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Re-evaluation of the phylogenetic relationships and species delimitation of two closely related families (Lamiaceae and Verbenaceae) using two DNA barcode markers
Journal of Biosciences ( IF 2.1 ) Pub Date : 2020-07-09 , DOI: 10.1007/s12038-020-00061-2
O O Oyebanji , E C Chukwuma , K A Bolarinwa , O I Adejobi , S B Adeyemi , A O Ayoola

The families Lamiaceae and Verbenaceae comprise several closely related species that possess high morphological synapomorphic traits. Hence, there is a tendency of species misidentification using only the morphological characters. Herein, we evaluated the discriminatory power of the universal DNA barcodes ( matK and rbcL ) for 53 species spanning the two families. Using these markers, we inferred phylogenetic relationships and conducted species delimitation analysis using four delimitation methods: Automated Barcode Gap Discovery (ABGD), TaxonDNA, Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP) and General Mixed Yule Coalescent (GMYC). The phylogenetic reconstruction based on the matK gene resolved the relationships between the families and further suggested the expansion of the Lamiaceae to include some core Verbanaceae genus, e.g., Gmelina . The rbcL marker using the TaxonDNA method displayed high species delimitation resolutions, while the ABGD, GMYC, and bPTP generated different number of Operational Taxonomic Units/genetic clusters. Our results underscored the efficiency of the matK and rbcL genes as reliable markers for resolving phylogenetic relationships and species delimitation of both families, respectively. The current study provides insights into the DNA barcode applications in these families, at the same time contributing to the current understanding of genetic divergence patterns in angiosperms.

中文翻译:

使用两个 DNA 条形码标记重新评估两个密切相关科(唇形科和马鞭草科)的系统发育关系和物种定界

唇形科 (Lamiaceae) 和马鞭草科 (Verbenaceae) 包括几个密切相关的物种,它们具有高度的形态突触特征。因此,存在仅使用形态特征进行物种错误识别的趋势。在此,我们评估了通用 DNA 条形码( matK 和 rbcL )对跨越这两个科的 53 个物种的辨别力。使用这些标记,我们推断系统发育关系并使用四种定界方法进行物种定界分析:自动条码间隙发现 (ABGD)、TaxonDNA、贝叶斯泊松树过程 (bPTP) 和通用混合尤尔合并 (GMYC)。基于 matK 基因的系统发育重建解决了家庭之间的关系,并进一步表明唇形科的扩展包括一些核心的马鞭草科属,例如 Gmelina 。使用 TaxonDNA 方法的 rbcL 标记显示出较高的物种定界分辨率,而 ABGD、GMYC 和 bPTP 生成了不同数量的操作分类单元/遗传簇。我们的结果强调了 matK 和 rbcL 基因作为解决两个家族的系统发育关系和物种划分的可靠标记的效率。目前的研究提供了对这些家族中 DNA 条形码应用的见解,同时有助于当前对被子植物遗传差异模式的理解。我们的结果强调了 matK 和 rbcL 基因作为解决两个家族的系统发育关系和物种划分的可靠标记的效率。目前的研究提供了对这些家族中 DNA 条形码应用的见解,同时有助于当前对被子植物遗传差异模式的理解。我们的结果强调了 matK 和 rbcL 基因作为可靠标记的效率,分别用于解决两个家族的系统发育关系和物种划分。目前的研究提供了对这些家族中 DNA 条形码应用的见解,同时有助于当前对被子植物遗传差异模式的理解。
更新日期:2020-07-09
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