HLA genotyping by next-generation sequencing (NGS) has evolved with significant advancements in the last decade. Here we describe full-length HLA genotyping of 11 loci in 612 individuals comprising a dengue vaccine cohort from Cebu province in the Philippines. The multi-locus individual tagging NGS (MIT-NGS) method that we developed initially for genotyping 4–6 loci in one MiSeq run was expanded to 11 loci including HLA-A, B, C, DPA1, DPB1, DQA1, DQB1, DRB1, and DRB3/4/5. This change did not affect the overall coverage or depth of the sequencing reads. HLA alleles with frequencies greater than 10% were A*11:01:01, A*24:02:01, A*24:07:01, A*34:01:01, B*38:02:01, B*15:35, B*35:05:01, C*07:02:01, C*04:01:01, DPA1*02:02:02, DPB1*05:01:01, DPB1*01:01:01, DQA1*01:02:01, DQA1*06:01:01, DQB1*05:02:01, DQB1*03:01:01, DRB1*15:02:01, DRB1*12:02:01, DRB3*03:01:03, DRB4*01:03:01, and DRB5*01:01:01. Improvements in sequencing library preparation provide uniform and even coverage across all exons and introns. This has led to a marked reduction in allele imbalance and dropout. Furthermore, including more loci, such as DRB3/4/5, decreases cross-mapping and incorrect allele assignment at the DRB1 locus. The increased number of loci sequenced for each sample does not reduce the number of samples that can be multiplexed on a single MiSeq run and is therefore more cost-efficient. We believe that such improvements will help HLA genotyping by NGS to gain momentum over other conventional methods by increasing confidence in the calls.

通过新一代测序 (NGS) 进行的 HLA 基因分型在过去十年中取得了重大进展。在这里，我们描述了 612 个人的 11 个基因座的全长 HLA 基因分型，其中包括来自菲律宾宿务省的登革热疫苗队列。我们最初为在一次 MiSeq 运行中对 4-6 个基因座进行基因分型而开发的多基因座个体标记 NGS (MIT-NGS) 方法扩展到 11 个基因座，包括 HLA-A、B、C、DPA1、DPB1、DQA1、DQB1、DRB1和 DRB3/4/5。此更改不会影响测序读取的整体覆盖范围或深度。频率大于 10% 的 HLA 等位基因为 A*11:01:01、A*24:02:01、A*24:07:01、A*34:01:01、B*38:02:01、B *15:35, B*35:05:01, C*07:02:01, C*04:01:01, DPA1*02:02:02, DPB1*05:01:01, DPB1*01:01 :01, DQA1*01:02:01, DQA1*06:01:01, DQB1*05:02:01, DQB1*03:01:01, DRB1*15:02:01, DRB1*12:02:01 , DRB3*03: 01:03、DRB4*01:03:01 和 DRB5*01:01:01。测序文库制备方面的改进提供了所有外显子和内含子的均匀覆盖。这导致等位基因不平衡和丢失的显着减少。此外，包括更多的基因座，如 DRB3/4/5，减少了 DRB1 基因座的交叉映射和不正确的等位基因分配。每个样品测序的基因座数量增加并不会减少可在单次 MiSeq 运行中进行多重分析的样品数量，因此更具成本效益。我们相信，这些改进将有助于 NGS 的 HLA 基因分型通过增加对检测结果的信心而获得超越其他传统方法的动力。这导致等位基因不平衡和丢失的显着减少。此外，包括更多的基因座，如 DRB3/4/5，减少了 DRB1 基因座的交叉映射和不正确的等位基因分配。每个样品测序的基因座数量增加并不会减少可在单次 MiSeq 运行中进行多重分析的样品数量，因此更具成本效益。我们相信，这些改进将有助于 NGS 的 HLA 基因分型通过增加对检测结果的信心而获得超越其他传统方法的动力。这导致等位基因不平衡和丢失的显着减少。此外，包括更多的基因座，如 DRB3/4/5，减少了 DRB1 基因座的交叉映射和不正确的等位基因分配。每个样品测序的基因座数量增加并不会减少可在单次 MiSeq 运行中进行多重分析的样品数量，因此更具成本效益。我们相信，这些改进将有助于 NGS 的 HLA 基因分型通过增加对检测结果的信心而获得超越其他传统方法的动力。每个样品测序的基因座数量增加并不会减少可在单次 MiSeq 运行中进行多重分析的样品数量，因此更具成本效益。我们相信，这些改进将有助于 NGS 的 HLA 基因分型通过增加对检测结果的信心而获得超越其他传统方法的动力。每个样品测序的基因座数量增加并不会减少可在单次 MiSeq 运行中进行多重分析的样品数量，因此更具成本效益。我们相信，这些改进将有助于 NGS 的 HLA 基因分型通过增加对检测结果的信心而获得超越其他传统方法的动力。