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Unique regulator SrpR mediates crosstalk between efflux pumps TtgABC and SrpABC in Pseudomonas putida B6‐2 (DSM 28064)
Molecular Microbiology ( IF 2.6 ) Pub Date : 2020-09-17 , DOI: 10.1111/mmi.14605 Xuemei Yao 1, 2 , Fei Tao 1 , Hongzhi Tang 1 , Haiyang Hu 1 , Weiwei Wang 1 , Ping Xu 1
Molecular Microbiology ( IF 2.6 ) Pub Date : 2020-09-17 , DOI: 10.1111/mmi.14605 Xuemei Yao 1, 2 , Fei Tao 1 , Hongzhi Tang 1 , Haiyang Hu 1 , Weiwei Wang 1 , Ping Xu 1
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The coexistence of multiple homologous resistance‐nodulation‐division (RND) efflux pumps in bacteria is frequently described with overlapping substrate profiles. However, it is unclear how bacteria balance their transcription in response to the changing environment. Here, we characterized a repressor, SrpR, in Pseudomonas putida B6‐2 (DSM 28064), whose coding gene is adjacent to srpS that encodes the local repressor of the RND‐type efflux pump SrpABC gene cluster. SrpR was demonstrated as a specific repressor of another RND efflux pump gene cluster ttgABC that is locally repressed by TtgR. SrpR was found to be capable of binding to the ttgABC operator with a higher affinity (KD, 138.0 nM) compared to TtgR (KD, 15.4 μM). EMSA and β‐galactosidase assays were performed to survey possible effectors of SrpR with 35 available chemicals being tested. Only 2,3,4‐trichlorophenol was identified as an effector of SrpR. A regulation model was then proposed, representing a novel strategy for balancing the efflux systems with partially overlapping substrate profiles. This study highlights sophisticated interactions among the RND efflux pumps in a Pseudomonas strain, which may endow bacteria with certain advantages in a fluctuant environment.
中文翻译：
独特的调节器 SrpR 介导恶臭假单胞菌 B6-2 中外排泵 TtgABC 和 SrpABC 之间的串扰 (DSM 28064)
细菌中多个同源抗性-结节-分裂 (RND) 外排泵的共存经常用重叠的底物分布来描述。然而，尚不清楚细菌如何平衡其转录以响应不断变化的环境。在这里，我们表征了恶臭假单胞菌B6-2 (DSM 28064) 中的抑制因子SrpR，其编码基因与srpS相邻，后者编码 RND 型外排泵 SrpABC 基因簇的局部抑制因子。SrpR 被证明是另一个 RND 外排泵基因簇ttgABC的特异性阻遏物，该簇被TtgR局部抑制。SRPR被发现是能够结合到ttgABC操作者具有更高的亲和力（K d相比TtgR，138.0纳米）（KD , 15.4 μM)。进行了 EMSA 和β-半乳糖苷酶测定以调查 SrpR 的可能效应物，并测试了 35 种可用化学物质。只有 2,3,4-三氯苯酚被鉴定为 SrpR 的效应物。然后提出了一个调节模型，代表了一种平衡具有部分重叠底物轮廓的外排系统的新策略。这项研究强调了假单胞菌菌株中RND 外排泵之间复杂的相互作用，这可能使细菌在波动的环境中具有某些优势。
更新日期：2020-09-17
中文翻译：
独特的调节器 SrpR 介导恶臭假单胞菌 B6-2 中外排泵 TtgABC 和 SrpABC 之间的串扰 (DSM 28064)
细菌中多个同源抗性-结节-分裂 (RND) 外排泵的共存经常用重叠的底物分布来描述。然而，尚不清楚细菌如何平衡其转录以响应不断变化的环境。在这里，我们表征了恶臭假单胞菌B6-2 (DSM 28064) 中的抑制因子SrpR，其编码基因与srpS相邻，后者编码 RND 型外排泵 SrpABC 基因簇的局部抑制因子。SrpR 被证明是另一个 RND 外排泵基因簇ttgABC的特异性阻遏物，该簇被TtgR局部抑制。SRPR被发现是能够结合到ttgABC操作者具有更高的亲和力（K d相比TtgR，138.0纳米）（KD , 15.4 μM)。进行了 EMSA 和β-半乳糖苷酶测定以调查 SrpR 的可能效应物，并测试了 35 种可用化学物质。只有 2,3,4-三氯苯酚被鉴定为 SrpR 的效应物。然后提出了一个调节模型，代表了一种平衡具有部分重叠底物轮廓的外排系统的新策略。这项研究强调了假单胞菌菌株中RND 外排泵之间复杂的相互作用，这可能使细菌在波动的环境中具有某些优势。
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