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Identification and characterization of long noncoding RNAs and their association with acquisition of blood meal in Culex quinquefasciatus
Insect Science ( IF 2.9 ) Pub Date : 2020-07-03 , DOI: 10.1111/1744-7917.12847 Azali Azlan 1 , Mardani Abdul Halim 1 , Faisal Mohamad 1 , Ghows Azzam 1
Insect Science ( IF 2.9 ) Pub Date : 2020-07-03 , DOI: 10.1111/1744-7917.12847 Azali Azlan 1 , Mardani Abdul Halim 1 , Faisal Mohamad 1 , Ghows Azzam 1
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The Southern house mosquito, Culex quinquefasciatus (Cx. quinquefasciatus) is an important vector that transmit multiple diseases including West Nile encephalitis, Japanese encephalitis, St. Louis encephalitis and lymphatic filariasis. Long noncoding RNAs (lncRNAs) involve in many biological processes such as development, infection, and virus–host interaction. However, there is no systematic identification and characterization of lncRNAs in Cx. quinquefasciatus. Here, we report the first lncRNA identification in Cx. quinquefasciatus. By using 31 public RNA-seq datasets, a total of 4763 novel lncRNA transcripts were identified, of which 3591, 569, and 603 were intergenic, intronic, and antisense respectively. Examination of genomic features revealed that Cx. quinquefasciatus shared similar characteristics with other species such as short in length, low GC content, low sequence conservation, and low coding potential. Furthermore, compared to protein-coding genes, Cx. quinquefasciatus lncRNAs had lower expression values, and tended to be expressed in temporally specific fashion. In addition, weighted correlation network and functional annotation analyses showed that lncRNAs may have roles in blood meal acquisition of adult female Cx. quinquefasciatus mosquitoes. This study presents the first systematic identification and analysis of Cx. quinquefasciatus lncRNAs and their association with blood feeding. Results generated from this study will facilitate future investigation on the function of Cx. quinquefasciatus lncRNAs.
中文翻译：
长非编码 RNA 的鉴定和表征及其与 Culex quinquefasciatus 血粉获取的关联
南方家蚊库蚊( Cx. quinquefasciatus ) 是传播多种疾病的重要媒介，包括西尼罗河脑炎、日本脑炎、圣路易斯脑炎和淋巴丝虫病。长链非编码 RNA (lncRNA) 涉及许多生物过程，例如发育、感染和病毒与宿主的相互作用。然而，在Cx 中没有系统的识别和表征 lncRNA 。金雀花。在这里，我们报告了Cx 中的第一个 lncRNA 鉴定。金雀花. 通过使用 31 个公共 RNA-seq 数据集，共鉴定出 4763 个新的 lncRNA 转录本，其中 3591、569 和 603 个分别是基因间、内含子和反义转录。对基因组特征的检查显示Cx. quinquefasciatus与其他物种具有相似的特征，例如长度短、GC 含量低、序列保守性低和编码潜力低。此外，与蛋白质编码基因相比，Cx。quinquefasciatus lncRNAs 具有较低的表达值，并且倾向于以时间特异性方式表达。此外，加权相关网络和功能注释分析表明 lncRNAs 可能在成年女性Cx 的血餐获取中起作用。金雀花蚊子。本研究首次对Cx 进行系统识别和分析。quinquefasciatus lncRNAs 及其与血液喂养的关联。这项研究产生的结果将有助于未来对Cx功能的调查。quinquefasciatus lncRNAs。
更新日期：2020-07-03
中文翻译：
长非编码 RNA 的鉴定和表征及其与 Culex quinquefasciatus 血粉获取的关联
南方家蚊库蚊( Cx. quinquefasciatus ) 是传播多种疾病的重要媒介，包括西尼罗河脑炎、日本脑炎、圣路易斯脑炎和淋巴丝虫病。长链非编码 RNA (lncRNA) 涉及许多生物过程，例如发育、感染和病毒与宿主的相互作用。然而，在Cx 中没有系统的识别和表征 lncRNA 。金雀花。在这里，我们报告了Cx 中的第一个 lncRNA 鉴定。金雀花. 通过使用 31 个公共 RNA-seq 数据集，共鉴定出 4763 个新的 lncRNA 转录本，其中 3591、569 和 603 个分别是基因间、内含子和反义转录。对基因组特征的检查显示Cx. quinquefasciatus与其他物种具有相似的特征，例如长度短、GC 含量低、序列保守性低和编码潜力低。此外，与蛋白质编码基因相比，Cx。quinquefasciatus lncRNAs 具有较低的表达值，并且倾向于以时间特异性方式表达。此外，加权相关网络和功能注释分析表明 lncRNAs 可能在成年女性Cx 的血餐获取中起作用。金雀花蚊子。本研究首次对Cx 进行系统识别和分析。quinquefasciatus lncRNAs 及其与血液喂养的关联。这项研究产生的结果将有助于未来对Cx功能的调查。quinquefasciatus lncRNAs。
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