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Construction and analysis of the protein-protein interaction network for the olfactory system of the silkworm Bombyx mori.
Archives of Insect Biochemistry and Physiology ( IF 1.5 ) Pub Date : 2020-09-14 , DOI: 10.1002/arch.21737 Shanghong Xin 1 , Wenjun Zhang 1
Archives of Insect Biochemistry and Physiology ( IF 1.5 ) Pub Date : 2020-09-14 , DOI: 10.1002/arch.21737 Shanghong Xin 1 , Wenjun Zhang 1
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Olfaction plays an essential role in feeding and information exchange in insects. Previous studies on the olfaction of silkworms have provided a wealth of information about genes and proteins, yet, most studies have only focused on a single gene or protein related to the insect's olfaction. The aim of the current study is to determine key proteins in the olfactory system of the silkworm, and further understand protein–protein interactions (PPIs) in the olfactory system of Lepidoptera. To achieve this goal, we integrated Gene Ontology (GO), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), and network analyses. Furthermore, we selected 585 olfactory‐related proteins and constructed a (PPI) network for the olfactory system of the silkworm. Network analysis led to the identification of several key proteins, including GSTz1, LOC733095, BGIBMGA002169‐TA, BGIBMGA010939‐TA, GSTs2, GSTd2, Or‐2, and BGIBMGA013255‐TA. A comprehensive evaluation of the proteins showed that glutathione S‐transferases (GSTs) had the highest ranking. GSTs also had the highest enrichment levels in GO and KEGG. In conclusion, our analysis showed that key nodes in the biological network had a significant impact on the network, and the key proteins identified via network analysis could serve as new research targets to determine their functions in olfaction.
中文翻译：
家蚕嗅觉系统蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建和分析。
嗅觉在昆虫的摄食和信息交换中起着至关重要的作用。以前对蚕的嗅觉的研究已经提供了许多有关基因和蛋白质的信息，但是，大多数研究只集中在与昆虫嗅觉有关的单个基因或蛋白质上。本研究的目的是确定家蚕嗅觉系统中的关键蛋白，并进一步了解鳞翅目嗅觉系统中的蛋白-蛋白相互作用（PPI）。为了实现此目标，我们将基因本体论（GO），《京都基因与基因组百科全书》（KEGG）和网络分析进行了集成。此外，我们选择了585种与嗅觉相关的蛋白，并为蚕的嗅觉系统构建了一个（PPI）网络。网络分析导致鉴定出几种关键蛋白，包括GSTz1，LOC733095，BGIBMGA002169-TA，BGIBMGA010939-TA，GSTs2，GSTd2，Or-2和BGIBMGA013255-TA。对蛋白质的全面评估显示，谷胱甘肽S-转移酶（GST）的排名最高。GST和GOGG中的GST含量也最高。总之，我们的分析表明，生物网络中的关键节点对该网络具有重大影响，并且通过网络分析鉴定出的关键蛋白质可以作为确定其嗅觉功能的新研究目标。
更新日期：2020-10-12
中文翻译：
家蚕嗅觉系统蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建和分析。
嗅觉在昆虫的摄食和信息交换中起着至关重要的作用。以前对蚕的嗅觉的研究已经提供了许多有关基因和蛋白质的信息，但是，大多数研究只集中在与昆虫嗅觉有关的单个基因或蛋白质上。本研究的目的是确定家蚕嗅觉系统中的关键蛋白，并进一步了解鳞翅目嗅觉系统中的蛋白-蛋白相互作用（PPI）。为了实现此目标，我们将基因本体论（GO），《京都基因与基因组百科全书》（KEGG）和网络分析进行了集成。此外，我们选择了585种与嗅觉相关的蛋白，并为蚕的嗅觉系统构建了一个（PPI）网络。网络分析导致鉴定出几种关键蛋白，包括GSTz1，LOC733095，BGIBMGA002169-TA，BGIBMGA010939-TA，GSTs2，GSTd2，Or-2和BGIBMGA013255-TA。对蛋白质的全面评估显示，谷胱甘肽S-转移酶（GST）的排名最高。GST和GOGG中的GST含量也最高。总之，我们的分析表明，生物网络中的关键节点对该网络具有重大影响，并且通过网络分析鉴定出的关键蛋白质可以作为确定其嗅觉功能的新研究目标。
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