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The cagA EPIYA Motifs and vacA Genotypes in Upper Gastrointestinal Diseases
Molecular Genetics, Microbiology and Virology ( IF 0.4 ) Pub Date : 2020-04-01 , DOI: 10.3103/s0891416820020068 Mohammad-Hossein Haddadi , Somayeh Mahdian , Ali Gheysarzadeh , Maryam Khosravi , Ghobad Abangah , Abbas Maleki , Ebrahim Kouhsari , Norkhoda Sadeghifard
Molecular Genetics, Microbiology and Virology ( IF 0.4 ) Pub Date : 2020-04-01 , DOI: 10.3103/s0891416820020068 Mohammad-Hossein Haddadi , Somayeh Mahdian , Ali Gheysarzadeh , Maryam Khosravi , Ghobad Abangah , Abbas Maleki , Ebrahim Kouhsari , Norkhoda Sadeghifard
Background: Helicobacter pylori (H. pylori) is the causative agent for upper gastrointestinal diseases. The presence of the cagA, at least with one repeat of EPIYA-C, and the vacA with s1-i1 polymorphisms are likely to be associated with increased gastric cancer risk. Aim: The aim of study was to determine the genotype of cagA and vacA and their usefulness as a predictive factor in upper gastrointestinal patients in Ilam, Iran. Methods: In this study, out of 168 biopsies, 109 H. pylori were isolated from different upper gastrointestinal patients and confirmed with molecular and biochemical tests. Chromosomal DNA bacteria was extracted and used as PCR templete to determine both the cagA EPIYA motifs and vacA polymorphism (s, i and m). Results: Our data showed that the prevalence of cagA gene is high in patients with gastrointestinal diseases (76.1%). The prevalence of vacA s1 was the highest with the percentage frequency of 85.3%, followed by i (71.5%) and m (68.8%). We demonstrated that the percentage of A, B, AB, AC, ABC and ABCC were 28.9% (24/83), 3.6% (3/83), 28.9% (24/83), 12.04% (10/83), 16.8% (14/83) and 9.6% (8/83), respectively. Interestingly, there was an important difference of the presence of EPIYA-C motif between PUD and gastritis groups (P < 0.001). There was a significant relationship between the presence of vacA i and EPIYA-C, at least with one repeat (P = 0.002). Conclusions: We performed the first cagA-EPIYA and vacA genotyping of H. pylori from Western Iran in relation to gasteroduodenal diseases. The present study showed that the presence of vacA i1 with cagA-EPIYA-C could be assumed as a predictive factor for PUD in our area.
中文翻译：
上消化道疾病中的 cagA EPIYA 基序和 vacA 基因型
背景：幽门螺杆菌（H. pylori）是上消化道疾病的病原体。cagA 的存在，至少有一个重复的 EPIYA-C，以及具有 s1-i1 多态性的 vacA 可能与胃癌风险增加有关。目的：研究的目的是确定 cagA 和 vacA 的基因型及其作为伊朗伊拉姆上消化道患者预测因素的有用性。方法：在本研究中，在 168 份活组织检查中，从不同的上消化道患者中分离出 109 份 H. pylori，并通过分子和生化测试证实。提取染色体 DNA 细菌并用作 PCR 模板，以确定 cagA EPIYA 基序和 vacA 多态性（s、i 和 m）。结果：我们的数据显示，cagA 基因在胃肠道疾病患者中的患病率较高（76. 1%）。vacA s1 的流行率最高，百分比频率为 85.3%，其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA s1 的流行率最高，百分比频率为 85.3%，其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA s1 的流行率最高，百分比频率为 85.3%，其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。分别为 6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)、16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。分别为 6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)、16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。
更新日期：2020-04-01
中文翻译：
上消化道疾病中的 cagA EPIYA 基序和 vacA 基因型
背景：幽门螺杆菌（H. pylori）是上消化道疾病的病原体。cagA 的存在，至少有一个重复的 EPIYA-C，以及具有 s1-i1 多态性的 vacA 可能与胃癌风险增加有关。目的：研究的目的是确定 cagA 和 vacA 的基因型及其作为伊朗伊拉姆上消化道患者预测因素的有用性。方法：在本研究中，在 168 份活组织检查中，从不同的上消化道患者中分离出 109 份 H. pylori，并通过分子和生化测试证实。提取染色体 DNA 细菌并用作 PCR 模板，以确定 cagA EPIYA 基序和 vacA 多态性（s、i 和 m）。结果：我们的数据显示，cagA 基因在胃肠道疾病患者中的患病率较高（76. 1%）。vacA s1 的流行率最高，百分比频率为 85.3%，其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA s1 的流行率最高，百分比频率为 85.3%，其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA s1 的流行率最高，百分比频率为 85.3%，其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。其次是 i (71.5%) 和 m (68.8%)。我们证明了 A、B、AB、AC、ABC 和 ABCC 的百分比分别为 28.9% (24/83)、3.6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)，分别为 16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。分别为 6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)、16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。分别为 6% (3/83)、28.9% (24/83)、12.04% (10/83)、16.8% (14/83) 和 9.6% (8/83)。有趣的是，PUD 组和胃炎组之间 EPIYA-C 基序的存在存在重要差异（P < 0.001）。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。vacA i 的存在与 EPIYA-C 之间存在显着关系，至少有一次重复 (P = 0.002)。结论：我们对来自伊朗西部的与胃十二指肠疾病相关的幽门螺杆菌进行了第一次 cagA-EPIYA 和 vacA 基因分型。本研究表明，vacA i1 与 cagA-EPIYA-C 的存在可以被假定为我们地区 PUD 的预测因素。
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