and candidate genes associated with SW. Genome‐wide association mapping was conducted on 36 panels including a diverse panel of 373 accessions grown in three environments (one panel) and 35 panels obtained from the Germplasm Resources Information Network. Association mapping identified 66 significant single nucleotide polymophisms (SNPs) that probably tagged 47 putative loci associated with SW that had allelic effects ranging from –7.8 to 6.9 g per 100 seeds. Of these 47 loci, 42 significant loci–SW associations were confirmed with previously identified SW quantitative trait loci (QTLs). One SNP on Gm17 and another SNP on Gm19 were present in 16 and 8 panels, respectively. There were 121 candidate genes found within the same linkage disequilibrium blocks as the identified SNPs; 97 of these genes had biological functions associated with seed components including protein, fatty acids (oil), carbohydrates, seeds, embryos, water, and cotyledons. The entire USDA soybean germplasm collection was explored for the favorable alleles. Favorable alleles, accessions identified from the germplasm collection, and candidate genes may be important resources for breeding for SW in soybean.

中文翻译：

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关联映射确定并确认基因座的大豆种子重量

种子重量（SW）是大豆的组成部分[ Glycine max（L.）Merr。]的产量，它也是毛豆，大豆坚果和豆腐等食品质量的重要决定因素。更好地了解SW的遗传基础对于品种开发和在各种食品工业中的使用很重要。这项研究的目的是鉴定和确认与SW相关的基因组区域，有利的等位基因和候选基因。全基因组关联映射在36个小组中进行，包括在三种环境中生长的373个种质的一个小组（一个小组）和从种质资源信息网络获得的35个小组。关联作图鉴定出66个重要的单核苷酸多态性（SNP），它们可能标记了与SW相关的47个推定基因座，其等位基因作用范围为每100种子–7.8至6.9 g。在这47个地点中，与先前确定的SW数量性状基因座（QTL）确认了42个重要的基因座-SW关联。Gm17上的一个SNP和Gm19上的另一个SNP分别存在于16和8个面板中。在与已鉴定的SNPs相同的连锁不平衡区中发现了121个候选基因。这些基因中的97个具有与种子成分（包括蛋白质，脂肪酸（油），碳水化合物，种子，胚胎，水和子叶）相关的生物学功能。探索了整个USDA大豆种质资源库，寻找有利的等位基因。有利的等位基因，从种质收集物中鉴定到的种质以及候选基因可能是在大豆中进行西南育种的重要资源。Gm17上的一个SNP和Gm19上的另一个SNP分别存在于16和8个面板中。在与已鉴定的SNPs相同的连锁不平衡区中发现了121个候选基因。这些基因中的97个具有与种子成分（包括蛋白质，脂肪酸（油），碳水化合物，种子，胚胎，水和子叶）相关的生物学功能。探索了整个USDA大豆种质资源库，寻找有利的等位基因。有利的等位基因，从种质收集物中鉴定到的种质以及候选基因可能是在大豆中进行西南育种的重要资源。Gm17上的一个SNP和Gm19上的另一个SNP分别存在于16和8个面板中。在与已鉴定的SNPs相同的连锁不平衡区中发现了121个候选基因。这些基因中的97个具有与种子成分（包括蛋白质，脂肪酸（油），碳水化合物，种子，胚胎，水和子叶）相关的生物学功能。探索了整个USDA大豆种质资源库，寻找有利的等位基因。有利的等位基因，从种质收集物中鉴定到的种质以及候选基因可能是在大豆中进行西南育种的重要资源。胚胎，水和子叶。探索了整个USDA大豆种质资源库，寻找有利的等位基因。有利的等位基因，从种质收集物中鉴定到的种质以及候选基因可能是在大豆中进行西南育种的重要资源。胚胎，水和子叶。探索了整个USDA大豆种质收集物中的有利等位基因。有利的等位基因，从种质收集物中鉴定到的种质以及候选基因可能是在大豆中进行西南育种的重要资源。