This study uses population genomic data to estimate demographic and selection parameters in two sister lineages of the wild yeast Saccharomyces paradoxus and compare their evolution. We first estimate nucleotide and recombinational diversities in each of the two lineages to infer their population size and frequency of sex and then analyse the rate of mutation accumulation since divergence from their inferred common ancestor to estimate the generation time and efficacy of selection. We find that one of the lineages has significantly higher silent nucleotide diversity and lower linkage disequilibrium, indicating a larger population with more frequent sexual generations. The same lineage also shows shorter generation time and higher efficacy of purifying selection, the latter consistent with the finding of larger population size and more frequent sex. Similar analyses are also performed on the ancestries of individual strains within lineages and we find significant differences between strains implying variation in rates of mitotic cell divisions. Our sample includes some strains originating in the Chernobyl nuclear-accident exclusion zone, which has been subjected to high levels of radiation for nearly 30 years now. We find no evidence, however, for increased rates of mutation. Finally, there is a positive correlation between rates of mutation accumulation and length of growing period, as measured by latitude of the place of origin of strains. Our study illustrates the power of genomic analyses in estimating population and life history parameters and testing predictions based on population genetic theory.

中文翻译：

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种群大小，性别和纯化选择：野生酵母悖论两姐妹分类群的比较基因组学

这项研究使用种群基因组数据来估计野生酵母悖论的两个姐妹谱系中的人口统计和选择参数比较他们的进化 我们首先估算两个谱系中每个谱系的核苷酸和重组多样性，以推断其种群大小和性别频率，然后分析自与所推断的共同祖先的分化以来的突变积累率，以估计产生的时间和选择的效力。我们发现其中一个血统具有显着更高的沉默核苷酸多样性和更低的连锁不平衡，表明更大的人口，更频繁的性世代。同一谱系还显示出更短的生成时间和更高的纯化选择效率，后者与发现更大的种群规模和更频繁的性行为相一致。还对谱系内单个菌株的祖先进行了类似的分析，我们发现菌株之间存在显着差异，这意味着有丝分裂细胞分裂速率的变化。我们的样本包括源自切尔诺贝利核事故排除区的一些菌株，该菌株已受到近30年的高辐射水平。但是，我们没有发现增加突变率的证据。最后，通过菌株起源地的纬度来衡量，突变积累率与生育期长度之间存在正相关。我们的研究说明了基因组分析在估计种群和生活史参数以及基于种群遗传理论测试预测中的作用。我们的样本包括源自切尔诺贝利核事故排除区的一些菌株，该菌株已受到近30年的高辐射水平。但是，我们没有发现增加突变率的证据。最后，通过菌株起源地的纬度来衡量，突变积累率与生育期长度之间存在正相关。我们的研究说明了基因组分析在估计种群和生活史参数以及基于种群遗传理论测试预测中的作用。我们的样本包括源自切尔诺贝利核事故排除区的一些菌株，该菌株已受到近30年的高辐射水平。但是，我们没有发现增加突变率的证据。最后，通过菌株起源地的纬度来衡量，突变积累率与生育期长度之间存在正相关。我们的研究说明了基因组分析在估计种群和生活史参数以及基于种群遗传理论测试预测中的作用。突变积累率与生育期长度之间存在正相关关系，通过菌株起源地的纬度来衡量。我们的研究说明了基因组分析在估计人口和生活史参数以及基于人口遗传理论测试预测中的作用。突变积累率与生育期长度之间存在正相关关系，通过菌株起源地的纬度来衡量。我们的研究说明了基因组分析在估计种群和生活史参数以及基于种群遗传理论测试预测中的作用。