The ciprofloxacin-modifying crpP gene was recently identified in a plasmid isolated from a Pseudomonas aeruginosa clinical isolate. Homologues of this gene were also identified in Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Acinetobacter baumannii. We set out to explore the mobile elements involved in the acquisition and spread of this gene in publicly available and complete genomes of Pseudomonas spp. All Pseudomonas complete genomes were downloaded from NCBI’s Refseq library and were inspected for the presence of the crpP gene. The mobile elements carrying this gene were further characterized. The crpP gene was identified only in P. aeruginosa, in more than half of the complete chromosomes (61.9%, n = 133/215) belonging to 52 sequence types, of which the high-risk clone ST111 was the most frequent. We identified 136 crpP-harboring integrative and conjugative elements (ICEs), with 93.4% belonging to the mating-pair formation G (MPFG) family. The ICEs were integrated at the end of a tRNALys gene and were all flanked by highly conserved 45-bp direct repeats. The crpP-carrying ICEs contain 26 core genes (2.2% of all 1193 genes found in all the ICEs together), which are present in 99% or more of the crpP-harboring ICEs. The most frequently encoded traits on these ICEs include replication, transcription, intracellular trafficking and cell motility. Our work suggests that ICEs are the main vectors promoting the dissemination of the ciprofloxacin-modifying crpP gene in P. aeruginosa.

中文翻译：

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ICEs 是铜绿假单胞菌中环丙沙星修饰 crpP 基因的主要储存库 Running Title: crpP-Bearing ICEs in Pseudomonas aeruginosa

最近在从铜绿假单胞菌临床分离株中分离的质粒中发现了环丙沙星修饰 crpP 基因。在大肠杆菌、肺炎克雷伯菌和鲍曼不动杆菌中也发现了该基因的同源物。我们着手探索在假单胞菌属的公开可用和完整基因组中获取和传播该基因所涉及的移动元件。所有假单胞菌完整基因组均从 NCBI 的 Refseq 库下载，并检查是否存在 crpP 基因。进一步表征了携带该基因的移动元件。crpP基因仅在铜绿假单胞菌中被鉴定，在属于52种序列类型的完整染色体的一半以上（61.9％，n = 133/215）中，其中高危克隆ST111最为常见。我们确定了 136 个包含 crpP 的整合和共轭元件 (ICE)，其中 93.4% 属于交配对形成 G (MPFG) 家族。ICEs 被整合在 tRNALys 基因的末端，并且都被高度保守的 45-bp 同向重复序列所包围。携带 crpP 的 ICE 包含 26 个核心基因（占所有 ICE 中发现的所有 1193 个基因的 2.2%），它们存在于 99% 或更多携带 crpP 的 ICE 中。这些 ICE 上最常编码的特征包括复制、转录、细胞内运输和细胞运动。我们的工作表明，ICE 是促进环丙沙星修饰 crpP 基因在铜绿假单胞菌中传播的主要载体。ICEs 被整合在 tRNALys 基因的末端，并且都被高度保守的 45-bp 同向重复序列所包围。携带 crpP 的 ICE 包含 26 个核心基因（占所有 ICE 中发现的所有 1193 个基因的 2.2%），它们存在于 99% 或更多携带 crpP 的 ICE 中。这些 ICE 上最常编码的特征包括复制、转录、细胞内运输和细胞运动。我们的工作表明，ICE 是促进环丙沙星修饰 crpP 基因在铜绿假单胞菌中传播的主要载体。ICEs 被整合在 tRNALys 基因的末端，并且都被高度保守的 45-bp 同向重复序列所包围。携带 crpP 的 ICE 包含 26 个核心基因（占所有 ICE 中发现的所有 1193 个基因的 2.2%），它们存在于 99% 或更多携带 crpP 的 ICE 中。这些 ICE 上最常编码的特征包括复制、转录、细胞内运输和细胞运动。我们的工作表明，ICE 是促进环丙沙星修饰 crpP 基因在铜绿假单胞菌中传播的主要载体。细胞内运输和细胞运动。我们的工作表明，ICE 是促进环丙沙星修饰 crpP 基因在铜绿假单胞菌中传播的主要载体。细胞内运输和细胞运动。我们的工作表明，ICE 是促进环丙沙星修饰 crpP 基因在铜绿假单胞菌中传播的主要载体。