Abstract The search is still on for the molecular processes associated with the development and metabolism of skeletal muscles. Selection conducted in farm animals is focused on high muscle mass because it delivers higher economic profit. The present study aimed to shed light on mRNA degradome signals that could be characteristic for molecular processes associated with an abundance of muscle mass and to identify miRNA regulatory networks controlling these processes in pigs applying next-generation-sequencing (NGS). In the study, over 10,000 degraded transcripts were identified per sample, with the highest abundance for genes encoding mitochondrial proteins (COXs, NDs, CYTB, ATP6 and ATP8). Moreover, only 26% of the miRNA targets were found within this degraded transcript pool, which suggested for miRNAs other molecular mechanism at different level of gene expression than mRNA degradation. On the other hand, a small share of the identified degraded transcripts associated with miRNA regulation suggests a different mechanism of mRNA degradation for identified degraded transcropts. Subsequently, most of the miRNA gene degraded targets, such as ENO3, CKM, CRYAB and ADAM19 encode proteins involved in the muscle mass control. The present study showed an interesting dependence between miRNAs and their targets. Nevertheless, the complete view of the miRNA regulatory network could be a subject of further advanced research, which would employ a miRNA transfection procedure in skeletal muscle cell cultures.

中文翻译：

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鉴定依赖于不同猪品种不同肌肉质量的 mRNA 降解组变异

摘要 与骨骼肌发育和代谢相关的分子过程仍在探索中。在农场动物中进行的选择侧重于高肌肉质量，因为它可以带来更高的经济利润。本研究旨在阐明 mRNA 降解组信号，这些信号可能是与大量肌肉质量相关的分子过程的特征，并确定应用下一代测序 (NGS) 在猪中控制这些过程的 miRNA 调控网络。在这项研究中，每个样本鉴定了超过 10,000 个降解的转录本，其中编码线粒体蛋白（COX、ND、CYTB、ATP6 和 ATP8）的基因丰度最高。此外，在这个降解的转录本池中只发现了 26% 的 miRNA 靶标，这表明 miRNA 在不同基因表达水平上的其他分子机制而不是 mRNA 降解。另一方面，一小部分已鉴定的与 miRNA 调节相关的降解转录本表明已鉴定的降解转录物的 mRNA 降解机制不同。随后，大多数 miRNA 基因降解目标，如 ENO3、CKM、CRYAB 和 ADAM19 编码参与肌肉质量控制的蛋白质。本研究显示 miRNA 与其靶标之间存在有趣的依赖性。然而，miRNA 调控网络的完整视图可能是进一步高级研究的主题，这将在骨骼肌细胞培养中采用 miRNA 转染程序。一小部分已鉴定的降解转录本与 miRNA 调控相关，这表明已鉴定的降解转录物存在不同的 mRNA 降解机制。随后，大多数 miRNA 基因降解目标，如 ENO3、CKM、CRYAB 和 ADAM19 编码参与肌肉质量控制的蛋白质。本研究显示 miRNA 与其靶标之间存在有趣的依赖性。然而，miRNA 调控网络的完整视图可能是进一步高级研究的主题，这将在骨骼肌细胞培养中采用 miRNA 转染程序。一小部分已鉴定的降解转录本与 miRNA 调控相关，这表明已鉴定的降解转录物存在不同的 mRNA 降解机制。随后，大多数 miRNA 基因降解目标，如 ENO3、CKM、CRYAB 和 ADAM19 编码参与肌肉质量控制的蛋白质。本研究显示 miRNA 与其靶标之间存在有趣的依赖性。然而，miRNA 调控网络的完整视图可能是进一步高级研究的主题，这将在骨骼肌细胞培养中采用 miRNA 转染程序。本研究显示 miRNA 与其靶标之间存在有趣的依赖性。然而，miRNA 调控网络的完整视图可能是进一步高级研究的主题，这将在骨骼肌细胞培养中采用 miRNA 转染程序。本研究显示 miRNA 与其靶标之间存在有趣的依赖性。然而，miRNA 调控网络的完整视图可能是进一步高级研究的主题，这将在骨骼肌细胞培养中采用 miRNA 转染程序。