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Diversity of sea star-associated densoviruses and transcribed endogenized viral elements of densovirus origin
bioRxiv - Genomics Pub Date : 2020-08-06 , DOI: 10.1101/2020.08.05.239004
Elliot W. Jackson , Roland C. Wilhelm , Mitchell R. Johnson , Holly L. Lutz , Isabelle Danforth , Joseph K. Gaydos , Michael W. Hart , Ian Hewson

A viral etiology of Sea Star Wasting Syndrome (SSWS) has been largely explored using metagenomics leading to the conclusion that a densovirus is the predominant DNA virus associated with this syndrome, and, thus, the most promising viral candidate pathogen. Single-stranded DNA viruses are however highly diverse and pervasive among eukaryotic organisms which we hypothesize may confound the association between densoviruses and SSWS in sea stars. To test this hypothesis and assess the association of densoviruses to SSWS, we compiled past metagenomic data with new metagenomic-derived viral genomes from sea stars collected from Antarctica, California, Washington, and Alaska. We used 179 publicly available sea star transcriptomes to complement our approaches for densovirus discovery. Lastly, we focus the study to SSaDV, the first sea star densovirus discovered, by documenting its biogeography and putative tissue tropism. Transcriptomes contained mostly endogenized densovirus elements similar to the NS1 gene, while >30 complete and near-complete densoviral genomes were recovered from viral metagenomes. SSaDV was associated with nearly all tested species from southern California to Alaska, and in contrast to previous work, we show SSaDV is one genotype among a high diversity of densoviruses present in sea stars across the west coast of the United States and globally that are commonly associated with grossly normal (i.e. healthy or asymptomatic) animals. The diversity and ubiquity of these viruses in wild sea stars confounds the original hypothesis that one densovirus was the etiologic agent of SSWD.

中文翻译:

与海星相关的齿状病毒和齿状病毒起源的转录的内源性病毒成分的多样性

人们已经使用宏基因组学对海星浪费综合症(SSWS)的病毒病因进行了广泛的研究,从而得出结论:牙本质病毒是与此综合症相关的主要DNA病毒,因此是最有希望的病毒候选病原体。然而,单链DNA病毒在真核生物中高度多样且普遍存在,我们推测这可能会混淆海星中的Densoviruses和SSWS之间的关联。为了检验该假设并评估Densvirus病毒与SSWS的关联,我们使用过去的宏基因组学数据,结合了来自南极洲,加利福尼亚,华盛顿和阿拉斯加的海星的新宏基因组学衍生的病毒基因组。我们使用了179个可公开获得的海洋之星转录组,以补充我们发现牙病毒的方法。最后,我们将研究重点放在SSaDV上,通过记录其生物地理和假定的组织向性,发现了第一批海洋之星Densovirus。转录组主要包含与NS1基因相似的内源性登革病毒成分,而从病毒基因组中回收了超过30个完整和接近完整的登革病毒基因组。SSaDV与从加利福尼亚南部到阿拉斯加的几乎所有受测物种都有关联,并且与以前的工作相比,我们证明SSaDV是美国西海岸乃至全球海星中存在的大量登革病毒中的一种基因型与一般正常(即健康或无症状)的动物有关。这些病毒在野生海星中的多样性和普遍性混淆了最初的假说,即一种denosvirus是SSWD的病原体。通过记录其生物地理学和假定的组织向性。转录组主要包含与NS1基因相似的内源性登革病毒成分,而从病毒基因组中回收了超过30个完整和接近完整的登革病毒基因组。SSaDV与从加利福尼亚南部到阿拉斯加的几乎所有受测物种有关,并且与以前的工作相比,我们显示SSaDV是在美国西海岸以及全球范围内普遍存在的海星中存在的高度多样的登革病毒中的一种基因型与一般正常(即健康或无症状)的动物有关。这些病毒在野生海星中的多样性和普遍性混淆了最初的假说,即一种denosvirus是SSWD的病原体。通过记录其生物地理学和假定的组织向性。转录组主要包含与NS1基因相似的内源性登革病毒成分,而从病毒基因组中回收了超过30个完整和接近完整的登革病毒基因组。SSaDV与从加利福尼亚南部到阿拉斯加的几乎所有受测物种有关,并且与以前的工作相比,我们显示SSaDV是在美国西海岸以及全球范围内普遍存在的海星中存在的高度多样的登革病毒中的一种基因型与一般正常(即健康或无症状)的动物有关。这些病毒在野生海星中的多样性和普遍性混淆了最初的假说,即一种denosvirus是SSWD的病原体。从病毒基因组中回收了30个完整和接近完整的病毒基因组。SSaDV与从加利福尼亚南部到阿拉斯加的几乎所有受测物种有关,并且与以前的工作相比,我们显示SSaDV是在美国西海岸以及全球范围内普遍存在的海星中存在的高度多样的登革病毒中的一种基因型与一般正常(即健康或无症状)的动物有关。这些病毒在野生海星中的多样性和普遍性混淆了最初的假说,即一种denosvirus是SSWD的病原体。从病毒的基因组中获得了30个完整和接近完整的病毒基因组。SSaDV与从加利福尼亚南部到阿拉斯加的几乎所有受测物种有关,并且与以前的工作相比,我们显示SSaDV是在美国西海岸以及全球范围内普遍存在的海星中存在的高度多样的登革病毒中的一种基因型与一般正常(即健康或无症状)的动物有关。这些病毒在野生海星中的多样性和普遍性混淆了最初的假说,即一种denosvirus是SSWD的病原体。我们显示SSaDV是在美国西海岸以及全球范围内的海星中存在的高密度牙病毒中的一种基因型,这些病毒通常与正常动物(即健康或无症状)相关。这些病毒在野生海星中的多样性和普遍性混淆了最初的假说,即一种denosvirus是SSWD的病原体。我们显示SSaDV是在美国西海岸以及全球范围内的海星中存在的高密度牙病毒中的一种基因型,这些病毒通常与正常动物(即健康或无症状)相关。这些病毒在野生海星中的多样性和普遍性混淆了最初的假说,即一种denosvirus是SSWD的病原体。
更新日期:2020-08-08
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