Cocoa beans used for chocolate production are fermented seeds of Theobroma cacao obtained by a natural fermentation process. The flavors and chemical compounds produced during the fermentation process make this step one of the most important in fine chocolate production. Herein, an integrative analysis of the variation of microbial community structure, using a shotgun metagenomics approach and associated physicochemical features, was performed during fermentation of fine cocoa beans. Samples of Forastero variety (FOR) and a mixture of two hybrids (PS1319 and CCN51) (MIX) from Bahia, Brazil, were analyzed at 7 different times. In the beginning (0 h), the structures of microbial communities were very different between FOR and MIX, reflecting the original plant-associated microbiomes. The highest change in microbial community structures occurred at the first 24 h of fermentation, with a marked increase in temperature and acetic acid concentration, and pH decrease. At 24–48 h both microbial community structures were quite homogenous regarding temperature, acetic acid, succinic acid, pH, soluble proteins and total phenols. During 72–96 h, the community structure resembles an acidic and warmer environment, prevailing few acetic acid bacteria. Taxonomic richness and abundance at 72–144 h exhibited significant correlation with temperature, reducing sugars, succinic, and acetic acids. Finally, we recommend that dominant microbial species of spontaneous fine cocoa fermentations should be considered as inoculum in accordance with the farm/region and GMP to maintain a differential organoleptic feature for production of fine chocolate. In our study, a starter inoculum composed of Acetobacter pausterianus and Hanseniaspora opuntiae strains is indicated.

用于巧克力生产的可可豆是可可可可的发酵种子通过自然发酵过程获得。发酵过程中产生的风味和化合物使此步骤成为高级巧克力生产中最重要的步骤之一。本文中，在细可可豆发酵过程中，使用a弹枪宏基因组学方法和相关的理化特征对微生物群落结构的变化进行了综合分析。在7个不同的时间对来自巴西巴伊亚州的Forastero品种（FOR）和两种杂种的混合物（PS1319和CCN51）（MIX）的样品进行了分析。在开始（0小时）时，FOR和MIX之间的微生物群落结构差异很大，反映出原始的植物相关微生物群。微生物群落结构的最高变化发生在发酵的前24小时，温度和乙酸浓度显着升高，pH降低。在24–48 h时，两种微生物群落结构在温度，乙酸，琥珀酸，pH，可溶性蛋白质和总酚方面均非常均一。在72-96小时内，群落结构类似于酸性和温暖的环境，主要是乙酸细菌。在72–144 h时，分类学上的丰富度和丰度与温度显着相关，从而降低了糖，琥珀酸和乙酸的含量。最后，我们建议根据农场/地区和GMP将自发的精细可可发酵的主要微生物种视为接种物，以保持生产精细巧克力的不同感官特性。在我们的研究中，由 在24-48 h时，两种微生物的群落结构在温度，乙酸，琥珀酸，pH，可溶性蛋白质和总酚方面均相当均匀。在72-96小时内，群落结构类似于酸性和温暖的环境，主要是乙酸细菌。在72–144 h时，分类学的丰富度和丰度与温度显着相关，从而降低了糖，琥珀酸和乙酸的含量。最后，我们建议根据农场/地区和GMP将自发的精细可可发酵的主要微生物种视为接种物，以保持生产精细巧克力的不同感官特性。在我们的研究中，由 在24–48 h时，两种微生物群落结构在温度，乙酸，琥珀酸，pH，可溶性蛋白质和总酚方面均非常均一。在72-96小时内，群落结构类似于酸性和温暖的环境，主要是乙酸细菌。在72–144 h时，分类学上的丰富度和丰度与温度显着相关，从而降低了糖，琥珀酸和乙酸的含量。最后，我们建议根据农场/地区和GMP将自发的精细可可发酵的主要微生物种视为接种物，以保持生产精细巧克力的不同感官特性。在我们的研究中，由 可溶性蛋白质和总酚。在72-96小时内，群落结构类似于酸性和温暖的环境，主要是乙酸细菌。在72–144 h时，分类学上的丰富度和丰度与温度显着相关，从而降低了糖，琥珀酸和乙酸的含量。最后，我们建议根据农场/地区和GMP将自发的精细可可发酵的主要微生物种视为接种物，以保持生产精细巧克力的不同感官特性。在我们的研究中，由 可溶性蛋白质和总酚。在72-96小时内，群落结构类似于酸性和温暖的环境，主要是乙酸细菌。在72–144 h时，分类学上的丰富度和丰度与温度显着相关，从而降低了糖，琥珀酸和乙酸的含量。最后，我们建议根据农场/地区和GMP将自发的精细可可发酵的主要微生物种视为接种物，以保持生产精细巧克力的不同感官特性。在我们的研究中，由 和乙酸。最后，我们建议根据农场/地区和GMP将自发的精细可可发酵的主要微生物种视为接种物，以保持生产精细巧克力的不同感官特性。在我们的研究中，由 和乙酸。最后，我们建议根据农场/地区和GMP将自发的精细可可发酵的主要微生物种视为接种物，以保持生产精细巧克力的不同感官特性。在我们的研究中，由指示了醋杆菌和汉逊酵母菌菌株。