Salt stress is a menace to rice production and a threat to food security worldwide. We evaluated 308 F4 families from Sahel 317/Madina Koyo for tolerance to salt stress at the early seedling stage. To better understand genomic regions controlling tolerance in the population, we genotyped the progenies and the two parents using single nucleotide polymorphism (SNP) markers and regressed the genotypic data on their phenotype to detect QTLs. An average reduction of 63.4% was observed for all fitness-related traits among the F4 families. A total of 46 progenies recorded an average salt injury score (SIS) between 1–3 and were rated as tolerant to salt stress at the early seedling stage. A high-density genetic map was constructed for the 12 rice chromosomes using 3698 SNP markers. Multiple interval mapping identified 13 QTLs for SIS, shoot length, shoot dry weight and root length on chromosomes 2, 3, 4, 6, 7, 10 and 12, with trait increasing alleles coming from both parents. Two (qSDW2 and qRL2.2) and three (qSL2, qRL2.1 and qSIS2) QTLs at different regions on chromosome 2 and another two on chromosome 7 (qSDW7 and qSL7) were tightly linked. These QTLs could facilitate breeding for salt tolerance at the early seedling stage as direct selection for one, would mean indirectly selecting for the other. Fine mapping of these novel QTLs in a different genetic background is necessary to confirm their stability and usefulness in breeding for tolerance to salinity in rice.

中文翻译：

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使用新鉴定的供体“Madina Koyo”定位水稻（Oryza sativa L.）幼苗早期耐盐性 QTL

盐胁迫对水稻生产构成威胁，对全球粮食安全构成威胁。我们评估了来自 Sahel 317/Madina Koyo 的 308 个 F4 家族在幼苗早期对盐胁迫的耐受性。为了更好地了解控制群体耐受性的基因组区域，我们使用单核苷酸多态性 (SNP) 标记对后代和两个亲本进行基因分型，并对其表型的基因型数据进行回归以检测 QTL。F4 家族中所有与健康相关的性状平均减少了 63.4%。共有 46 个后代记录的平均盐害评分 (SIS) 在 1-3 之间，并且在幼苗早期被评为对盐胁迫的耐受性。利用3698个SNP标记构建了12条水稻染色体的高密度遗传图谱。多重区间作图确定了 SIS、枝条长度、染色体 2、3、4、6、7、10 和 12 上的茎干重和根长，性状增加等位基因来自父母双方。2号染色体上不同区域的两个（qSDW2和qRL2.2）和三个（qSL2、qRL2.1和qSIS2）QTL和7号染色体上的另外两个（qSDW7和qSL7）紧密相连。这些 QTL 可以促进幼苗早期耐盐育种，因为直接选择一个，意味着间接选择另一个。在不同的遗传背景中对这些新的 QTL 进行精细定位是必要的，以确认它们在水稻耐盐性育种中的稳定性和有用性。1 和 qSIS2) 2 号染色体上不同区域的 QTL 和 7 号染色体上的另外两个 QTL（qSDW7 和 qSL7）紧密相连。这些 QTL 可以促进幼苗早期耐盐育种，因为直接选择一个，意味着间接选择另一个。在不同的遗传背景中对这些新的 QTL 进行精细定位是必要的，以确认它们在水稻耐盐性育种中的稳定性和有用性。1 和 qSIS2) 2 号染色体上不同区域的 QTL 和 7 号染色体上的另外两个 QTL（qSDW7 和 qSL7）紧密相连。这些 QTL 可以促进幼苗早期耐盐育种，因为直接选择一个，意味着间接选择另一个。这些新型 QTL 在不同遗传背景中的精细定位对于确认它们在水稻耐盐性育种中的稳定性和有用性是必要的。