Background Even after decades of research, cancer, by and large, remains a challenge and is one of the major causes of death worldwide. For a very long time, it was believed that cancer is simply an outcome of changes at the genetic level but today, it has become a well-established fact that both genetics and epigenetics work together resulting in the transformation of normal cells to cancerous cells. Objective In the present scenario, researchers are focusing on targeting epigenetic machinery. The main advantage of targeting epigenetic mechanisms is their reversibility. Thus, cells can be reprogrammed to their normal state. Graph theory is a powerful gift of mathematics which allows us to understand complex networks. Methodology In this study, graph theory was utilized for quantitative analysis of the epigenetic network of hepato-cellular carcinoma (HCC) and subsequently finding out the important vertices in the network thus obtained. Secondly, this network was utilized to locate novel targets for hepato-cellular carcinoma epigenetic therapy. Results The vertices represent the genes involved in the epigenetic mechanism of HCC. Topological parameters like clustering coefficient, eccentricity, degree, etc. have been evaluated for the assessment of the essentiality of the node in the epigenetic network. Conclusion The top ten novel epigenetic target genes involved in HCC reported in this study are cdk6, cdk4, cdkn2a, smad7, smad3, ccnd1, e2f1, sf3b1, ctnnb1, and tgfb1.

中文翻译：

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使用图论方法破译肝细胞癌表观遗传学中涉及的新靶基因

背景 即使经过数十年的研究，总的来说，癌症仍然是一个挑战，并且是全世界死亡的主要原因之一。很长一段时间以来，人们认为癌症只是遗传水平变化的结果，但今天，遗传学和表观遗传学共同作用导致正常细胞转化为癌细胞已成为公认的事实。目标在目前的情况下，研究人员专注于针对表观遗传机制。靶向表观遗传机制的主要优点是它们的可逆性。因此，细胞可以重新编程到它们的正常状态。图论是数学的强大天赋，它使我们能够理解复杂的网络。方法论 在这项研究中，图论被用于定量分析肝细胞癌（HCC）的表观遗传网络，并随后找出由此获得的网络中的重要顶点。其次，该网络被用来定位肝细胞癌表观遗传治疗的新靶点。结果顶点代表参与HCC表观遗传机制的基因。已经评估了诸如聚类系数、偏心率、度数等拓扑参数，以评估表观遗传网络中节点的重要性。结论 本研究报道的与 HCC 相关的前 10 位新型表观遗传靶基因分别为 cdk6、cdk4、cdkn2a、smad7、smad3、ccnd1、e2f1、sf3b1、ctnnb1 和 tgfb1。该网络被用来定位肝细胞癌表观遗传治疗的新靶点。结果顶点代表参与HCC表观遗传机制的基因。已经评估了诸如聚类系数、偏心率、度数等拓扑参数，以评估表观遗传网络中节点的重要性。结论 本研究报道的与 HCC 相关的前 10 位新型表观遗传靶基因分别为 cdk6、cdk4、cdkn2a、smad7、smad3、ccnd1、e2f1、sf3b1、ctnnb1 和 tgfb1。该网络被用来定位肝细胞癌表观遗传治疗的新靶点。结果顶点代表参与HCC表观遗传机制的基因。已经评估了诸如聚类系数、偏心率、度数等拓扑参数，以评估表观遗传网络中节点的重要性。结论 本研究报道的与 HCC 相关的前 10 位新型表观遗传靶基因分别为 cdk6、cdk4、cdkn2a、smad7、smad3、ccnd1、e2f1、sf3b1、ctnnb1 和 tgfb1。已被评估用于评估表观遗传网络中节点的重要性。结论 本研究报道的与 HCC 相关的前 10 位新型表观遗传靶基因分别为 cdk6、cdk4、cdkn2a、smad7、smad3、ccnd1、e2f1、sf3b1、ctnnb1 和 tgfb1。已被评估用于评估表观遗传网络中节点的重要性。结论 本研究报道的与 HCC 相关的前 10 位新型表观遗传靶基因分别为 cdk6、cdk4、cdkn2a、smad7、smad3、ccnd1、e2f1、sf3b1、ctnnb1 和 tgfb1。