T-cell activation induces context-specific gene expression programs that promote energy generation and biosynthesis, progression through the cell cycle and ultimately cell differentiation. The aim of this study was to apply the omni ATAC-seq method to characterize the landscape of chromatin changes induced by T-cell activation in mature naïve CD4+ T-cells. Using a well-established ex vivo protocol of canonical T-cell receptor signaling, we generated genome-wide chromatin maps of naïve T-cells from pediatric donors in quiescent or recently activated states. We identified thousands of individual chromatin accessibility peaks that are associated with T-cell activation. The majority of these were localized to intronic and intergenic enhancer regions, marked by active histone modifications whilst quiescence was maintained by repressive histone marks. Regions of activation-associated gains in chromatin accessibility were enriched for well-known pioneer transcription factor motifs, and super-enhancer regions associated with distinct gene regulatory networks. These cis-regulatory elements together brought about distinct transcriptional signatures in activated cells including TNFa-NFkB signaling, hormone-responsive genes, inflammatory response genes and IL2-STAT5 signaling. Our data provides novel insights into the chromatin dynamics and motif usage of T-cell receptor signaling events in early life. The characterized pathways demonstrate the utility of chromatin profiling techniques applied to bio-banked samples for characterizing gene regulatory elements.

中文翻译：

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绘制幼稚CD4 + T细胞活化过程中染色质动力学的图景。

T细胞激活诱导特定情境的基因表达程序，该程序可促进能量生成和生物合成，在细胞周期中发展并最终在细胞分化中发挥作用。这项研究的目的是应用全能ATAC-seq方法表征成熟幼稚的CD4 + T细胞中T细胞活化诱导的染色质变化情况。使用已建立的规范性T细胞受体信号传导的离体方案，我们从静止期或最近激活状态的儿科供体产生了幼稚T细胞的全基因组染色质图。我们确定了成千上万的与T细胞活化相关的染色质可及性峰。这些中的大多数定位于内含子和基因间增强子区域，其特征在于活跃的组蛋白修饰，而静止性则由抑制性组蛋白标记维持。染色质可及性与激活相关的增益区域丰富了著名的先驱转录因子基序，以及与不同基因调控网络相关的超级增强子区域。这些顺式调节元件共同在活化细胞中产生了不同的转录特征，包括TNFa-NFkB信号传导，激素反应性基因，炎症反应基因和IL2-STAT5信号传导。我们的数据为早期生命中T细胞受体信号传导事件的染色质动力学和基序使用提供了新颖的见解。表征的途径证明了染色质谱分析技术应用于生物库样品表征基因调控元件的实用性。以及与不同基因调控网络相关的超级增强子区域。这些顺式调节元件共同在活化细胞中产生了不同的转录特征，包括TNFa-NFkB信号传导，激素反应基因，炎症反应基因和IL2-STAT5信号传导。我们的数据为早期生命中T细胞受体信号传导事件的染色质动力学和基序使用提供了新颖的见解。表征的途径证明了染色质谱分析技术应用于生物库样品表征基因调控元件的实用性。以及与不同基因调控网络相关的超级增强子区域。这些顺式调节元件共同在活化细胞中产生了不同的转录特征，包括TNFa-NFkB信号传导，激素反应基因，炎症反应基因和IL2-STAT5信号传导。我们的数据为早期生命中T细胞受体信号传导事件的染色质动力学和基序使用提供了新颖的见解。表征的途径证明了染色质谱分析技术应用于生物库样品表征基因调控元件的实用性。炎症反应基因和IL2-STAT5信号传导。我们的数据为早期生命中T细胞受体信号传导事件的染色质动力学和基序使用提供了新颖的见解。表征的途径证明了染色质谱分析技术应用于生物库样品表征基因调控元件的实用性。炎症反应基因和IL2-STAT5信号传导。我们的数据为早期生命中T细胞受体信号传导事件的染色质动力学和基序使用提供了新颖的见解。表征的途径证明了染色质谱分析技术应用于生物库样品表征基因调控元件的实用性。