One of the foundational problems of biochemistry concerns the conceptualisation of the relationship between the composition, structure and function of macromolecules like proteins. Part of the recent philosophical literature displays a reductionist bias, that is, the endorsement of a form of microstructuralism mirroring an out-dated biochemical conceptualisation. We shall argue that such microstructuralist approaches are ultimately committed to a potentialist form of micro-predeterminism whereby the macrostructure and function of proteins is accounted for solely in terms of the intrinsic properties and potentialities of the components of the primary structure as if they were self-contained or essentially immutable entities. We shall instead suggest that a conceptualisation of the relationship between proteins’ composition, structure and function consistent with contemporary biochemical practice should account also for the causal role of the cellular, organismal and environmental relations in protein development. The analysis of the folding process we propose suggests that microstructure-laden reductionist approaches are ontologically indefensible. Rather than a potentialist form of micro-predeterminism, our analysis ultimately supports a relational-construction-based view of protein development and potentialities formation, which requires an indispensable analysis of the dynamical interplay between the micro-level of the parts and the macro-level of the relational structures of their systems.

中文翻译：

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蛋白质宏观结构和功能的关系建构主义解释

生物化学的基本问题之一涉及蛋白质等大分子的组成、结构和功能之间关系的概念化。最近的部分哲学文献显示出还原论的偏见，即认可一种反映过时生化概念的微观结构主义形式。我们将争辩说，这种微观结构主义方法最终致力于微观预定论的潜在主义形式，即蛋白质的宏观结构和功能仅根据一级结构成分的内在特性和潜力来解释，就好像它们是自我决定的一样。包含或本质上不可变的实体。相反，我们将建议对蛋白质组成之间的关系进行概念化，与当代生化实践一致的结构和功能也应该解释细胞、有机体和环境关系在蛋白质发育中的因果作用。我们提出的折叠过程的分析表明，充满微观结构的还原论方法在本体论上是站不住脚的。我们的分析最终支持基于关系构建的蛋白质发育和潜力形成的观点，而不是微观预定论的潜在主义形式，这需要对部件的微观层面和宏观层面之间的动态相互作用进行不可或缺的分析其系统的关系结构。我们提出的折叠过程的分析表明，充满微观结构的还原论方法在本体论上是站不住脚的。我们的分析最终支持基于关系构建的蛋白质发育和潜力形成的观点，而不是微观预定论的潜在主义形式，这需要对部件的微观层面和宏观层面之间的动态相互作用进行不可或缺的分析其系统的关系结构。我们提出的折叠过程的分析表明，充满微观结构的还原论方法在本体论上是站不住脚的。我们的分析最终支持基于关系构建的蛋白质发育和潜力形成的观点，而不是微观预定论的潜在主义形式，这需要对部件的微观层面和宏观层面之间的动态相互作用进行不可或缺的分析其系统的关系结构。