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LncR2metasta: a manually curated database for experimentally supported lncRNAs during various cancer metastatic events.
Briefings in Bioinformatics ( IF 6.8 ) Pub Date : 2020-08-07 , DOI: 10.1093/bib/bbaa178
Shihua Zhang 1 , Xiaolong He 2 , Rui Zhang 3 , Wensheng Deng 1
Affiliation  

Mounting evidence has shown the involvement of long non-coding RNAs (lncRNAs) during various cancer metastatic events (abbreviated as CMEs, e.g. cancer cell invasion, intravasation, extravasation, proliferation, etc.) that may cooperatively facilitate malignant tumor spread and cause massive patient deaths. The study of lncRNA-CME associations might help understand lncRNA functions in metastasis and present reliable biomarkers for early dissemination detection and optimized treatment. Therefore, we developed a database named ‘lncR2metasta’ by manually compiling experimentally supported lncRNAs during various CMEs from existing studies. LncR2metasta documents 1238 associations between 304 lncRNAs and 39 CMEs across 54 human cancer subtypes. Each entry of lncR2metasta contains detailed information on a lncRNA-CME association, including lncRNA symbol, a specific CME, brief description of the association, lncRNA category, lncRNA Entrez or Ensembl ID, lncRNA genomic location and strand, lncRNA experiment, lncRNA expression pattern, detection method, target gene (or pathway) of lncRNA, lncRNA regulatory role on a CME, cancer name and the literature reference. An easy-to-use web interface was deployed in lncR2metasta for its users to easily browse, search and download as well as to submit novel lncRNA-CME associations. LncR2metasta will be a useful resource in cancer research community. It is freely available at http://lncR2metasta.wchoda.com.

中文翻译:

LncR2metasta:在各种癌症转移事件期间为实验支持的 lncRNA 手动管理的数据库。

越来越多的证据表明,长链非编码 RNA (lncRNA) 在各种癌症转移事件(缩写为 CME,例如癌细胞侵袭、内渗、外渗、增殖等)中的参与可能协同促进恶性肿瘤扩散并导致大量患者死亡人数。lncRNA-CME 关联的研究可能有助于了解 lncRNA 在转移中的功能,并为早期传播检测和优化治疗提供可靠的生物标志物。因此,我们通过在现有研究的各种 CME 期间手动编译实验支持的 lncRNA,开发了一个名为“lncR2metasta”的数据库。LncR2metasta 记录了 54 种人类癌症亚型的 304 种 lncRNA 和 39 种 CME 之间的 1238 种关联。lncR2metasta 的每个条目都包含有关 lncRNA-CME 关联的详细信息,包括 lncRNA 符号、特定的 CME、关联的简要描述、lncRNA 类别、lncRNA Entrez 或 Ensembl ID、lncRNA 基因组位置和链、lncRNA 实验、lncRNA 表达模式、检测方法、lncRNA 的靶基因(或途径)、lncRNA 对 CME 的调控作用,癌症名称和参考文献。在 lncR2metasta 中部署了一个易于使用的 Web 界面,供其用户轻松浏览、搜索和下载以及提交新的 lncRNA-CME 关联。LncR2metasta 将成为癌症研究界的有用资源。它可以在 http://lncR2metasta.wchoda.com 上免费获得。lncRNA 对 CME、癌症名称和参考文献的调节作用。在 lncR2metasta 中部署了一个易于使用的 Web 界面,供其用户轻松浏览、搜索和下载以及提交新的 lncRNA-CME 关联。LncR2metasta 将成为癌症研究界的有用资源。它可以在 http://lncR2metasta.wchoda.com 上免费获得。lncRNA 对 CME、癌症名称和参考文献的调节作用。在 lncR2metasta 中部署了一个易于使用的 Web 界面,供其用户轻松浏览、搜索和下载以及提交新的 lncRNA-CME 关联。LncR2metasta 将成为癌症研究界的有用资源。它可以在 http://lncR2metasta.wchoda.com 上免费获得。
更新日期:2020-08-08
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