Viroids with small, non-coding circular RNA genome can induce diseases in many plant species. The extend of infection symptoms depends on environmental conditions, viroid strain, and host plant species and cultivar. Pathogen recognition leads to massive transcriptional reprogramming to favor defense responses over normal cellular functions. To better understand the interaction between plant host and potato spindle tuber viroid (PSTVd) variants that differ in their virulence, comparative transcriptomic analysis was performed by an RNA-seq approach. The changes of gene expression were analyzed at the time point when subtle symptoms became visible in plants infected with the severe PSTVd-S23 variant, while those infected with the mild PSTVd-M variant looked like non-infected healthy plants. Over 3000 differentially expressed genes (DEGs) were recognized in both infections, but the majority of them were specific for infection with the severe variant. In both infections recognized DEGs were mainly related to biotic stress, hormone metabolism and signaling, transcription regulation, protein degradation, and transport. The DEGs related to cell cycle and microtubule were uniquely down-regulated only in the PSTVd-S23-infected plants. Similarly, expression of transcription factors from C2C2-GATA and growth-regulating factor (GRF) families was only altered upon infection with the severe variant. Both PSTVd variants triggered plant immune response; however expression of genes encoding crucial factors of this process was markedly more changed in the plants infected with the severe variant than in those with the mild one.

具有小的非编码环状RNA基因组的类病毒可以诱导许多植物物种的病害。感染症状的扩展取决于环境条件，类病毒株以及寄主植物的品种和品种。病原体识别导致大量的转录重编程，从而使防御反应优于正常的细胞功能。为了更好地了解植物寄主和马铃薯梭形块茎类病毒（PSTVd）毒力不同的相互作用，通过RNA-seq方法进行了比较转录组学分析。在感染了严重PSTVd-S23变体的植物中出现细微症状时，分析了基因表达的变化，而感染了温和PSTVd-M变体的植物看起来像未感染的健康植物。在两种感染中均识别出3000多种差异表达基因（DEG），但其中大多数特异性感染了严重变异株。在这两种感染中，公认的DEGs主要与生物应激，激素代谢和信号传导，转录调节，蛋白质降解和转运有关。仅在PSTVd-S23感染的植物中，与细胞周期和微管有关的DEGs被独特地下调。同样，C2C2-GATA和生长调节因子（GRF）家族的转录因子表达仅在感染严重变体后才发生改变。两种PSTVd变体均触发了植物免疫反应。然而，编码这种过程关键因子的基因的表达在感染严重变异的植物中比在温和变异植物中显着改变。但其中大多数是针对严重变异感染的。在这两种感染中，公认的DEGs主要与生物应激，激素代谢和信号传导，转录调节，蛋白质降解和转运有关。仅在PSTVd-S23感染的植物中，与细胞周期和微管有关的DEGs被独特地下调。同样，C2C2-GATA和生长调节因子（GRF）家族的转录因子表达仅在感染严重变体后才发生改变。两种PSTVd变体均触发了植物免疫反应。然而，编码这种过程关键因子的基因的表达在感染严重变异的植物中比在温和变异植物中显着改变。但其中大多数是针对严重变异感染的。在这两种感染中，公认的DEGs主要与生物应激，激素代谢和信号传导，转录调节，蛋白质降解和转运有关。仅在PSTVd-S23感染的植物中，与细胞周期和微管有关的DEGs被独特地下调。同样，C2C2-GATA和生长调节因子（GRF）家族的转录因子表达仅在感染严重变体后才发生改变。两种PSTVd变体均触发了植物免疫反应。然而，编码这种过程关键因子的基因的表达在感染严重变异的植物中比在温和变异植物中显着改变。在这两种感染中，公认的DEGs主要与生物应激，激素代谢和信号传导，转录调节，蛋白质降解和转运有关。仅在PSTVd-S23感染的植物中，与细胞周期和微管有关的DEGs被独特地下调。同样，C2C2-GATA和生长调节因子（GRF）家族的转录因子表达仅在感染严重变体后才发生改变。两种PSTVd变体均触发了植物免疫反应。然而，编码这种过程关键因子的基因的表达在感染严重变异的植物中比在温和变异植物中显着改变。在这两种感染中，公认的DEGs主要与生物应激，激素代谢和信号传导，转录调节，蛋白质降解和转运有关。仅在PSTVd-S23感染的植物中，与细胞周期和微管有关的DEGs被独特地下调。同样，C2C2-GATA和生长调节因子（GRF）家族的转录因子表达仅在感染严重变体后才发生改变。两种PSTVd变体均触发了植物免疫反应。然而，编码这种过程关键因子的基因的表达在感染严重变异的植物中比在温和变异植物中显着改变。仅在PSTVd-S23感染的植物中，与细胞周期和微管有关的DEGs被独特地下调。同样，C2C2-GATA和生长调节因子（GRF）家族的转录因子表达仅在感染严重变体后才发生改变。两种PSTVd变体均触发了植物免疫反应。然而，编码这种过程关键因子的基因的表达在感染严重变异的植物中比在温和变异植物中显着改变。仅在PSTVd-S23感染的植物中，与细胞周期和微管有关的DEGs被独特地下调。同样，C2C2-GATA和生长调节因子（GRF）家族的转录因子表达仅在感染严重变体后才发生改变。两种PSTVd变体均触发了植物免疫反应。然而，编码这种过程关键因子的基因的表达在感染严重变异的植物中比在温和变异植物中显着改变。