Stem cells and their derivatives are novel pharmaceutics that have the potential for use as tissue replacement therapies. However, the heterogeneous characteristics of stem cell cultures have hindered their biomedical applications. In theory and practice, when cell type-specific or stage-specific cell surface proteins are targeted by unique antibodies, they become highly efficient in detecting and isolating specific cell populations. There is a growing demand to identify reliable and actionable cell surface markers that facilitate purification of particular cell types at specific developmental stages for use in research and clinical applications. The identification of these markers as very important members of plasma membrane proteins, ion channels, transporters, and signaling molecules has directly benefited from proteomics and tools for proteomics-derived data analyses. Here, we review the methodologies that have played a role in the discovery of cell surface markers and introduce cutting edge single cell proteomics as an advanced tool. We also discuss currently available specific cell surface markers for stem cells and their lineages, with emphasis on the nervous system, heart, pancreas, and liver. The remaining gaps that pertain to the discovery of these markers and how single cell proteomics and identification of surface markers associated with the progenitor stages of certain terminally differentiated cells may pave the way for their use in regenerative medicine are also discussed.

干细胞及其衍生物是新型药物，具有用作组织替代疗法的潜力。但是，干细胞培养的异质性阻碍了其生物医学应用。在理论和实践中，当细胞类型特异性或阶段特异性细胞表面蛋白被独特的抗体作为靶标时，它们在检测和分离特定细胞群方面变得非常高效。越来越需要鉴定可靠且可操作的细胞表面标记，以促进在特定发育阶段纯化特定细胞类型以用于研究和临床应用。这些标记物是质膜蛋白，离子通道，转运蛋白，蛋白质组学和用于蛋白质组学数据分析的工具直接受益于信号分子。在这里，我们回顾了在发现细胞表面标记中发挥作用的方法，并介绍了尖端的单细胞蛋白质组学作为一种先进的工具。我们还将讨论干细胞及其谱系的当前可用的特定细胞表面标记，重点是神经系统，心脏，胰腺和肝脏。还讨论了与这些标志物的发现有关的剩余空白，以及与某些终末分化细胞的祖细胞阶段相关的单细胞蛋白质组学和表面标志物的鉴定如何为它们在再生医学中的应用铺平了道路。我们回顾了在发现细胞表面标记中发挥作用的方法，并介绍了尖端的单细胞蛋白质组学作为一种先进的工具。我们还将讨论干细胞及其谱系的当前可用的特定细胞表面标记，重点是神经系统，心脏，胰腺和肝脏。还讨论了与这些标志物的发现有关的剩余空白，以及与某些终末分化细胞的祖细胞阶段相关的单细胞蛋白质组学和表面标志物的鉴定如何为它们在再生医学中的应用铺平了道路。我们回顾了在发现细胞表面标记中发挥作用的方法，并介绍了尖端的单细胞蛋白质组学作为一种先进的工具。我们还将讨论干细胞及其谱系的当前可用的特定细胞表面标记，重点是神经系统，心脏，胰腺和肝脏。还讨论了与这些标记物的发现有关的剩余空白，以及与某些终末分化细胞的祖细胞阶段相关的单细胞蛋白质组学和表面标记物的鉴定方法如何为它们在再生医学中的应用铺平了道路。和肝脏。还讨论了与这些标记物的发现有关的剩余空白，以及与某些终末分化细胞的祖细胞阶段相关的单细胞蛋白质组学和表面标记物的鉴定方法如何为它们在再生医学中的应用铺平了道路。和肝脏。还讨论了与这些标记物的发现有关的剩余空白，以及与某些终末分化细胞的祖细胞阶段相关的单细胞蛋白质组学和表面标记物的鉴定方法如何为它们在再生医学中的应用铺平了道路。