The target capture protein MuB is responsible for the high efficiency of phage Mu transposition within the E. coli genome. However, some targets are off-limits, such as regions immediately outside the Mu ends (cis-immunity) as well as the entire ~ 37 kb genome of Mu (Mu genome immunity). Paradoxically, MuB is responsible for cis-immunity and is also implicated in Mu genome immunity, but via different mechanisms. This study was undertaken to dissect the role of MuB in target choice in vivo. We tracked Mu transposition from six different starting locations on the E. coli genome, in the presence and absence of MuB. The data reveal that Mu’s ability to sample the entire genome during a single hop in a clonal population is independent of MuB, and that MuB is responsible for cis-immunity, plays a minor role in Mu genome immunity, and facilitates insertions into transcriptionally active regions. Unexpectedly, transposition patterns in the absence of MuB have helped extend the boundaries of the insular Ter segment of the E. coli genome. The results in this study demonstrate unambiguously the operation of two distinct mechanisms of Mu target immunity, only one of which is wholly dependent on MuB. The study also reveals several interesting and hitherto unknown aspects of Mu target choice in vivo, particularly the role of MuB in facilitating the capture of promoter and translation start site targets, likely by displacing macromolecular complexes engaged in gene expression. So also, MuB facilitates transposition into the restricted Ter region of the genome.

中文翻译：

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深度测序揭示了 MuB 在转座免疫和靶标捕获中的新作用，并重新定义了大肠杆菌的岛状 Ter 区域。

目标捕获蛋白 MuB 负责在大肠杆菌基因组内高效地进行噬菌体 Mu 转座。然而，一些目标是禁区，例如 Mu 末端之外的区域（顺式免疫）以及整个 ~ 37 kb 的 Mu 基因组（Mu 基因组免疫）。矛盾的是，MuB 负责顺式免疫，也与 Mu 基因组免疫有关，但通过不同的机制。本研究旨在剖析 MuB 在体内靶点选择中的作用。在存在和不存在 MuB 的情况下，我们从大肠杆菌基因组的六个不同起始位置跟踪 Mu 转座。数据表明，Mu 在克隆群体中单跳期间对整个基因组进行采样的能力与 MuB 无关，而且 MuB 负责顺式免疫，在 Mu 基因组免疫中起次要作用，并促进插入转录活性区域。出乎意料的是，在没有 MuB 的情况下，转座模式有助于扩大大肠杆菌基因组岛 Ter 片段的边界。本研究的结果明确地证明了两种不同的 Mu 靶免疫机制的运作，其中只有一种完全依赖于 MuB。该研究还揭示了体内 Mu 靶点选择的几个有趣且迄今为止未知的方面，特别是 MuB 在促进捕获启动子和翻译起始位点靶点中的作用，可能是通过置换参与基因表达的大分子复合物。同样，MuB 有助于转座到基因组的受限 Ter 区域。在没有 MuB 的情况下，转座模式有助于扩大大肠杆菌基因组岛状 Ter 片段的边界。本研究的结果明确地证明了两种不同的 Mu 靶免疫机制的运作，其中只有一种完全依赖于 MuB。该研究还揭示了体内 Mu 靶点选择的几个有趣且迄今为止未知的方面，特别是 MuB 在促进捕获启动子和翻译起始位点靶点中的作用，可能是通过置换参与基因表达的大分子复合物。同样，MuB 有助于转座到基因组的受限 Ter 区域。在没有 MuB 的情况下，转座模式有助于扩大大肠杆菌基因组岛状 Ter 片段的边界。本研究的结果明确地证明了两种不同的 Mu 靶免疫机制的运作，其中只有一种完全依赖于 MuB。该研究还揭示了体内 Mu 靶点选择的几个有趣且迄今为止未知的方面，特别是 MuB 在促进捕获启动子和翻译起始位点靶点中的作用，可能是通过置换参与基因表达的大分子复合物。同样，MuB 有助于转座到基因组的受限 Ter 区域。其中只有一个完全依赖于 MuB。该研究还揭示了体内 Mu 靶点选择的几个有趣和迄今为止未知的方面，特别是 MuB 在促进捕获启动子和翻译起始位点靶点中的作用，可能是通过置换参与基因表达的大分子复合物。同样，MuB 有助于转座到基因组的受限 Ter 区域。其中只有一个完全依赖于 MuB。该研究还揭示了体内 Mu 靶点选择的几个有趣和迄今为止未知的方面，特别是 MuB 在促进捕获启动子和翻译起始位点靶点中的作用，可能是通过置换参与基因表达的大分子复合物。同样，MuB 有助于转座到基因组的受限 Ter 区域。