Abstract Respiratory syncytial virus (RSV) circulates worldwide, occurring seasonally in communities, and is a leading cause of acute respiratory illness in young children. There is paucity of genomic data from purposively sampled populations by which to investigate evolutionary dynamics and transmission patterns of RSV. Here we present an analysis of 295 RSV group B (RSVB) genomes from Kilifi, coastal Kenya, sampled from individuals seeking outpatient care in nine health facilities across a defined geographical area (∼890 km2), over two RSV epidemics between 2015 and 2017. RSVB diversity was characterized by multiple virus introductions into the area and co-circulation of distinct genetic clusters, which transmitted and diversified locally with varying frequency. Increase in relative genetic diversity paralleled seasonal virus incidence. Importantly, we identified a cluster of viruses that emerged in the 2016/17 epidemic, carrying distinct amino-acid signatures including a novel nonsynonymous change (K68Q) in antigenic site ∅ in the Fusion protein. RSVB diversity was additionally marked by signature nonsynonymous substitutions that were unique to particular genomic clusters, some under diversifying selection. Our findings provide insights into recent evolutionary and epidemiological behaviors of RSVB, and highlight possible emergence of a novel antigenic variant, which has implications on current prophylactic strategies in development.

中文翻译：

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2015-17 年肯尼亚基利菲呼吸道合胞病毒 B 群的基因组流行病学和进化动力学

摘要 呼吸道合胞病毒 (RSV) 在全球范围内流行，在社区中季节性发生，是幼儿急性呼吸道疾病的主要原因。来自有目的地采样的种群的基因组数据很少，无法用来研究 RSV 的进化动力学和传播模式。在这里，我们对来自肯尼亚沿海 Kilifi 的 295 个 RSV B 组 (RSVB) 基因组进行了分析，这些基因组来自于 2015 年至 2017 年间在两个 RSV 流行期间在特定地理区域 (~890 平方公里) 的九个卫生设施中寻求门诊治疗的个人。 RSVB 多样性的特点是多种病毒进入该地区和不同基因簇的共同循环，这些基因簇在当地以不同的频率传播和多样化。相对遗传多样性的增加与季节性病毒发病率平行。重要的是，我们确定了 2016/17 流行病中出现的一组病毒，它们带有不同的氨基酸特征，包括融合蛋白中抗原位点 ∅ 的新的非同义变化 (K68Q)。RSVB 多样性还以特定基因组簇所特有的特征性非同义替换为标志，其中一些处于多样化选择之下。我们的研究结果提供了对 RSVB 近期进化和流行病学行为的见解，并强调了可能出现的新抗原变体，这对当前的预防策略发展有影响。RSVB 多样性还以特定基因组簇所特有的特征性非同义替换为标志，其中一些处于多样化选择之下。我们的研究结果提供了对 RSVB 近期进化和流行病学行为的见解，并强调了可能出现的新抗原变体，这对当前的预防策略发展有影响。RSVB 多样性还以特定基因组簇所特有的特征性非同义替换为标志，其中一些处于多样化选择之下。我们的研究结果提供了对 RSVB 近期进化和流行病学行为的见解，并强调了可能出现的新抗原变体，这对当前的预防策略发展有影响。