Spermospora avenae causes the economically important red leather leaf disease of oats, which reduces grain yield and hay quality. It was first reported in the USA in 1936 and subsequently in Australia in 1978. Despite this, its phylogenetic placement is unknown, attributed merely to Ascomycota. Twenty-three S. avenae single spore isolates were obtained from affected crops in South Australia and western Victoria from 2008 to 2016. DNA was extracted from each and sequenced using Illumina technology. To identify its closest relatives, a draft genome was de novo assembled and contigs with the highest depth, hypothesised to be the rRNA gene region, were compared to NCBI using the BLASTN function. Contigs that had homologous sequence to the rRNA gene region were used to identify closely related species, which turned out to be Rhynchosporium species. Sequence data from the α-tubulin, β-tubulin, and ITS gene regions of Rhynchosporium species, identified as phylogenetically informative for this genus, were mapped to the S. avenae contigs. Phylogenetic analysis of the ITS region and multilocus concatenation demonstrated that S. avenae is nested within Rhynchosporium, closely related to R. orthosporum and R. lolii. When ITS sequences from other related genera sourced from GenBank were added to the analysis, it appears that Rhynchosporium is paraphyletic and should be split into two genera. Culturally, S. avenae prefers a semi-solid low nutrient medium (ie. ¼ strength PDA made with 1.25% agar) and cool temperature (optimum 15 °C). This corresponds well with the cold wet seasonal conditions required for disease development in the field.

中文翻译：

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燕麦红皮叶病的致病因子燕麦孢子菌的系统发育定位

Spermospora avenae 引起燕麦的经济上重要的红皮叶病，从而降低谷物产量和干草质量。它于 1936 年在美国首次报道，随后于 1978 年在澳大利亚报道。尽管如此，其系统发育位置尚不清楚，仅归因于子囊菌。从 2008 年到 2016 年，从南澳大利亚州和维多利亚州西部的受影响作物中获得了 23 株 S. avenae 单孢子分离株。从每种菌株中提取 DNA 并使用 Illumina 技术进行测序。为了识别其最近的亲属，从头组装基因组草图，并使用 BLASTN 函数将具有最高深度的重叠群（假设为 rRNA 基因区域）与 NCBI 进行比较。与 rRNA 基因区域具有同源序列的重叠群被用于鉴定密切相关的物种，结果证明是 Rhynchosporium 物种。来自 Rhynchosporium 物种的 α-微管蛋白、β-微管蛋白和 ITS 基因区域的序列数据，被确定为该属的系统发育信息，被映射到 S. avenae 重叠群。ITS 区域和多位点串联的系统发育分析表明 S. avenae 嵌套在 Rhynchosporium 内，与 R. orthosporum 和 R. lolii 密切相关。当来自 GenBank 的其他相关属的 ITS 序列被添加到分析中时，Rhynchosporium 似乎是并系的，应该分为两个属。在文化上，S. avenae 更喜欢半固体低营养培养基（即用 1.25% 琼脂制成的 ¼ 强度 PDA）和凉爽的温度（最佳 15 °C）。这与田间疾病发展所需的寒冷潮湿的季节性条件非常吻合。Rhynchosporium 物种的 ITS 和 ITS 基因区域，被确定为该属的系统发育信息，被映射到 S. avenae contigs。ITS 区域和多位点串联的系统发育分析表明 S. avenae 嵌套在 Rhynchosporium 内，与 R. orthosporum 和 R. lolii 密切相关。当来自 GenBank 的其他相关属的 ITS 序列被添加到分析中时，Rhynchosporium 似乎是并系的，应该分为两个属。在文化上，S. avenae 更喜欢半固体低营养培养基（即用 1.25% 琼脂制成的 ¼ 强度 PDA）和凉爽的温度（最佳 15 °C）。这与田间疾病发展所需的寒冷潮湿的季节性条件非常吻合。Rhynchosporium 物种的 ITS 和 ITS 基因区域，被确定为该属的系统发育信息，被映射到 S. avenae contigs。ITS 区域和多位点串联的系统发育分析表明 S. avenae 嵌套在 Rhynchosporium 内，与 R. orthosporum 和 R. lolii 密切相关。当来自 GenBank 的其他相关属的 ITS 序列被添加到分析中时，Rhynchosporium 似乎是并系的，应该分为两个属。在文化上，S. avenae 更喜欢半固体低营养培养基（即用 1.25% 琼脂制成的 ¼ 强度 PDA）和凉爽的温度（最佳 15 °C）。这与田间疾病发展所需的寒冷潮湿的季节性条件非常吻合。燕麦重叠群。ITS 区域和多位点串联的系统发育分析表明 S. avenae 嵌套在 Rhynchosporium 内，与 R. orthosporum 和 R. lolii 密切相关。当来自 GenBank 的其他相关属的 ITS 序列被添加到分析中时，Rhynchosporium 似乎是并系的，应该分为两个属。在文化上，S. avenae 更喜欢半固体低营养培养基（即用 1.25% 琼脂制成的 ¼ 强度 PDA）和凉爽的温度（最佳 15 °C）。这与田间疾病发展所需的寒冷潮湿的季节性条件非常吻合。燕麦重叠群。ITS 区域和多位点串联的系统发育分析表明 S. avenae 嵌套在 Rhynchosporium 内，与 R. orthosporum 和 R. lolii 密切相关。当来自 GenBank 的其他相关属的 ITS 序列被添加到分析中时，Rhynchosporium 似乎是并系的，应该分为两个属。在文化上，S. avenae 更喜欢半固体低营养培养基（即用 1.25% 琼脂制成的 ¼ 强度 PDA）和凉爽的温度（最佳 15 °C）。这与田间疾病发展所需的寒冷潮湿的季节性条件非常吻合。当来自 GenBank 的其他相关属的 ITS 序列被添加到分析中时，Rhynchosporium 似乎是并系的，应该分为两个属。在文化上，S. avenae 更喜欢半固体低营养培养基（即用 1.25% 琼脂制成的 ¼ 强度 PDA）和凉爽的温度（最佳 15 °C）。这与田间疾病发展所需的寒冷潮湿的季节性条件非常吻合。当来自 GenBank 的其他相关属的 ITS 序列被添加到分析中时，Rhynchosporium 似乎是并系的，应该分为两个属。在文化上，S. avenae 更喜欢半固体低营养培养基（即用 1.25% 琼脂制成的 ¼ 强度 PDA）和凉爽的温度（最佳 15 °C）。这与田间疾病发展所需的寒冷潮湿的季节性条件非常吻合。