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In silico characterization of class II plant defensins from Arabidopsis thaliana
Phytochemistry ( IF 3.2 ) Pub Date : 2020-11-01 , DOI: 10.1016/j.phytochem.2020.112511 Laura S M Costa 1 , Állan S Pires 2 , Neila B Damaceno 2 , Pietra O Rigueiras 2 , Mariana R Maximiano 2 , Octavio L Franco 3 , William F Porto 4
Phytochemistry ( IF 3.2 ) Pub Date : 2020-11-01 , DOI: 10.1016/j.phytochem.2020.112511 Laura S M Costa 1 , Állan S Pires 2 , Neila B Damaceno 2 , Pietra O Rigueiras 2 , Mariana R Maximiano 2 , Octavio L Franco 3 , William F Porto 4
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Defensins comprise a polyphyletic group of multifunctional defense peptides. Cis-defensins, also known as cysteine stabilized αβ (CSαβ) defensins, are one of the most ancient defense peptide families. In plants, these peptides have been divided into two classes, according to their precursor organization. Class I defensins are composed of the signal peptide and the mature sequence, while class II defensins have an additional C-terminal prodomain, which is proteolytically cleaved. Class II defensins have been described in Solanaceae and Poaceae species, indicating this class could be spread among all flowering plants. Here, a search by regular expression (RegEx) was applied to the Arabidopsis thaliana proteome, a model plant with more than 300 predicted defensin genes. Two sequences were identified, A7REG2 and A7REG4, which have a typical plant defensin structure and an additional C-terminal prodomain. TraVA database indicated they are expressed in flower, ovules and seeds, and being duplicated genes, this indicates they could be a result of a subfunctionalization process. The presence of class II defensin sequences in Brassicaceae and Solanaceae and evolutionary distance between them suggest class II defensins may be present in other eudicots. Discovery of class II defensins in other plants could shed some light on flower, ovules and seed physiology, as this class is expressed in these locations.
中文翻译：
拟南芥 II 类植物防御素的计算机表征
防御素包括多功能防御肽的多系群。顺式防御素，也称为半胱氨酸稳定 αβ (CSαβ) 防御素，是最古老的防御肽家族之一。在植物中，这些肽根据其前体组织分为两类。I 类防御素由信号肽和成熟序列组成，而 II 类防御素有一个额外的 C 端前域，它被蛋白水解切割。已经在茄科和禾本科物种中描述了 II 类防御素，表明该类可以在所有开花植物中传播。在这里，通过正则表达式 (RegEx) 进行搜索应用于拟南芥蛋白质组，这是一种具有 300 多个预测防御素基因的模型植物。确定了两个序列，A7REG2 和 A7REG4，它们具有典型的植物防御素结构和额外的 C 端前域。TraVA 数据库表明它们在花、胚珠和种子中表达，并且是重复的基因，这表明它们可能是亚功能化过程的结果。十字花科和茄科中 II 类防御素序列的存在以及它们之间的进化距离表明 II 类防御素可能存在于其他双子叶植物中。在其他植物中发现 II 类防御素可以对花、胚珠和种子生理学有所了解，因为此类在这些位置表达。十字花科和茄科中 II 类防御素序列的存在以及它们之间的进化距离表明 II 类防御素可能存在于其他双子叶植物中。在其他植物中发现 II 类防御素可以对花、胚珠和种子生理学有所了解，因为此类在这些位置表达。十字花科和茄科中 II 类防御素序列的存在以及它们之间的进化距离表明 II 类防御素可能存在于其他双子叶植物中。在其他植物中发现 II 类防御素可以对花、胚珠和种子生理学有所了解，因为此类在这些位置表达。
更新日期：2020-11-01
中文翻译：
拟南芥 II 类植物防御素的计算机表征
防御素包括多功能防御肽的多系群。顺式防御素，也称为半胱氨酸稳定 αβ (CSαβ) 防御素，是最古老的防御肽家族之一。在植物中，这些肽根据其前体组织分为两类。I 类防御素由信号肽和成熟序列组成，而 II 类防御素有一个额外的 C 端前域，它被蛋白水解切割。已经在茄科和禾本科物种中描述了 II 类防御素，表明该类可以在所有开花植物中传播。在这里，通过正则表达式 (RegEx) 进行搜索应用于拟南芥蛋白质组，这是一种具有 300 多个预测防御素基因的模型植物。确定了两个序列，A7REG2 和 A7REG4，它们具有典型的植物防御素结构和额外的 C 端前域。TraVA 数据库表明它们在花、胚珠和种子中表达，并且是重复的基因，这表明它们可能是亚功能化过程的结果。十字花科和茄科中 II 类防御素序列的存在以及它们之间的进化距离表明 II 类防御素可能存在于其他双子叶植物中。在其他植物中发现 II 类防御素可以对花、胚珠和种子生理学有所了解，因为此类在这些位置表达。十字花科和茄科中 II 类防御素序列的存在以及它们之间的进化距离表明 II 类防御素可能存在于其他双子叶植物中。在其他植物中发现 II 类防御素可以对花、胚珠和种子生理学有所了解，因为此类在这些位置表达。十字花科和茄科中 II 类防御素序列的存在以及它们之间的进化距离表明 II 类防御素可能存在于其他双子叶植物中。在其他植物中发现 II 类防御素可以对花、胚珠和种子生理学有所了解，因为此类在这些位置表达。
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