As species extinction rates increase, genomics provides a powerful tool to support intensive management of threatened species. We use the Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) to demonstrate how conservation genomics can be implemented in threatened species management. We conducted whole genome sequencing (WGS) of 25 individuals from the captive breeding programme and reduced‐representation sequencing (RRS) of 98 founders of the same programme. A subset of the WGS samples was also sequenced by RRS, allowing us to directly compare genome‐wide heterozygosity with estimates from RRS data. We found good congruence in interindividual variation and gene‐ontology classifications between the two data sets, indicating that our RRS data reflect the genome well. We also attempted genome‐wide association studies with both data sets (regarding breeding success), but the genomic data suffered from small sample size, while the RRS data suffered from lack of precision, highlighting a key trade‐off in the design of conservation genomic research. Nevertheless, we identified a number of candidate genes that may be associated with variation in breeding success. Individual heterozygosity, as measured by WGS or RRS, was not associated with breeding success in captivity but was negatively associated with litter sizes of breeding females in the RRS data set. Our findings enable conservation managers to have confidence in RRS data while understanding its limitations, and provide avenues for further investigation into which processes underlie variation in breeding success in captive Tasmanian devils. We caution, however, that deep functional insights using RRS may be impaired by a lack of precision, especially when marker density is low.

中文翻译：

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受威胁物种管理的保护基因组学演示。

随着物种灭绝率的增加，基因组学提供了一个强大的工具来支持对受威胁物种的集约化管理。我们使用袋獾( Sarcophilus harrisii) 展示如何在受威胁物种管理中实施保护基因组学。我们对圈养育种计划中的 25 名个体进行了全基因组测序 (WGS)，并对同一计划的 98 名创始人进行了减少代表性测序 (RRS)。WGS 样本的一个子集也通过 RRS 进行了测序，使我们能够直接将全基因组杂合性与 RRS 数据的估计值进行比较。我们发现两个数据集之间的个体间变异和基因本体分类具有良好的一致性，表明我们的 RRS 数据很好地反映了基因组。我们还尝试对两个数据集进行全基因组关联研究（关于育种成功），但基因组数据样本量小，而 RRS 数据缺乏精确度，突出保护基因组研究设计中的关键权衡。尽管如此，我们还是确定了一些可能与育种成功变异​​相关的候选基因。通过 WGS 或 RRS 测量的个体杂合度与圈养繁殖成功无关，但与 RRS 数据集中繁殖雌性的产仔数呈负相关。我们的发现使保护管理人员能够在了解 RRS 数据的同时对其局限性充满信心，并为进一步调查哪些过程是圈养袋獾繁殖成功的基础提供了途径。然而，我们警告说，使用 RRS 的深入功能洞察可能会因缺乏精确度而受到损害，尤其是当标记密度较低时。我们确定了许多可能与育种成功变异​​相关的候选基因。通过 WGS 或 RRS 测量的个体杂合度与圈养繁殖成功无关，但与 RRS 数据集中繁殖雌性的产仔数呈负相关。我们的发现使保护管理人员能够在了解 RRS 数据的同时对其局限性充满信心，并为进一步调查哪些过程是圈养袋獾繁殖成功的基础提供了途径。然而，我们警告说，使用 RRS 的深入功能洞察可能会因缺乏精度而受到损害，尤其是当标记密度较低时。我们确定了许多可能与育种成功变异​​相关的候选基因。通过 WGS 或 RRS 测量的个体杂合度与圈养繁殖成功无关，但与 RRS 数据集中繁殖雌性的产仔数呈负相关。我们的发现使保护管理人员能够在了解 RRS 数据的同时对其局限性充满信心，并为进一步调查哪些过程是圈养袋獾繁殖成功的基础提供了途径。然而，我们警告说，使用 RRS 的深入功能洞察可能会因缺乏精确度而受到损害，尤其是当标记密度较低时。与圈养繁殖成功无关，但与 RRS 数据集中繁殖雌性的产仔数呈负相关。我们的发现使保护管理人员能够在了解 RRS 数据的同时对其局限性充满信心，并为进一步调查哪些过程是圈养袋獾繁殖成功的基础提供了途径。然而，我们警告说，使用 RRS 的深入功能洞察可能会因缺乏精确度而受到损害，尤其是当标记密度较低时。与圈养繁殖成功无关，但与 RRS 数据集中繁殖雌性的产仔数呈负相关。我们的发现使保护管理人员能够在了解 RRS 数据的同时对其局限性充满信心，并为进一步调查哪些过程是圈养袋獾繁殖成功的基础提供了途径。然而，我们警告说，使用 RRS 的深入功能洞察可能会因缺乏精确度而受到损害，尤其是当标记密度较低时。