The Neotropics host the highest number of species of the biological realms, but the roles of Pleistocene climatic oscillations and longstanding geographic barriers on the origins of this remarkable biodiversity remains debated. Here, we test the relative contribution of these evolutionary mechanisms on the genetic and phenotypic diversification of Amphisbaena pretrei, a poorly studied amphisbaenid from eastern Brazil. Ecological niche modelling identified a large area along the coast of north-eastern Brazil that remained climatically stable since the last glacial maximum (21 kyr). Morphological analysis revealed the existence of differentiation in the southernmost sampled locality, despite generalized morphometric conservatism. Genetic structure was organized into two clades that are separated by the São Francisco river and that diverged some 3 Myr, before the recent Pleistocene glacial cycles. Coalescent analyses rejected all scenarios that included demographic changes, supporting instead diversification under population stability, also confirmed by neutrality tests. Taken together, our results support a prominent role of the São Francisco river as a longstanding barrier favouring the diversification of the fossorial A. pretrei, relative to recent Pleistocenic demographic dynamics. Generally, this study shows that including species with diverse natural histories is necessary before attempting any generalization regarding the evolutionary processes underlying Neotropical biodiversity.

中文翻译：

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冰川避难所和长期存在的障碍在化石有鳞的多样化中的相对作用

新热带地区拥有生物领域中数量最多的物种，但更新世气候波动和长期存在的地理障碍对这种非凡生物多样性起源的作用仍有争议。在这里，我们测试了这些进化机制对 Amphisbaena pretrei 的遗传和表型多样化的相对贡献，Amphisbaena pretrei 是一种来自巴西东部的研究不足的 amphisbaenid。生态位模型确定了巴西东北部沿海的大片区域，自上次冰期最大值（21 kyr）以来保持气候稳定。形态学分析表明，尽管普遍存在形态计量学保守主义，但在最南端的采样位置仍存在分化。在最近的更新世冰川循环之前，遗传结构被组织成两个进化枝，它们被圣弗朗西斯科河隔开，并且分流了大约 3 Myr。Coalescent 分析拒绝了所有包括人口变化在内的情景，而是支持人口稳定下的多样化，这也得到了中立性测试的证实。总之，我们的结果支持圣弗朗西斯科河作为一个长期障碍的突出作用，有利于 A. pretrei 化石的多样化，相对于最近的更新世人口动态。一般来说，这项研究表明，在尝试对新热带生物多样性背后的进化过程进行任何概括之前，包括具有不同自然历史的物种是必要的。Coalescent 分析拒绝了所有包括人口变化在内的情景，而是支持人口稳定下的多样化，这也得到了中立性测试的证实。总之，我们的结果支持圣弗朗西斯科河作为一个长期障碍的突出作用，有利于 A. pretrei 化石的多样化，相对于最近的更新世人口动态。一般来说，这项研究表明，在尝试对新热带生物多样性背后的进化过程进行任何概括之前，包括具有不同自然历史的物种是必要的。Coalescent 分析拒绝了所有包括人口变化在内的情景，而是支持人口稳定下的多样化，这也得到了中立性测试的证实。总之，我们的结果支持圣弗朗西斯科河作为一个长期障碍的突出作用，有利于 A. pretrei 化石的多样化，相对于最近的更新世人口动态。一般来说，这项研究表明，在尝试对新热带生物多样性背后的进化过程进行任何概括之前，包括具有不同自然历史的物种是必要的。相对于最近的更新世人口动态，我们的结果支持圣弗朗西斯科河作为有利于化石 A. pretrei 多样化的长期屏障的突出作用。一般来说，这项研究表明，在尝试对新热带生物多样性背后的进化过程进行任何概括之前，包括具有不同自然历史的物种是必要的。相对于最近的更新世人口动态，我们的结果支持圣弗朗西斯科河作为有利于化石 A. pretrei 多样化的长期屏障的突出作用。一般来说，这项研究表明，在尝试对新热带生物多样性背后的进化过程进行任何概括之前，包括具有不同自然历史的物种是必要的。