The microbial characterization of the mammal’s gut is an emerging research area, wherein culturomics methodologies applied to human samples are transposed to the animal context without improvement. In this work, using Egyptian mongoose as a model, we explore wet bench conditions to define an effective experimental design based on culturomics and DNA barcoding with potential application to different mammal species. After testing a battery of solid media and enrichments, we show that YCFA-based media, in aerobic and anaerobic conditions, together with PDA supplemented with chloramphenicol, are sufficient to maximize bacterial and fungal microbiota diversity. The pasteurization of the sample enrichment before cultivation is central to gain insight into sporogenic communities. We suggest the application of this optimized culturomics strategy to accurately expand knowledge on the microbial richness of mammals’ gut, maximizing the application of common laboratory resources, without dramatic time and consumables expenditure but with high resolution of microbial landscapes. The analysis of ten fecal samples proved adequate to assess the core gastrointestinal microbiota of the mesocarnivore under analysis. This approach may empower most microbiology laboratories, particularly the veterinary, to perform studies on mammal’s microbiota, and, in contrast with metagenomics, enabling the recovery of live bacteria for further studies.

哺乳动物肠道的微生物表征是一个新兴的研究领域，其中将应用于人类样品的文化学方法学转变为动物背景，而没有改善。在这项工作中，以埃及猫鼬为模型，我们探索湿式工作台条件，以基于文化和DNA条形码定义一种有效的实验设计，并可能应用于不同的哺乳动物物种。在测试了一系列固体培养基和富集物质之后，我们显示了基于YCFA的培养基，在有氧和厌氧条件下，以及补充了氯霉素的PDA，都足以使细菌和真菌的菌群多样性最大化。培养前样品富集的巴氏杀菌是了解孢子形成群落的关键。我们建议应用这种优化的菌种学策略来准确扩展哺乳动物肠道微生物丰富度的知识，从而最大限度地利用常见的实验室资源，而无需花费大量的时间和消耗品，但具有高分辨率的微生物景观。十份粪便样品的分析证明足以评估正在分析的中食肉动物的胃肠道核心微生物群。这种方法可以使大多数微生物学实验室，尤其是兽医实验室，有能力对哺乳动物的微生物群进行研究，并且与宏基因组学相反，它可以回收活细菌以进行进一步的研究。无需花费大量时间和消耗品，但具有高分辨率的微生物景观。十份粪便样品的分析证明足以评估正在分析的中食肉动物的胃肠道核心微生物群。这种方法可以使大多数微生物学实验室，尤其是兽医实验室，有能力对哺乳动物的微生物群进行研究，并且与宏基因组学相反，它可以回收活细菌以进行进一步的研究。无需花费大量时间和消耗品，但具有高分辨率的微生物景观。十份粪便样品的分析证明足以评估正在分析的中食肉动物的胃肠道核心微生物群。这种方法可以使大多数微生物学实验室，尤其是兽医实验室，有能力对哺乳动物的微生物群进行研究，并且与宏基因组学相反，它可以回收活细菌以进行进一步的研究。