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Spinal muscular atrophy in Venezuela: quantitative analysis of SMN1 and SMN2 genes
Egyptian Journal of Medical Human Genetics ( IF 1.2 ) Pub Date : 2020-06-22 , DOI: 10.1186/s43042-020-00070-8
Yuri Yépez , Irene Paradisi , Sergio Arias

Spinal muscular atrophy (SMA) is mostly caused by homozygous deletions in the survival motor neuron 1 (SMN1) gene. SMN2, its paralogous gene, is a genetic modifier of the disease phenotype, and its copy number is correlated with SMA severity. The purpose of the study was to investigate the number of copies of the SMN1 and SMN2 genes in a Venezuelan population control sample and in patients with a presumptive diagnosis of SMA, besides estimating the frequency of mutation carriers in the population. SMN1 and SMN2 gene copies were assessed in 49 Venezuelan dweller unrelated normal individuals and in 94 subjects from 29 families with a SMA presumptive diagnosis, using the quantitative PCR method. A SMN1 deletion carrier frequency of 0.01 and 0.163 of homozygous absence of the SMN2 gene were found in the Venezuelan control sample. Deletion of SMN1 exon 7 was confirmed in 15 families; the remaining 14 index cases had two SMN1 copies and a heterogeneous phenotype not attributable to SMN deletions. Based on clinical features of the index cases and the SMN2 copy number, a positive phenotype-genotype correlation was demonstrated. No disease geographical aggregation was found in the country. The frequency of carriers of the deletion of exon 7 in SMN1 in the Venezuelan control population was similar to that observed in populations worldwide, while the frequency of 0 copies of the SMN2 gene (16.3 %) seems to be relatively high. All these findings have pertinent implications for the diagnosis and genetic counseling on SMA in Venezuela.

中文翻译:

委内瑞拉脊髓性肌萎缩症:SMN1和SMN2基因的定量分析

脊髓性肌萎缩症 (SMA) 主要是由存活运动神经元 1 (SMN1) 基因中的纯合缺失引起的。SMN2,其旁系同源基因,是疾病表型的遗传修饰符,其拷贝数与 SMA 严重程度相关。该研究的目的是除了估计人群中突变携带者的频率之外,还调查委内瑞拉人群对照样本和推定诊断为 SMA 的患者中 SMN1 和 SMN2 基因的拷贝数。SMN1 和 SMN2 基因拷贝在 49 名委内瑞拉居民无关的正常个体和来自 29 个推定诊断为 SMA 的家庭的 94 名受试者中使用定量 PCR 方法进行评估。在委内瑞拉对照样品中发现 SMN1 缺失载体频率为 0.01 和 0.163 的纯合子缺失 SMN2 基因。15个家系证实SMN1外显子7缺失;剩下的 14 个索引病例有两个 SMN1 拷贝和一个不能归因于 SMN 缺失的异质表型。根据指示病例的临床特征和 SMN2 拷贝数,证明了表型 - 基因型的正相关性。在该国未发现疾病地理聚集。委内瑞拉对照人群中 SMN1 中外显子 7 缺失的携带者频率与在世界范围内观察到的人群相似,而 SMN2 基因的 0 拷贝(16.3 %)的频率似乎相对较高。所有这些发现对委内瑞拉 SMA 的诊断和遗传咨询具有相关意义。根据指示病例的临床特征和 SMN2 拷贝数,证明了表型 - 基因型的正相关性。在该国未发现疾病地理聚集。委内瑞拉对照人群中 SMN1 中外显子 7 缺失的携带者频率与在世界范围内观察到的人群相似,而 SMN2 基因的 0 拷贝(16.3 %)的频率似乎相对较高。所有这些发现对委内瑞拉 SMA 的诊断和遗传咨询具有相关意义。根据指示病例的临床特征和 SMN2 拷贝数,证明了表型 - 基因型的正相关性。在该国未发现疾病地理聚集。委内瑞拉对照人群中 SMN1 中外显子 7 缺失的携带者频率与在世界范围内观察到的人群相似,而 SMN2 基因的 0 拷贝(16.3 %)的频率似乎相对较高。所有这些发现对委内瑞拉 SMA 的诊断和遗传咨询具有相关意义。委内瑞拉对照人群中 SMN1 中外显子 7 缺失的携带者频率与在世界范围内观察到的人群相似,而 SMN2 基因的 0 拷贝(16.3 %)的频率似乎相对较高。所有这些发现对委内瑞拉 SMA 的诊断和遗传咨询具有相关意义。委内瑞拉对照人群中 SMN1 中外显子 7 缺失的携带者频率与在世界范围内观察到的人群相似,而 SMN2 基因的 0 拷贝(16.3 %)的频率似乎相对较高。所有这些发现对委内瑞拉 SMA 的诊断和遗传咨询具有相关意义。
更新日期:2020-06-22
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