Abstract With the advances in high-throughput sequencing technologies and the development of new software for extracting single nucleotide polymorphisms (SNPs) across a mapping population, it is possible to construct high-quality genetic maps with thousands of SNPs in outbred forest trees. Two parent-specific linkage maps were constructed with restriction site-associated DNA sequencing data from an F1 hybrid population derived from Populus deltoides and Populus simonii, and applied in QTL mapping and genome assembly. The female P. deltoides map contained 4018 SNPs, which were divided into 19 linkage groups under a wide range of LOD thresholds from 7 to 55. The male P. simonii map showed similar characteristics, consisting of 2097 SNPs, which also belonged to 19 linkage groups under LOD thresholds of 7 to 29. The SNP order of each linkage group was optimal among different ordering results from several available software. Moreover, the linkage maps allowed the detection of 39 QTLs underlying tree height and 47 for diameter at breast height. In addition, the linkage maps improved the anchoring of 689 contigs of P. simonii to chromosomes. The 2 parental genetic maps of Populus are of high quality, especially in terms of SNP data quality, the SNP order within linkage groups, and the perfect match between the number of linkage groups and the karyotype of Populus, as well as the excellent performances in QTL mapping and genome assembly. Both approaches for extracting and ordering SNPs could be applied to other species for constructing high-quality genetic maps.

中文翻译：

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高质量的 SNP 连锁图改进了杨树的 QTL 定位和基因组组装

摘要 随着高通量测序技术的进步和新软件的开发，用于提取图谱种群中的单核苷酸多态性（SNPs），构建具有远交林木数千个SNPs的高质量遗传图谱成为可能。两个亲本特异性连锁图谱使用来自三角杨和杨树的 F1 杂种种群的限制性位点相关 DNA 测序数据构建，并应用于 QTL 定位和基因组组装。雌性 P. deltoides 图包含 4018 个 SNP，在 7 到 55 的大范围 LOD 阈值下分为 19 个连锁组。 LOD 阈值为 7 到 29 的组。每个连锁组的 SNP 顺序在几个可用软件的不同排序结果中是最佳的。此外，连锁图允许检测到树高下的 39 个 QTL 和胸高处的直径 47 个。此外，连锁图改善了 P. simonii 的 689 个重叠群与染色体的锚定。2张杨树亲本遗传图谱质量高，尤其是SNP数据质量、连锁群内SNP顺序、连锁群数与杨树核型的完美匹配，以及在QTL 定位和基因组组装。两种提取和排序 SNP 的方法都可以应用于其他物种，以构建高质量的遗传图谱。连锁图允许检测到 39 个与树高相关的 QTL 和 47 个与胸高直径相关的 QTL。此外，连锁图改善了 P. simonii 的 689 个重叠群与染色体的锚定。2张杨树亲本遗传图谱质量高，尤其是SNP数据质量、连锁群内SNP顺序、连锁群数与杨树核型的完美匹配，以及在QTL 定位和基因组组装。两种提取和排序 SNP 的方法都可以应用于其他物种，以构建高质量的遗传图谱。连锁图允许检测到 39 个与树高相关的 QTL 和 47 个与胸高直径相关的 QTL。此外，连锁图改善了 P. simonii 的 689 个重叠群与染色体的锚定。2张杨树亲本遗传图谱质量高，尤其是SNP数据质量、连锁群内SNP顺序、连锁群数与杨树核型的完美匹配，以及在QTL 定位和基因组组装。两种提取和排序 SNP 的方法都可以应用于其他物种，以构建高质量的遗传图谱。2张杨树亲本遗传图谱质量高，尤其是SNP数据质量、连锁群内SNP顺序、连锁群数与杨树核型的完美匹配，以及在QTL 定位和基因组组装。两种提取和排序 SNP 的方法都可以应用于其他物种，以构建高质量的遗传图谱。2张杨树亲本遗传图谱质量高，尤其是SNP数据质量、连锁群内SNP顺序、连锁群数与杨树核型的完美匹配，以及在QTL 定位和基因组组装。两种提取和排序 SNP 的方法都可以应用于其他物种，以构建高质量的遗传图谱。