As experimental neuroscience is moving toward more integrative approaches, with a variety of acquisition techniques covering multiple spatiotemporal scales, data management is becoming increasingly challenging for neuroscience laboratories. Often, datasets are too large to practically be stored on a laptop or a workstation. The ability to query metadata collections without retrieving complete datasets is therefore critical to efficiently perform new analyses and explore the data. At the same time, new experimental paradigms lead to constantly changing specifications for the metadata to be stored. Despite this, there is currently a serious lack of agile software tools for data management in neuroscience laboratories. To meet this need, we have developed Expipe, a lightweight data management framework that simplifies the steps from experiment to data analysis. Expipe provides the functionality to store and organize experimental data and metadata for easy retrieval in exploration and analysis throughout the experimental pipeline. It is flexible in terms of defining the metadata to store and aims to solve the storage and retrieval challenges of data/metadata due to ever changing experimental pipelines. Due to its simplicity and lightweight design, we envision Expipe as an easy-to-use data management solution for experimental laboratories, that can improve provenance, reproducibility, and sharing of scientific projects.

中文翻译：

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实验管道（Expipe）：一个轻量级的数据管理平台，简化从实验到数据分析的步骤

随着实验神经科学朝着更加综合的方法发展，各种采集技术涵盖多个时空尺度，数据管理对神经科学实验室来说变得越来越具有挑战性。通常，数据集太大而无法实际存储在笔记本电脑或工作站上。因此，在不检索完整数据集的情况下查询元数据集合的能力对于有效执行新分析和探索数据至关重要。同时，新的实验范式导致要存储的元数据的规范不断变化。尽管如此，目前神经科学实验室严重缺乏用于数据管理的敏捷软件工具。为了满足这种需求，我们开发了 Expipe，一个轻量级的数据管理框架，简化了从实验到数据分析的步骤。Expipe 提供了存储和组织实验数据和元数据的功能，以便在整个实验管道的探索和分析中轻松检索。它在定义要存储的元数据方面很灵活，旨在解决由于不断变化的实验管道而导致的数据/元数据的存储和检索挑战。由于其简单和轻巧的设计，我们将 Expipe 设想为一种易于使用的实验实验室数据管理解决方案，可以改善科学项目的来源、可重复性和共享。它在定义要存储的元数据方面很灵活，旨在解决由于不断变化的实验管道而导致的数据/元数据的存储和检索挑战。由于其简单和轻巧的设计，我们将 Expipe 设想为一种易于使用的实验实验室数据管理解决方案，可以改善科学项目的来源、可重复性和共享。它在定义要存储的元数据方面很灵活，旨在解决由于不断变化的实验管道而导致的数据/元数据的存储和检索挑战。由于其简单和轻巧的设计，我们将 Expipe 设想为一种易于使用的实验实验室数据管理解决方案，可以改善科学项目的来源、可重复性和共享。