Abstract Fruit senescence is an inevitable and negative developmental process during postharvest storage of cherry tomato. To characterize the physiological and molecular mechanisms underlying postharvest fruit ripening and senescence, gas chromatography-mass spectrometry (GC–MS) and RNA-Seq were employed to analyze the metabolic and transcriptomic profiles after 7, 14, 21, and 28 d of storage at different temperatures. Several metabolites, such as GABA, proline, fructose, glucose, mannose, and talose, were accumulated in response to senescence stress at ambient temperature (RT). We also observed an outstanding decrease in organic acids (OAs, e.g., citric acid, malic acid, butanedioic acid, cis-aconitic acid) under RT, resulting in fruit quality deterioration. The contents of OAs were maintained upon storage at low temperature. Integrated co-expression network analysis combining transcriptome and metabolite data revealed high correlations between OAs and genes involved in primary metabolic pathways (e.g., PEPC3, IDH3, PDHA, MDH, PEPCK1), plant hormones (especially ethylene and ABA) and transcription factors (e.g., MYB, AP2/ERF, WRKY, NAC). RNA-Seq data indicates ethylene and ABA biosynthesis and signaling genes, including ACS2/4, ACO1/4/5, EBF, NCED, ABA8ox1, PYR1/PYL4, may be key regulators in coordinating postharvest fruit senescence in cherry tomato. In summary, our findings reveal the degradation of OA is an indication of fruit senescence, mainly modulated by a network of ethylene, ABA and transcription factors.

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樱桃番茄采后果实成熟和衰老的代谢和转录调控机制

摘要 果实衰老是樱桃番茄采后贮藏过程中不可避免的负面发育过程。为了表征果实采后成熟和衰老的生理和分子机制，采用气相色谱-质谱 (GC-MS) 和 RNA-Seq 分析在 7、14、21 和 28 d 储存后的代谢和转录组学特征。不同的温度。几种代谢物，如 GABA、脯氨酸、果糖、葡萄糖、甘露糖和塔糖，在环境温度 (RT) 下响应衰老应激而积累。我们还观察到在室温下有机酸（OAs，例如柠檬酸、苹果酸、丁二酸、顺乌头酸）的显着减少，导致果实质量下降。OAs 的含量在低温储存时保持不变。结合转录组和代谢物数据的综合共表达网络分析揭示了 OA 与参与初级代谢途径的基因（例如 PEPC3、IDH3、PDHA、MDH、PEPCK1）、植物激素（尤其是乙烯和 ABA）和转录因子（例如、MYB、AP2/ERF、WRKY、NAC）。RNA-Seq 数据表明乙烯和 ABA 的生物合成和信号基因，包括 ACS2/4、ACO1/4/5、EBF、NCED、ABA8ox1、PYR1/PYL4，可能是协调樱桃番茄采后果实衰老的关键调节因子。总之，我们的研究结果表明，OA 的降解是果实衰老的标志，主要受乙烯、ABA 和转录因子网络的调节。例如，PEPC3、IDH3、PDHA、MDH、PEPCK1）、植物激素（尤其是乙烯和 ABA）和转录因子（例如，MYB、AP2/ERF、WRKY、NAC）。RNA-Seq 数据表明乙烯和 ABA 的生物合成和信号基因，包括 ACS2/4、ACO1/4/5、EBF、NCED、ABA8ox1、PYR1/PYL4，可能是协调樱桃番茄采后果实衰老的关键调节因子。总之，我们的研究结果表明，OA 的降解是果实衰老的标志，主要受乙烯、ABA 和转录因子网络的调节。例如，PEPC3、IDH3、PDHA、MDH、PEPCK1）、植物激素（尤其是乙烯和 ABA）和转录因子（例如，MYB、AP2/ERF、WRKY、NAC）。RNA-Seq 数据表明乙烯和 ABA 的生物合成和信号基因，包括 ACS2/4、ACO1/4/5、EBF、NCED、ABA8ox1、PYR1/PYL4，可能是协调樱桃番茄采后果实衰老的关键调节因子。总之，我们的研究结果表明，OA 的降解是果实衰老的标志，主要受乙烯、ABA 和转录因子网络的调节。可能是协调樱桃番茄采后果实衰老的关键调节因子。总之，我们的研究结果表明，OA 的降解是果实衰老的标志，主要受乙烯、ABA 和转录因子网络的调节。可能是协调樱桃番茄采后果实衰老的关键调节因子。总之，我们的研究结果表明，OA 的降解是果实衰老的标志，主要受乙烯、ABA 和转录因子网络的调节。