Associations between haplotypes and quantitative traits provide valuable information about the genetic basis of complex human diseases. Haplotypes also provide an effective way to deal with untyped SNPs. Two major challenges arise in haplotype-based association analysis of family data. First, haplotypes may not be inferred with certainty from genotype data. Second, the trait values within a family tend to be correlated because of common genetic and environmental factors. To address these challenges, we present an efficient likelihood-based approach to analyzing associations of quantitative traits with haplotypes or untyped SNPs. This approach properly accounts for within-family trait correlations and can handle general pedigrees with arbitrary patterns of missing genotypes. We characterize the genetic effects on the quantitative trait by a linear regression model with random effects and develop efficient likelihood-based inference procedures. Extensive simulation studies are conducted to examine the performance of the proposed methods. An application to family data from the Childhood Asthma Management Program Ancillary Genetic Study is provided. A computer program is freely available. Results from extensive simulation studies show that the proposed methods for testing the haplotype effects on quantitative traits have correct type I error rates and are more powerful than some existing methods.

中文翻译：

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在家庭研究中定量特征与单倍型和未分型SNP的统计有效关联分析。

单倍型和数量性状之间的关联提供了有关复杂人类疾病的遗传基础的有价值的信息。单倍型也提供了处理未分型SNP的有效方法。基于单倍型的家庭数据关联分析出现了两个主要挑战。首先，可能无法从基因型数据中确定单倍型。其次，由于常见的遗传和环境因素，一个家庭中的性状值往往相互关联。为了解决这些挑战，我们提出了一种有效的基于似然的方法来分析定量特征与单倍型或未分型SNP的关联。这种方法适当地考虑了家庭内部特质的相关性，并且可以处理具有遗漏基因型的任意模式的一般谱系。我们通过具有随机效应的线性回归模型来表征遗传对定量性状的影响，并开发有效的基于似然的推理程序。进行了广泛的仿真研究，以检验所提出方法的性能。提供了来自儿童哮喘管理计划辅助遗传研究的家庭数据应用程序。免费提供计算机程序。大量模拟研究的结果表明，所提出的用于测试单倍型对数量性状影响的方法具有正确的I型错误率，并且比某些现有方法更有效。提供了来自儿童哮喘管理计划辅助遗传研究的家庭数据应用程序。免费提供计算机程序。大量模拟研究的结果表明，所提出的用于测试单倍型对数量性状影响的方法具有正确的I型错误率，并且比某些现有方法更有效。提供了来自儿童哮喘管理计划辅助遗传研究的家庭数据应用程序。免费提供计算机程序。大量模拟研究的结果表明，所提出的用于测试单倍型对数量性状影响的方法具有正确的I型错误率，并且比某些现有方法更有效。