ABSTRACT The long-tailed goral (also called the Amur goral) Naemorhedus caudatus (subfamily Caprinae), a vulnerable and protected species designated by IUCN and CITES, has sharply been declining in the population size and is now becoming critically endangered in South Korea. This species has been conserved as a natural monument by the Korean Cultural Heritage Administration since 1968. In this study, using 78 fecal DNA samples with a non-invasive genetic approach, we assessed the genetic integrity and individual identification-based population size for the goral population from Seoraksan National Park representing the largest wild population in Korea. Using the successfully isolated 38 fecal DNA, phylogeographic and population genetic analyses were performed with mitochondrial DNA control region (CR) sequences and nine microsatellite loci. We found seven CR haplotypes, of which five were unique to the Seoraksan population, considering previously determined haplotypes in Korean populations. The Seoraksan population showed higher haplotype diversity (0.777 ± 0.062) and mean number of alleles (4.67 ± 1.563) relative to southern populations in Korea reported from previous studies, with no signal of a population bottleneck. Microsatellite-based individual identification estimate based on probability of identity (PID) indicated a population size of ≥30 in this population. Altogether, we suggest that for future management efforts of this species in the Seoraksan National Park, conserving its genetic integrity as an ‘endemic’ lineage, and curbing a decrease in its number through mitigating habitat destruction might be key to secure the population for the long term.

中文翻译：

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基于非侵入性遗传方法，来自韩国雪岳山国家公园的濒危长尾斑羚 Naemorhedus caudatus 的遗传完整性和基于个体识别的种群规模估计

摘要 长尾斑羚（也称为阿穆尔斑羚）Naemorhedus caudatus（山羊亚科）是 IUCN 和 CITES 指定的脆弱和受保护物种，其种群数量急剧下降，现在在韩国正处于极度濒危状态。该物种自 1968 年以来一直被韩国文化遗产管理局保护为天然纪念物。在这项研究中，我们使用 78 个粪便 DNA 样本和非侵入性遗传方法评估了斑羚的遗传完整性和基于个体识别的种群规模来自雪岳山国家公园的种群，代表了韩国最大的野生种群。使用成功分离的 38 个粪便 DNA，对线粒体 DNA 控制区 (CR) 序列和 9 个微卫星位点进行系统地理学和种群遗传分析。考虑到先前在韩国人群中确定的单倍型，我们发现了 7 个 CR 单倍型，其中 5 个是雪岳山人群独有的。与先前研究报告的韩国南部种群相比，雪岳山种群显示出更高的单倍型多样性 (0.777 ± 0.062) 和平均等位基因数 (4.67 ± 1.563)，没有种群瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。考虑到先前在韩国人群中确定的单倍型，其中五个是雪岳山人群独有的。与先前研究报告的韩国南部种群相比，雪岳山种群显示出更高的单倍型多样性 (0.777 ± 0.062) 和平均等位基因数 (4.67 ± 1.563)，没有种群瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量的减少可能是长期保护种群的关键学期。考虑到先前在韩国人群中确定的单倍型，其中五个是雪岳山人群独有的。与先前研究报告的韩国南部种群相比，雪岳山种群显示出更高的单倍型多样性 (0.777 ± 0.062) 和平均等位基因数 (4.67 ± 1.563)，没有种群瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。考虑到先前在韩国人群中确定的单倍型。与先前研究报告的韩国南部种群相比，雪岳山种群显示出更高的单倍型多样性 (0.777 ± 0.062) 和平均等位基因数 (4.67 ± 1.563)，没有种群瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。考虑到先前在韩国人群中确定的单倍型。与先前研究报告的韩国南部种群相比，雪岳山种群显示出更高的单倍型多样性 (0.777 ± 0.062) 和平均等位基因数 (4.67 ± 1.563)，没有种群瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。与先前研究报告的韩国南部种群相比，雪岳山种群显示出更高的单倍型多样性 (0.777 ± 0.062) 和平均等位基因数 (4.67 ± 1.563)，没有种群瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。与先前研究报告的韩国南部种群相比，雪岳山种群显示出更高的单倍型多样性 (0.777 ± 0.062) 和平均等位基因数 (4.67 ± 1.563)，没有种群瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。没有人口瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。没有人口瓶颈的信号。基于身份概率 (PID) 的基于微卫星的个体识别估计表明该群体中的群体规模≥30。总而言之，我们建议，对于雪岳山国家公园中该物种的未来管理工作，保持其作为“地方性”谱系的遗传完整性，并通过减轻栖息地破坏来遏制其数量减少可能是长期保护种群的关键学期。