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An easy and robust method for the isolation of high quality RNA from coconut tissues
Electronic Journal of Biotechnology ( IF 2.7 ) Pub Date : 2020-11-01 , DOI: 10.1016/j.ejbt.2020.09.008
Amjad Iqbal , Yaodong Yang , Yi Wu , Jing Li , Muhammad Hamayun , Anwar Hussain , Farooq Shah

Abstract Background Coconut tissues consist of a complex network of polysaccharides, proteins, polyphenols, and lipids that can bind to nucleic acids and pose difficulty in isolation. Certainly, a vigorous method is required to isolate high quality and quantity of RNA from such tissues for the purpose of downstream experiments. In this paper, we discuss a newly developed method for the Isolation of RNA from Complex Matrices (IRCM) method from coconut tissues. Results The method is robust, cheap, and efficient for the extraction of quality RNA in high quantities from the solid endosperm of stored and fresh coconut (150 μg/g FW with A260/280 = 1.89 and 247.5 μg/g FW with A260/280 = 1.91), coconut apple (263.8 μg/g FW with A260/280 = 1.97), and coconut bud (1052.5 μg/g FW with A260/280 = 2.00). The other well established methods, such as Method of RNA Isolation from Palm (MRIP), Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB), TRIZOL, and RNA plant kit failed to isolate quality RNA in appreciable quantities from the coconut tissues. Furthermore, the resultant RNA performed well in the downstream experiment, that is, RT-PCR for the production and amplification of cDNA. Conclusions From the study, we concluded that the present method will play a vital role in the extraction of high quality RNA from complex matrices in a short time. How to cite: Iqbal A, Yang Y, Wu Y, et al. An easy and robust method for the isolation of high quality RNA from coconut tissues. Electron J Biotechnol 2020;48. https://doi.org/10.1016/j.ejbt.2020.09.008

中文翻译:

从椰子组织中分离高质量 RNA 的简单而可靠的方法

摘要背景椰子组织由多糖、蛋白质、多酚和脂质组成的复杂网络组成,这些网络可以与核酸结合并且难以分离。当然,为了下游实验的目的,需要一种强有力的方法从这些组织中分离出高质量和数量的 RNA。在本文中,我们讨论了一种新开发的从椰子组织中分离复杂基质 (IRCM) 方法的 RNA 的方法。结果 该方法稳健、廉价且高效,可从储存和新鲜椰子的固体胚乳中大量提取优质 RNA(150 μg/g FW,A260/280 = 1.89 和 247.5 μg/g FW,A260/280 = 1.91)、椰子苹果(263.8 μg/g FW,A260/280 = 1.97)和椰子芽(1052.5 μg/g FW,A260/280 = 2.00)。其他成熟的方法,例如棕榈树 RNA 分离方法 (MRIP)、十六烷基三甲基溴化铵 (CTAB)、TRIZOL 和 RNA 植物试剂盒未能从椰子组织中分离出可观数量的优质 RNA。此外,所得RNA在下游实验中表现良好,即用于生产和扩增cDNA的RT-PCR。结论 从研究中,我们得出结论,本方法将在短时间内从复杂基质中提取高质量 RNA 中发挥重要作用。如何引用:Iqbal A、Yang Y、Wu Y 等。一种从椰子组织中分离高质量 RNA 的简单而可靠的方法。电子 J 生物技术 2020;48。https://doi.org/10.1016/j.ejbt.2020.09.008 和 RNA 植物试剂盒未能从椰子组织中分离出可观数量的优质 RNA。此外,所得RNA在下游实验中表现良好,即用于生产和扩增cDNA的RT-PCR。结论 从研究中,我们得出结论,本方法将在短时间内从复杂基质中提取高质量 RNA 中发挥重要作用。如何引用:Iqbal A、Yang Y、Wu Y 等。一种从椰子组织中分离高质量 RNA 的简单而可靠的方法。电子 J 生物技术 2020;48。https://doi.org/10.1016/j.ejbt.2020.09.008 和 RNA 植物试剂盒未能从椰子组织中分离出可观数量的优质 RNA。此外,所得RNA在下游实验中表现良好,即用于生产和扩增cDNA的RT-PCR。结论 从研究中,我们得出结论,本方法将在短时间内从复杂基质中提取高质量 RNA 中发挥重要作用。如何引用:Iqbal A、Yang Y、Wu Y 等。一种从椰子组织中分离高质量 RNA 的简单而可靠的方法。电子 J 生物技术 2020;48。https://doi.org/10.1016/j.ejbt.2020.09.008 我们得出的结论是,本方法将在短时间内从复杂基质中提取高质量 RNA 中发挥至关重要的作用。如何引用:Iqbal A、Yang Y、Wu Y 等。一种从椰子组织中分离高质量 RNA 的简单而可靠的方法。电子 J 生物技术 2020;48。https://doi.org/10.1016/j.ejbt.2020.09.008 我们得出的结论是,本方法将在短时间内从复杂基质中提取高质量 RNA 中发挥至关重要的作用。如何引用:Iqbal A、Yang Y、Wu Y 等。一种从椰子组织中分离高质量 RNA 的简单而可靠的方法。电子 J 生物技术 2020;48。https://doi.org/10.1016/j.ejbt.2020.09.008
更新日期:2020-11-01
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