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Parsimony-based test for identifying changes in evolutionary trends for quantitative characters: implications for the origin of the amniotic egg
Cladistics ( IF 3.9 ) Pub Date : 2019-02-21 , DOI: 10.1111/cla.12371
Gilles Didier 1, 2 , Olivier Chabrol 2 , Michel Laurin 3
Affiliation  

The origin of the amniotic egg was a major event in vertebrate evolution and is thought to have contributed to the spectacular evolutionary radiation of amniotes. We test one of the most popular scenarios proposed by Carroll in 1970 to explain the origin of the amniotic egg using a novel method based on an asymmetric version of linear parsimony (aka Wagner parsimony) for identifying the most parsimonious split of a tree into two parts between which the evolution of the character is allowed to differ. The new method evaluates the cost of splitting a phylogenetic tree at a given node as the integral, over all pairs of asymmetry parameters, of the most parsimonious costs that can be achieved by using the first parameter on the subtree pending from this node and the second parameter elsewhere. By testing all the nodes, we then obtain the most parsimonious split of a tree with regard to the character values at its tips. Among the nine trees and two characters tested, our method yields a total of 517 parsimonious trend changes in Permo‐Carboniferous stegocephalians, a single one of which occurs in a part of the tree (among stem‐amniotes) where Carroll's scenario predicts that there should have been distinct changes in body size evolutionary trends. This refutes the scenario because the amniote stem does not appear to have elevated rates of evolutionary trend shifts. Our nodal body size estimates offer less discriminating power, but they likewise fail to find strong support for Carroll's scenario.

中文翻译:

用于识别数量性状进化趋势变化的简约检验:对羊膜卵起源的影响

羊膜卵的起源是脊椎动物进化中的一个重大事件,被认为促成了羊膜动物壮观的进化辐射。我们测试了 Carroll 在 1970 年提出的最流行的场景之一,以使用基于非对称版本的线性简约(又名 Wagner 简约)的新方法来解释羊膜卵的起源,以识别将树最简约地分成两部分允许角色的进化不同。新方法将在给定节点处分裂系统发育树的成本评估为在所有不对称参数对上的积分,通过使用从该节点挂起的子树上的第一个参数和第二个参数可以实现的最简约成本别处的参数。通过测试所有节点,然后,我们根据其尖端的字符值获得树的最简约分割。在测试的 9 棵树和两个特征中,我们的方法总共产生了 517 种 Permo-Carboniferous stegocephalians 的简约趋势变化,其中一个发生在树的一部分(在茎 - 羊膜动物中),Carroll 的场景预测应该有体型有明显变化的进化趋势。这驳斥了这种情况,因为羊膜茎似乎没有升高的进化趋势变化率。我们的节点体尺寸估计提供的判别能力较低,但它们同样未能找到对 Carroll 情景的有力支持。我们的方法总共产生了 517 种二叉石炭纪剑头类动物的简约趋势变化,其中一个发生在树的一部分(在茎 - 羊膜动物中),卡罗尔的情景预测,在那里,体型进化趋势应该有明显的变化. 这驳斥了这种情况,因为羊膜茎似乎没有升高的进化趋势变化率。我们的节点体尺寸估计提供的判别能力较低,但它们同样未能找到对 Carroll 情景的有力支持。我们的方法总共产生了 517 种二叉石炭纪剑头类动物的简约趋势变化,其中一个发生在树的一部分(在茎 - 羊膜动物中),卡罗尔的情景预测,在那里,体型进化趋势应该有明显的变化. 这驳斥了这种情况,因为羊膜茎似乎没有升高的进化趋势变化率。我们的节点体尺寸估计提供的判别能力较低,但它们同样未能找到对 Carroll 情景的有力支持。这驳斥了这种情况,因为羊膜茎似乎没有升高的进化趋势变化率。我们的节点体尺寸估计提供的判别能力较低,但它们同样未能找到对 Carroll 情景的有力支持。这驳斥了这种情况,因为羊膜茎似乎没有升高的进化趋势变化率。我们的节点体尺寸估计提供的判别能力较低,但它们同样未能找到对 Carroll 情景的有力支持。
更新日期:2019-02-21
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