Severe acute respiratory syndrome virus 2 (SARS-CoV-2) belongs to the single-stranded positive-sense RNA family. The virus contains a large genome that encodes four structural proteins, small envelope (E), matrix (M), nucleocapsid phosphoprotein (N), spike (S), and 16 nonstructural proteins (nsp1-16) that together, ensure replication of the virus in the host cell. Among these proteins, the interactions of N and Nsp3 are essential that links the viral genome for processing. The N proteins reside at CoV RNA synthesis sites known as the replication–transcription complexes (RTCs). The N-terminal of N has RNA-binding domain (N-NTD), capturing the RNA genome while the C-terminal domain (N-CTD) anchors the viral Nsp3, a component of RTCs. Although the structural information has been recently released, the residues involved in contacts between N-CTD with Nsp3 are still unknown. To find the residues involved in interactions between two proteins, three-dimensional structures of both proteins were retrieved and docked using HADDOCK. Residues at N-CTD were detected in interaction with L499, R500, K501, V502, P503, T504, D505, N506, Y507, I508, T509, K529, K530K532, S533 of Nsp3 and N-NTD to synthesize SARS-CoV-2 RNA. The interaction between Nsp3 and CTD of N protein may be a potential drug target. The current study provides information for better understanding the interaction between N protein and Nsp3 that could be a possible target for future inhibitors. Graphic abstract

中文翻译：

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SARS-CoV-2 核衣壳和 Nsp3 结合：计算机研究

严重急性呼吸综合征病毒 2 (SARS-CoV-2) 属于单链正义 RNA 家族。该病毒包含一个大基因组，该基因组编码四种结构蛋白：小包膜 (E)、基质 (M)、核衣壳磷蛋白 (N)、刺突蛋白 (S) 和 16 种非结构蛋白 (nsp1-16)，它们共同确保病毒的复制病毒在宿主细胞中。在这些蛋白质中，N 和 Nsp3 的相互作用对于连接病毒基因组进行加工至关重要。N 蛋白位于称为复制-转录复合物 (RTC) 的 CoV RNA 合成位点。N 的 N 端具有 RNA 结合域 (N-NTD)，捕获 RNA 基因组，而 C 端域 (N-CTD) 锚定病毒 Nsp3，这是 RTC 的一个组成部分。虽然最近公布了结构信息，N-CTD 与 Nsp3 接触中涉及的残基仍然未知。为了找到参与两种蛋白质相互作用的残基，使用 HADDOCK 检索和对接两种蛋白质的三维结构。在与 Nsp3 和 N-NTD 的 L499、R500、K501、V502、P503、T504、D505、N506、Y507、I508、T509、K529、K530K532、S533 和 N-NTD 的相互作用中检测到 N-CTD 的残基以合成 SARS-CoV-2核糖核酸。Nsp3与N蛋白CTD的相互作用可能是一个潜在的药物靶点。目前的研究为更好地理解 N 蛋白和 Nsp3 之间的相互作用提供了信息，这可能成为未来抑制剂的可能靶点。图形摘要 在与 Nsp3 和 N-NTD 的 L499、R500、K501、V502、P503、T504、D505、N506、Y507、I508、T509、K529、K530K532、S533 和 N-NTD 的相互作用中检测到 N-CTD 的残基以合成 SARS-CoV-2核糖核酸。Nsp3与N蛋白CTD的相互作用可能是一个潜在的药物靶点。目前的研究为更好地理解 N 蛋白和 Nsp3 之间的相互作用提供了信息，这可能成为未来抑制剂的可能靶点。图形摘要 在与 Nsp3 和 N-NTD 的 L499、R500、K501、V502、P503、T504、D505、N506、Y507、I508、T509、K529、K530K532、S533 和 N-NTD 的相互作用中检测到 N-CTD 的残基以合成 SARS-CoV-2核糖核酸。Nsp3与N蛋白CTD的相互作用可能是一个潜在的药物靶点。目前的研究为更好地理解 N 蛋白和 Nsp3 之间的相互作用提供了信息，这可能成为未来抑制剂的可能靶点。图形摘要 目前的研究为更好地理解 N 蛋白和 Nsp3 之间的相互作用提供了信息，这可能成为未来抑制剂的可能靶点。图形摘要 目前的研究为更好地理解 N 蛋白和 Nsp3 之间的相互作用提供了信息，这可能成为未来抑制剂的可能靶点。图形摘要