Genomic data repositories like The Cancer Genome Atlas (TCGA), Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), Bioconductor’s AnnotationHub and ExperimentHub etc., provide public access to large amounts of genomic data as flat files. Researchers often download a subset of data files from these repositories to perform exploratory data analysis. We developed Epiviz File Server, a Python library that implements an in-situ data query system for local or remotely hosted indexed genomic files, not only for visualization but also data transformation. The File Server library decouples data retrieval and transformation from specific visualization and analysis tools and provides an abstract interface to define computations independent of the location, format or structure of the file. We demonstrate the File Server in two use cases: 1) integration with Galaxy workflows and 2) using Epiviz to create a custom genome browser from the Epigenome Roadmap dataset.

中文翻译：

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Epiviz 文件服务器：查询、转换和交互式探索索引基因组文件中的数据。

基因组数据存储库，例如癌症基因组图谱 (TCGA)、DNA 元素百科全书 (ENCODE)、Bioconductor 的AnnotationHub和ExperimentHub等，以平面文件的形式向公众提供大量基因组数据的访问。研究人员经常从这些存储库下载数据文件的子集来执行探索性数据分析。我们开发了 Epiviz File Server，这是一个 Python 库，它为本地或远程托管的索引基因组文件实现了原位数据查询系统，不仅用于可视化，还用于数据转换。文件服务器库将数据检索和转换与特定的可视化和分析工具解耦，并提供一个抽象接口来定义独立于文件的位置、格式或结构的计算。我们在两个用例中演示了文件服务器：1）与 Galaxy 工作流程集成，2）使用 Epiviz 从 Epigenome Roadmap 数据集创建自定义基因组浏览器。