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The transcription factor scleraxis differentially regulates gene expression in tenocytes isolated at different developmental stages
Mechanisms of Development Pub Date : 2020-09-01 , DOI: 10.1016/j.mod.2020.103635 Y Z Paterson 1 , N Evans 2 , S Kan 2 , A Cribbs 3 , F M D Henson 1 , D J Guest 4
Mechanisms of Development Pub Date : 2020-09-01 , DOI: 10.1016/j.mod.2020.103635 Y Z Paterson 1 , N Evans 2 , S Kan 2 , A Cribbs 3 , F M D Henson 1 , D J Guest 4
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The transcription factor scleraxis (SCX) is expressed throughout tendon development and plays a key role in directing tendon wound healing. However, little is known regarding its role in fetal or young postnatal tendons, stages in development that are known for their enhanced regenerative capabilities. Here we used RNA-sequencing to compare the transcriptome of adult and fetal tenocytes following SCX knockdown. SCX knockdown had a larger effect on gene expression in fetal tenocytes, effecting 477 genes in comparison to the 183 genes effected in adult tenocytes, indicating that scleraxis-dependent processes may differ in these two developmental stages. Gene ontology, network and pathway analysis revealed an overrepresentation of extracellular matrix (ECM) remodelling processes within both comparisons. These included several matrix metalloproteinases, proteoglycans and collagens, some of which were also investigated in SCX knockdown tenocytes from young postnatal foals. Using chromatin immunoprecipitation, we also identified novel genes that SCX differentially interacts with in adult and fetal tenocytes. These results indicate a role for SCX in modulating ECM synthesis and breakdown and provides a useful dataset for further study into SCX gene regulation.
中文翻译：
转录因子硬化对不同发育阶段分离的肌腱细胞基因表达的差异调节
转录因子硬化 (SCX) 在整个肌腱发育过程中表达，并在指导肌腱伤口愈合中发挥关键作用。然而，关于它在胎儿或年轻的产后肌腱中的作用知之甚少，这些发育阶段以其增强的再生能力而闻名。在这里，我们使用 RNA 测序来比较 SCX 敲低后成人和胎儿肌腱细胞的转录组。SCX 敲低对胎儿肌腱细胞中的基因表达有更大的影响，与在成人肌腱细胞中影响的 183 个基因相比，影响了 477 个基因，表明在这两个发育阶段，硬化依赖性过程可能不同。基因本体、网络和通路分析揭示了两种比较中细胞外基质 (ECM) 重塑过程的过度表达。其中包括几种基质金属蛋白酶、蛋白多糖和胶原蛋白，其中一些还在产后幼马的 SCX 敲低肌腱细胞中进行了研究。使用染色质免疫沉淀，我们还鉴定了 SCX 在成人和胎儿肌腱细胞中差异性相互作用的新基因。这些结果表明 SCX 在调节 ECM 合成和分解中的作用，并为进一步研究 SCX 基因调控提供了有用的数据集。
更新日期：2020-09-01
中文翻译：
转录因子硬化对不同发育阶段分离的肌腱细胞基因表达的差异调节
转录因子硬化 (SCX) 在整个肌腱发育过程中表达，并在指导肌腱伤口愈合中发挥关键作用。然而，关于它在胎儿或年轻的产后肌腱中的作用知之甚少，这些发育阶段以其增强的再生能力而闻名。在这里，我们使用 RNA 测序来比较 SCX 敲低后成人和胎儿肌腱细胞的转录组。SCX 敲低对胎儿肌腱细胞中的基因表达有更大的影响，与在成人肌腱细胞中影响的 183 个基因相比，影响了 477 个基因，表明在这两个发育阶段，硬化依赖性过程可能不同。基因本体、网络和通路分析揭示了两种比较中细胞外基质 (ECM) 重塑过程的过度表达。其中包括几种基质金属蛋白酶、蛋白多糖和胶原蛋白，其中一些还在产后幼马的 SCX 敲低肌腱细胞中进行了研究。使用染色质免疫沉淀，我们还鉴定了 SCX 在成人和胎儿肌腱细胞中差异性相互作用的新基因。这些结果表明 SCX 在调节 ECM 合成和分解中的作用，并为进一步研究 SCX 基因调控提供了有用的数据集。
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