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PEARL-seq: A Photoaffinity Platform for the Analysis of Small Molecule-RNA Interactions.
ACS Chemical Biology ( IF 3.5 ) Pub Date : 2020-08-17 , DOI: 10.1021/acschembio.0c00357 Herschel Mukherjee 1 , J Craig Blain 1 , Lee E Vandivier 1 , Donovan N Chin 1 , Jessica E Friedman 1 , Fei Liu 1 , Ashley Maillet 1 , Chao Fang 1 , Jenifer B Kaplan 1 , Jinxing Li 2 , David M Chenoweth 2 , Allan Beck Christensen 3 , Lars Kolster Petersen 3 , Nils Jakob Vest Hansen 3 , Luis Barrera 1 , Neil Kubica 1 , Gnanasambandam Kumaravel 1 , Jennifer C Petter 1
ACS Chemical Biology ( IF 3.5 ) Pub Date : 2020-08-17 , DOI: 10.1021/acschembio.0c00357 Herschel Mukherjee 1 , J Craig Blain 1 , Lee E Vandivier 1 , Donovan N Chin 1 , Jessica E Friedman 1 , Fei Liu 1 , Ashley Maillet 1 , Chao Fang 1 , Jenifer B Kaplan 1 , Jinxing Li 2 , David M Chenoweth 2 , Allan Beck Christensen 3 , Lars Kolster Petersen 3 , Nils Jakob Vest Hansen 3 , Luis Barrera 1 , Neil Kubica 1 , Gnanasambandam Kumaravel 1 , Jennifer C Petter 1
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RNA is emerging as a valuable target for the development of novel therapeutic agents. The rational design of RNA-targeting small molecules, however, has been hampered by the relative lack of methods for the analysis of small molecule–RNA interactions. Here, we present our efforts to develop such a platform using photoaffinity labeling. This technique, termed Photoaffinity Evaluation of RNA Ligation-Sequencing (PEARL-seq), enables the rapid identification of small molecule binding locations within their RNA targets and can provide information on ligand selectivity across multiple different RNAs. These data, when supplemented with small molecule SAR data and RNA probing data enable the construction of a computational model of the RNA–ligand structure, thereby enabling the rational design of novel RNA-targeted ligands.
中文翻译：
PEARL-seq：用于分析小分子-RNA相互作用的光亲和平台。
RNA正在成为开发新型治疗剂的重要靶标。然而，相对缺乏分析小分子与RNA相互作用的方法，阻碍了RNA靶向小分子的合理设计。在这里，我们介绍我们使用光亲和标记开发此类平台的努力。这种技术，称为P hotoaffinity Ë v一个的luation - [R NA大号igation- SEQ标记（PEARL-seq），可以快速鉴定其RNA靶标内的小分子结合位置，并可以提供跨多个不同RNA的配体选择性的信息。这些数据，加上小分子SAR数据和RNA探测数据，可以构建RNA配体结构的计算模型，从而可以合理设计靶向RNA的新型配体。
更新日期：2020-09-20
中文翻译：
PEARL-seq：用于分析小分子-RNA相互作用的光亲和平台。
RNA正在成为开发新型治疗剂的重要靶标。然而，相对缺乏分析小分子与RNA相互作用的方法，阻碍了RNA靶向小分子的合理设计。在这里，我们介绍我们使用光亲和标记开发此类平台的努力。这种技术，称为P hotoaffinity Ë v一个的luation - [R NA大号igation- SEQ标记（PEARL-seq），可以快速鉴定其RNA靶标内的小分子结合位置，并可以提供跨多个不同RNA的配体选择性的信息。这些数据，加上小分子SAR数据和RNA探测数据，可以构建RNA配体结构的计算模型，从而可以合理设计靶向RNA的新型配体。
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