Abstract The MYB transcription factors are one of the largest gene families in plants and known to play critical roles in regulating various responses including abiotic stresses. Currently, a few of MYB family genes have been identified and characterized in various plants. In this study, we identified a set of 159 MYB genes in oil palm via genome-wide screening. The 159 identified oil palm MYB genes belong to two subfamilies (R2R3-MYB and 3R-MYB type), and were divided into 25 subgroups based on phylogenetic analysis. These EgMYB genes were mapped on the 16 chromosomes of the oil palm genome with the co-linearity relationship among them. The intron/exon organization and motif compositions were conserved among the EgMYB genes. Gene duplication analysis also proved that EgMYB genes experienced strong purifying selection and tandem duplications during evolution. Expression profile analysis revealed the constitutive expression of EgMYB genes in different tissues of oil palm. Quantitative PCR analysis of 21 EgMYB genes under different abiotic stress conditions (cold, salt, and drought) proved their differential expression. A total of 20, 19, and 18 EgMYB genes were significantly up-regulated under cold, salt, and drought stress conditions respectively. In addition, none of the analyzed EgMYB genes were down-regulated under any of these stress conditions. Our study elucidated the role of EgMYB genes in abiotic stress conditions and can be used as prominent candidate genes for improving abiotic stress tolerance in this important oil yielding crop.

中文翻译：

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非生物胁迫条件下油棕MYB基因家族全基因组鉴定及表达分析

摘要 MYB 转录因子是植物中最大的基因家族之一，已知在调节包括非生物胁迫在内的各种反应中起关键作用。目前，一些 MYB 家族基因已在各种植物中得到鉴定和表征。在这项研究中，我们通过全基因组筛选在油棕中鉴定了一组 159 个 MYB 基因。159 个已鉴定的油棕 MYB 基因属于两个亚科（R2R3-MYB 和 3R-MYB 型），并根据系统发育分析分为 25 个亚组。这些 EgMYB 基因被定位在油棕基因组的 16 条染色体上，它们之间存在共线性关系。内含子/外显子组织和基序组成在 EgMYB 基因中是保守的。基因重复分析也证明 EgMYB 基因在进化过程中经历了强烈的纯化选择和串联重复。表达谱分析揭示了 EgMYB 基因在油棕不同组织中的组成型表达。21 个 EgMYB 基因在不同非生物胁迫条件（冷、盐和干旱）下的定量 PCR 分析证明了它们的差异表达。总共有 20、19 和 18 个 EgMYB 基因分别在冷、盐和干旱胁迫条件下显着上调。此外，在任何这些压力条件下，所分析的 EgMYB 基因都没有下调。我们的研究阐明了 EgMYB 基因在非生物胁迫条件下的作用，并可用作提高这种重要产油作物的非生物胁迫耐受性的重要候选基因。表达谱分析揭示了 EgMYB 基因在油棕不同组织中的组成型表达。21 个 EgMYB 基因在不同非生物胁迫条件（冷、盐和干旱）下的定量 PCR 分析证明了它们的差异表达。总共有 20、19 和 18 个 EgMYB 基因分别在冷、盐和干旱胁迫条件下显着上调。此外，在任何这些压力条件下，所分析的 EgMYB 基因都没有下调。我们的研究阐明了 EgMYB 基因在非生物胁迫条件下的作用，并可用作提高这种重要产油作物的非生物胁迫耐受性的重要候选基因。表达谱分析揭示了 EgMYB 基因在油棕不同组织中的组成型表达。21 个 EgMYB 基因在不同非生物胁迫条件（冷、盐和干旱）下的定量 PCR 分析证明了它们的差异表达。总共有 20、19 和 18 个 EgMYB 基因分别在冷、盐和干旱胁迫条件下显着上调。此外，在任何这些压力条件下，所分析的 EgMYB 基因都没有下调。我们的研究阐明了 EgMYB 基因在非生物胁迫条件下的作用，并可用作提高这种重要产油作物的非生物胁迫耐受性的重要候选基因。21 个 EgMYB 基因在不同非生物胁迫条件（冷、盐和干旱）下的定量 PCR 分析证明了它们的差异表达。总共有 20、19 和 18 个 EgMYB 基因分别在冷、盐和干旱胁迫条件下显着上调。此外，在任何这些压力条件下，所分析的 EgMYB 基因都没有下调。我们的研究阐明了 EgMYB 基因在非生物胁迫条件下的作用，并可用作提高这种重要产油作物的非生物胁迫耐受性的重要候选基因。21 个 EgMYB 基因在不同非生物胁迫条件（冷、盐和干旱）下的定量 PCR 分析证明了它们的差异表达。总共有 20、19 和 18 个 EgMYB 基因分别在冷、盐和干旱胁迫条件下显着上调。此外，在任何这些压力条件下，所分析的 EgMYB 基因都没有下调。我们的研究阐明了 EgMYB 基因在非生物胁迫条件下的作用，并可用作提高这种重要产油作物的非生物胁迫耐受性的重要候选基因。在任何这些胁迫条件下，所分析的 EgMYB 基因均未下调。我们的研究阐明了 EgMYB 基因在非生物胁迫条件下的作用，并可用作提高这种重要产油作物的非生物胁迫耐受性的重要候选基因。在任何这些胁迫条件下，所分析的 EgMYB 基因均未下调。我们的研究阐明了 EgMYB 基因在非生物胁迫条件下的作用，并可用作提高这种重要产油作物的非生物胁迫耐受性的重要候选基因。