Mass spectrometry imaging (MSI) is a powerful technique for the label-free spatially resolved analysis of biological tissues. Coupling ion mobility (IM) separation with MSI allows for separation of isobars in the mobility dimension and increases confidence of peak assignments. Recently, imaging experiments have been implemented on several commercially available and custom-designed ion mobility instruments, making IM-MSI experiments more broadly accessible to the MS community. However, the absence of open access data analysis software for IM-MSI systems presents a bottleneck. Herein, we present an imaging workflow to visualize IM-MSI data produced on the Agilent 6560 ion mobility quadrupole time-of-flight system. Specifically, we have developed a Python script, the ion mobility-mass spectrometry image creation script (IM-MSIC), which interfaces Agilent's Mass Hunter Mass Profiler software with the MacCoss lab's Skyline software and generates drift time and mass-to-charge-selected ion images. In the workflow, Mass Profiler is used for an untargeted feature detection. The IM-MSIC script mediates user input of data, extracts ion chronograms utilizing Skyline's command-line interface, and then proceeds toward ion image generation within a single user interface. Ion image postprocessing is subsequently performed using different tools implemented in accompanying scripts. Though the current work only showcases Agilent IM-MSI data, this workflow can be readily adapted for use with most major instrument vendors.

中文翻译：

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离子淌度质谱成像工作流程。

质谱成像 (MSI) 是一种强大的技术，可用于生物组织的无标记空间分辨分析。将离子淌度 (IM) 分离与 MSI 相结合，可以在淌度维度上分离等压线，并提高峰归属的可信度。最近，已在几种商用和定制设计的离子迁移仪器上实施了成像实验，使 IM-MSI 实验更广泛地为 MS 社区所用。然而，缺乏用于 IM-MSI 系统的开放访问数据分析软件是一个瓶颈。在此，我们展示了一种成像工作流程，用于可视化在 Agilent 6560 离子淌度四极杆飞行时间系统上产生的 IM-MSI 数据。具体来说，我们开发了一个 Python 脚本，离子迁移-质谱图像创建脚本（IM-MSIC），它将安捷伦的 Mass Hunter Mass Profiler 软件与 MacCoss 实验室的 Skyline 软件相连接，并生成漂移时间和质荷选择离子图像。在工作流程中，Mass Profiler 用于非目标特征检测。IM-MSIC 脚本调解用户数据输入，利用 Skyline 的命令行界面提取离子计时图，然后在单个用户界面内生成离子图像。随后使用随附脚本中实现的不同工具执行离子图像后处理。尽管当前的工作仅展示了 Agilent IM-MSI 数据，但该工作流程可以很容易地适应大多数主要仪器供应商的使用。在工作流程中，Mass Profiler 用于非目标特征检测。IM-MSIC 脚本调解用户数据输入，利用 Skyline 的命令行界面提取离子计时图，然后在单个用户界面内生成离子图像。随后使用随附脚本中实现的不同工具执行离子图像后处理。尽管当前的工作仅展示了 Agilent IM-MSI 数据，但该工作流程可以很容易地适应大多数主要仪器供应商的使用。在工作流程中，Mass Profiler 用于非目标特征检测。IM-MSIC 脚本调解用户数据输入，利用 Skyline 的命令行界面提取离子计时图，然后在单个用户界面内生成离子图像。随后使用随附脚本中实现的不同工具执行离子图像后处理。尽管当前的工作仅展示了 Agilent IM-MSI 数据，但该工作流程可以很容易地适应大多数主要仪器供应商的使用。随后使用随附脚本中实现的不同工具执行离子图像后处理。尽管当前的工作仅展示了 Agilent IM-MSI 数据，但该工作流程可以很容易地适应大多数主要仪器供应商的使用。随后使用随附脚本中实现的不同工具执行离子图像后处理。尽管当前的工作仅展示了 Agilent IM-MSI 数据，但该工作流程可以很容易地适应大多数主要仪器供应商的使用。