Cytosine methylome data is commonly generated through next-generation sequencing, with analyses averaging methylation states of individual reads. We propose an alternative method of analysing single-read methylome data. Using this method, we identify patterns relating to the mechanism of two plant non-CG-methylating enzymes, CMT2 and DRM2. CMT2-methylated regions show higher stochasticity, while DRM2-methylated regions have higher variation among cells. Based on these patterns, we develop a classifier that predicts enzyme activity in different species and tissues. To facilitate further single-read analyses, we develop a genome browser, SRBrowse, optimised for visualising and analysing sequencing data at single-read resolution.

中文翻译：

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单读甲基化组分析揭示植物 DRM2 和 CMT2 的连续随机 CHH 甲基化模式

胞嘧啶甲基化组数据通常通过下一代测序生成，并分析平均各个读数的甲基化状态。我们提出了一种分析单读甲基化组数据的替代方法。使用这种方法，我们确定了与两种植物非 CG 甲基化酶 CMT2 和 DRM2 的机制相关的模式。CMT2 甲基化区域显示出更高的随机性，而 DRM2 甲基化区域在细胞间具有更高的变异性。基于这些模式，我们开发了一个分类器来预测不同物种和组织中的酶活性。为了促进进一步的单读分析，我们开发了基因组浏览器 SRBrowse，针对以单读分辨率可视化和分析测序数据进行了优化。