Background: Amplicon sequencing is the most widely used sequencing method to evaluate microbial diversity in virtually all environments. Thus, appropriate and specific primers are needed to amplify amplicon regions in amplicon sequencing. For this purpose, the community currently uses probeBase, which curates rRNA-targeted probes and primers. Main Body: We found that 63.58% of the primers in probeBase have problematic issues in the short name, full name, and/or position. Furthermore, the current convention for short names causes ambiguity. We here introduce our new Database of Primer Scientific Names (DPSN), which is a manually curated database for the 173 primers in probeBase complete with a new short name convention. Building on the work of probeBase, we provide a more user-friendly and standardized system. The new short primer naming convention has three basic components: 5′ position on the sense strand, version, and direction. An additional character for the name of the taxonomic group is also added in front of the name for convenient use. Furthermore, DPSN contains primers for large subunit as well. In order to separate them from the primers for small subunit, a header character is also recommended. Conclusion: All 173 primers in probeBase were corrected according to this new rule, and are stored in DPSN, which is expected to facilitate accurate primer selection and better standardized communication in this field. Database URL: The DPSN database is available in a user-interactive website at http://dpsn.leidailab.cn/.

中文翻译：

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DPSN：标准化扩增子测序引物的简称以避免歧义

背景：扩增子测序是评估几乎所有环境中微生物多样性的最广泛使用的测序方法。因此，在扩增子测序中需要合适和特异性的引物来扩增扩增子区域。为此，社区目前使用probeBase，它可以管理针对rRNA的探针和引物。主体：我们发现probeBase中63.58％的引物在简称，全名和/或位置方面存在问题。此外，当前的短名称约定引起歧义。我们在这里介绍我们的新的引物科学名称数据库（DPSN），这是一个人工策划的数据库，用于ProbeBase中的173个引物以及一个新的短名称约定。基于probeBase的工作，我们提供了一个更加用户友好和标准化的系统。新的短引物命名约定具有三个基本组成部分：有义链上的5'位置，形式和方向。为了方便使用，在名称之前还添加了一个分类组名称的附加字符。此外，DPSN还包含大型亚基的引物。为了将它们与用于小亚基的引物分开，还建议使用标头字符。结论：probeBase中的所有173条引物均已根据此新规则进行了校正，并已存储在DPSN中，有望促进该领域中准确的引物选择和更好的标准化交流。数据库URL：DPSN数据库可在用户交互网站上找到，网址为http://dpsn.leidailab.cn/。为了方便使用，在名称之前还添加了一个分类组名称的附加字符。此外，DPSN还包含大型亚基的引物。为了将它们与用于小亚基的引物分开，还建议使用标头字符。结论：probeBase中的所有173条引物均已根据此新规则进行了校正，并已存储在DPSN中，有望促进该领域中准确的引物选择和更好的标准化交流。数据库URL：DPSN数据库可在用户交互网站上找到，网址为http://dpsn.leidailab.cn/。为了方便使用，在名称之前还添加了一个分类组名称的附加字符。此外，DPSN还包含大型亚基的引物。为了将它们与用于小亚基的引物分开，还建议使用标头字符。结论：probeBase中的所有173条引物均已根据此新规则进行了校正，并已存储在DPSN中，有望促进该领域中准确的引物选择和更好的标准化交流。数据库URL：DPSN数据库可在用户交互网站上找到，网址为http://dpsn.leidailab.cn/。probeBase中的所有173条引物均已根据此新规则进行了校正，并已存储在DPSN中，有望促进该领域中准确的引物选择和更好的标准化交流。数据库URL：DPSN数据库可在用户交互网站上找到，网址为http://dpsn.leidailab.cn/。probeBase中的所有173条引物均已根据此新规则进行了校正，并已存储在DPSN中，有望促进该领域中准确的引物选择和更好的标准化交流。数据库URL：DPSN数据库可在用户交互网站上找到，网址为http://dpsn.leidailab.cn/。